118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3214 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 		 857 aa  1688    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  46.68 
 
 		 885 aa  591  1e-167  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  42.56 
 
 		 868 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  42.41 
 
 		 876 aa  458  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  42.11 
 
 		 887 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  37.63 
 
 		 881 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  40.48 
 
 		 888 aa  413  1e-114  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  38.48 
 
 		 871 aa  389  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  28.63 
 
 		 888 aa  230  9e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  30.99 
 
 		 883 aa  230  9e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  28.69 
 
 		 888 aa  229  1e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  28.95 
 
 		 888 aa  229  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  28.96 
 
 		 908 aa  227  8e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.18776 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  28.33 
 
 		 921 aa  227  9e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  28.92 
 
 		 906 aa  224  4e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  29.52 
 
 		 854 aa  213  9e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  31.16 
 
 		 912 aa  213  1e-53  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  33.49 
 
 		 892 aa  211  5e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  27.45 
 
 		 887 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  27.98 
 
 		 887 aa  208  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  29.84 
 
 		 860 aa  207  8e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  27.94 
 
 		 899 aa  206  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  28.43 
 
 		 915 aa  205  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  29.6 
 
 		 927 aa  201  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  33.48 
 
 		 897 aa  202  3e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.68 
 
 		 897 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  27.18 
 
 		 885 aa  199  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  30.06 
 
 		 899 aa  199  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.44 
 
 		 920 aa  196  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  32.37 
 
 		 701 aa  196  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  29.96 
 
 		 860 aa  194  5e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  31.44 
 
 		 912 aa  194  7e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  27.36 
 
 		 899 aa  192  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  28.5 
 
 		 904 aa  191  4e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  28.54 
 
 		 907 aa  191  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  31.38 
 
 		 871 aa  191  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  25.72 
 
 		 823 aa  190  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  31.67 
 
 		 897 aa  189  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  36.02 
 
 		 922 aa  189  2e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  29.14 
 
 		 944 aa  188  5e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  30.67 
 
 		 837 aa  187  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.96 
 
 		 885 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.48 
 
 		 892 aa  185  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  29.79 
 
 		 899 aa  184  7e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  29.09 
 
 		 879 aa  182  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  30.32 
 
 		 905 aa  181  5.999999999999999e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  32.13 
 
 		 901 aa  176  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  31.97 
 
 		 929 aa  174  6.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  32.89 
 
 		 594 aa  172  2e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  30.06 
 
 		 854 aa  171  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  26.58 
 
 		 887 aa  167  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  25.42 
 
 		 948 aa  160  7e-38  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  24.97 
 
 		 908 aa  155  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  33.6 
 
 		 971 aa  154  7e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  31.76 
 
 		 965 aa  148  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.12 
 
 		 944 aa  146  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  29.8 
 
 		 919 aa  145  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  28.94 
 
 		 832 aa  144  7e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  29.96 
 
 		 943 aa  131  5.0000000000000004e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  30.45 
 
 		 968 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30 
 
 		 970 aa  126  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  28.62 
 
 		 933 aa  127  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  29.75 
 
 		 763 aa  127  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  32.16 
 
 		 918 aa  123  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  29.32 
 
 		 1540 aa  121  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  35.04 
 
 		 456 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.09 
 
 		 962 aa  116  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  30.68 
 
 		 729 aa  110  9.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  21.4 
 
 		 737 aa  104  8e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  27.93 
 
 		 729 aa  102  4e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  27.76 
 
 		 986 aa  95.9  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  30.19 
 
 		 917 aa  94  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  24.86 
 
 		 744 aa  92  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  22.93 
 
 		 736 aa  90.5  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  25.43 
 
 		 726 aa  90.1  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  23.5 
 
 		 741 aa  88.6  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  19.62 
 
 		 764 aa  87.8  7e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  31.17 
 
 		 566 aa  85.5  0.000000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  26.46 
 
 		 762 aa  84  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  25.98 
 
 		 750 aa  80.9  0.00000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  28.21 
 
 		 804 aa  79.7  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2442  hypothetical protein  28.57 
 
 		 828 aa  76.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  24.93 
 
 		 775 aa  75.9  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  23.21 
 
 		 750 aa  74.7  0.000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  24.27 
 
 		 778 aa  70.9  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1639  CRISPR-associated helicase Cas3  27.64 
 
 		 791 aa  69.3  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  26.02 
 
 		 795 aa  69.3  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  24.65 
 
 		 741 aa  67.8  0.0000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1141  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  22.19 
 
 		 492 aa  67.8  0.0000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.607397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  23.68 
 
 		 827 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  24.66 
 
 		 783 aa  62.4  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  25.13 
 
 		 799 aa  62.8  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  26.27 
 
 		 779 aa  61.6  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1622  CRISPR-associated helicase Cas3  27.34 
 
 		 780 aa  62  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  25.96 
 
 		 781 aa  59.3  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3123  hypothetical protein  21.98 
 
 		 843 aa  52.8  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.44073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2872  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  32.03 
 
 		 1209 aa  52.4  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.286079  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  30.77 
 
 		 850 aa  52  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  23.61 
 
 		 836 aa  51.6  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  31.25 
 
 		 811 aa  51.2  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>