38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0677 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0677  O-antigen polymerase  100 
 
 
436 aa  874    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.857845  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0297  hypothetical protein  46.67 
 
 
428 aa  402  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.515931  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0300  O-antigen polymerase  46.73 
 
 
446 aa  376  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2412  hypothetical protein  47.49 
 
 
444 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3268  wzy family polymerase, exosortase system type 1 associated  39.7 
 
 
452 aa  298  9e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.869746  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3094  O-antigen polymerase  43.6 
 
 
444 aa  298  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1955  O-antigen polymerase  39.39 
 
 
468 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.324728  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0582  O-antigen polymerase  38.78 
 
 
454 aa  273  5.000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.814347  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2960  O-antigen polymerase  32.85 
 
 
436 aa  222  8e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.12688  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2530  wzy family polymerase, exosortase system type 1 associated  33.57 
 
 
463 aa  211  3e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.0601314 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0119  O-antigen polymerase  29.65 
 
 
466 aa  197  4.0000000000000005e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1558  O-antigen polymerase  31.36 
 
 
472 aa  172  7.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.238347  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4820  O-antigen polymerase  27.51 
 
 
487 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.53889  normal  0.786094 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3179  O-antigen polymerase  28.57 
 
 
453 aa  124  4e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.579286  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0227  hypothetical protein  26.92 
 
 
460 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604472  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2363  hypothetical protein  31.58 
 
 
431 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0152  hypothetical protein  25.2 
 
 
389 aa  71.6  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2455  O-antigen polymerase  22.04 
 
 
435 aa  70.1  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0818595  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02223  hypothetical protein  27.22 
 
 
461 aa  67.4  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0301  O-antigen polymerase  24.76 
 
 
464 aa  66.6  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2459  O-antigen polymerase  24.53 
 
 
437 aa  63.9  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2608  O-antigen polymerase  29.51 
 
 
432 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.212106  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2338  O-antigen polymerase  26.46 
 
 
425 aa  60.5  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1184  O-antigen polymerase  25 
 
 
412 aa  57.8  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3579  O-antigen polymerase  31.03 
 
 
501 aa  55.1  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1788  O-antigen polymerase  22.2 
 
 
446 aa  54.7  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003538  putative membrane protein of ExoQ family involved in exopolysaccharide production  26.1 
 
 
454 aa  54.7  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4116  O-antigen polymerase  25.93 
 
 
540 aa  49.3  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0014553  hitchhiker  0.00000561153 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1639  hypothetical protein  25.89 
 
 
447 aa  48.5  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01295  secreted polysaccharide polymerase  22.46 
 
 
385 aa  48.9  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2821  O-antigen polymerase  30.77 
 
 
434 aa  47.4  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0845  hypothetical protein  21.09 
 
 
537 aa  45.8  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.149779  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0364  O-antigen polymerase  24.61 
 
 
428 aa  46.2  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0802  O-antigen polymerase  24.75 
 
 
470 aa  44.3  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3103  O-antigen polymerase  32.59 
 
 
498 aa  43.9  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.313581  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18850  O-antigen polymerase  26.21 
 
 
393 aa  43.9  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0753  O-antigen polymerase  28.79 
 
 
476 aa  43.5  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409596  hitchhiker  0.000594246 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3401  polysaccharide deacetylase  27.87 
 
 
464 aa  43.1  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.264275  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>