More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0953 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0953  MATE efflux family protein  100 
 
 		 450 aa  843    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3583  MATE efflux family protein  59.49 
 
 		 438 aa  456  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.662735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1494  MATE efflux family protein  39.37 
 
 		 451 aa  229  9e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6519  MATE efflux family protein  31.93 
 
 		 466 aa  182  7e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  29.06 
 
 		 457 aa  172  9e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  29.64 
 
 		 454 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1930  MATE efflux family protein  32.81 
 
 		 460 aa  160  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  30.07 
 
 		 450 aa  157  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1767  MATE efflux family protein  26.13 
 
 		 462 aa  157  4e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0115  multidrug resistance protein NorM, putative  32.23 
 
 		 460 aa  156  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0643  MATE efflux family protein  32.32 
 
 		 477 aa  155  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  31.05 
 
 		 466 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5025  MATE efflux family protein  26.28 
 
 		 461 aa  153  5e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.274377  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1699  MATE efflux family protein  32.53 
 
 		 462 aa  152  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.4571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  29.64 
 
 		 460 aa  152  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5517  multidrug efflux protein NorA  32.65 
 
 		 464 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2515  MATE efflux family protein  29.77 
 
 		 442 aa  150  6e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003524  multidrug efflux protein NorM  27.43 
 
 		 456 aa  149  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1041  multi anti extrusion protein MatE  32.45 
 
 		 470 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0255  multidrug efflux protein NorA  32.29 
 
 		 461 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1736  MATE efflux family protein  31.22 
 
 		 472 aa  146  6e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.282832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2943  MATE efflux family protein  32.09 
 
 		 470 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0260  MATE efflux family protein  31.14 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0797  MATE efflux family protein  31.06 
 
 		 463 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158372 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0764  MATE family efflux pump NorM  34.35 
 
 		 451 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2423  MATE efflux family protein  34.35 
 
 		 451 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0441886  normal  0.25868 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0650  MATE efflux family protein  33.05 
 
 		 458 aa  144  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3112  multidrug efflux protein  31.24 
 
 		 465 aa  144  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  27.74 
 
 		 457 aa  143  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  30.32 
 
 		 477 aa  143  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  29.86 
 
 		 477 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2939  multidrug resistance protein  32.81 
 
 		 468 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000251457  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  27.74 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  27.74 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0664  MATE efflux family protein  31.6 
 
 		 472 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.253686 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0073  multidrug efflux protein NorA  31.19 
 
 		 460 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02236  multidrug efflux protein  28.04 
 
 		 456 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0676  MATE efflux family protein  31.6 
 
 		 472 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.441843  normal  0.0136882 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  29.42 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0755  MATE efflux family protein  30.38 
 
 		 456 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0124459  normal  0.621342 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0967  MATE efflux family protein  33.04 
 
 		 462 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0411  MATE efflux family protein  33.55 
 
 		 453 aa  140  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  30.4 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0971  MATE efflux family protein  32.83 
 
 		 462 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1835  multidrug efflux pump NorM  32.58 
 
 		 468 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.143849  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  30.77 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  28.02 
 
 		 458 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0502  multidrug resistance protein NorM, putative  32.58 
 
 		 468 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00841305  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2511  multidrug efflux pump NorM  32.58 
 
 		 468 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0112614  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2770  multidrug efflux pump NorM  32.58 
 
 		 468 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00327808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  30.77 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2885  multidrug efflux pump NorM  32.58 
 
 		 468 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  30.77 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  30.42 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  30.42 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01624  hypothetical protein  30.77 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1977  MATE efflux family protein  30.4 
 
 		 457 aa  137  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000001739  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1534  multidrug efflux protein  30.4 
 
 		 457 aa  137  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00445038  hitchhiker  0.00117159 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1050  MATE efflux family protein  32.97 
 
 		 462 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.456746 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0612  MATE efflux family protein  32.97 
 
 		 462 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1091  MATE efflux family protein  32.97 
 
 		 462 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.427191  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1686  multidrug resistance protein NorM, putative  31.64 
 
 		 464 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.712622  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2212  MATE efflux family protein  33.19 
 
 		 462 aa  136  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.520618  normal  0.988059 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3921  multidrug efflux protein NorA  35.28 
 
 		 444 aa  136  9e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0451131  decreased coverage  0.00764846 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2824  Na+-driven multidrug efflux pump  32.36 
 
 		 468 aa  136  9e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338684  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04042  multidrug efflux protein  30.96 
 
 		 441 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  28.6 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  27.29 
 
 		 460 aa  135  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2156  MATE efflux family protein  27.06 
 
 		 451 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4204  multi anti extrusion protein MatE  32.97 
 
 		 462 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0638116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1146  multidrug efflux protein  27.09 
 
 		 461 aa  134  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292586  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6069  multidrug efflux protein NorA  32.96 
 
 		 462 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5314  multidrug efflux protein NorA  30.98 
 
 		 462 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133881 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  28.89 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2967  MATE efflux family protein  31.75 
 
 		 467 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0284207 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1712  multidrug efflux protein  26.81 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  28.89 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1356  MATE efflux family protein  26.25 
 
 		 461 aa  131  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  28.89 
 
 		 457 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  28.89 
 
 		 457 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2031  MATE efflux family protein  26.16 
 
 		 453 aa  131  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  28.89 
 
 		 457 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2295  MATE efflux family protein  26.73 
 
 		 459 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5262  multidrug efflux protein NorA  30.98 
 
 		 462 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00407645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2334  MATE efflux family protein  26.34 
 
 		 459 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2144  MATE efflux family protein  26.34 
 
 		 459 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00844779  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2708  MATE efflux family protein  30.84 
 
 		 467 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2021  MATE efflux family protein  26.28 
 
 		 459 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.068877  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1277  MATE efflux family protein  26.85 
 
 		 480 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0440  MATE efflux family protein  28.06 
 
 		 470 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.589921  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2226  MATE efflux family protein  26.12 
 
 		 459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00326481  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2025  MATE efflux family protein  26.73 
 
 		 459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2117  MATE efflux family protein  25.06 
 
 		 458 aa  128  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0110658  normal  0.0465778 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2039  MATE efflux family protein  26.5 
 
 		 459 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017072  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0454  MATE efflux family protein  29.05 
 
 		 477 aa  127  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1951  MATE efflux family protein  26.73 
 
 		 459 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000663691  normal  0.290024 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0355  putative multidrug resistance protein NorM  27.5 
 
 		 471 aa  127  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.277827  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2268  MATE efflux family protein  25.11 
 
 		 452 aa  126  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.012169  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2494  MATE efflux family protein  26.03 
 
 		 458 aa  127  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121522  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4308  MATE efflux family protein  31.42 
 
 		 470 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.462877 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>