More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4308 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4462  MATE efflux family protein  83.23 
 
 		 470 aa  728    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1146  MATE efflux family protein  77.11 
 
 		 469 aa  636    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.890459  normal  0.943452 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4308  MATE efflux family protein  100 
 
 		 470 aa  910    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1019  MATE efflux family protein  77.27 
 
 		 474 aa  677    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0014  putative multidrug resistance protein norM  57.63 
 
 		 460 aa  428  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1935  MATE efflux family protein  40.44 
 
 		 460 aa  295  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.18016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1298  MATE efflux family protein  42.03 
 
 		 467 aa  291  2e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0355  putative multidrug resistance protein NorM  37.85 
 
 		 471 aa  291  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.277827  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1263  MATE efflux family protein  39.69 
 
 		 467 aa  290  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0813234  normal  0.914064 
 
 
-
 
NC_004310  BR0339  multidrug resistance protein NorM, putative  37.85 
 
 		 471 aa  289  8e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0440  MATE efflux family protein  37.85 
 
 		 470 aa  286  7e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.589921  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0697  multi anti extrusion protein MatE  43.47 
 
 		 468 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.596572  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1709  MATE efflux family protein  40.94 
 
 		 470 aa  281  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578822 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3141  MATE efflux family protein  40.41 
 
 		 472 aa  276  6e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565795  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3112  multidrug efflux protein  38.04 
 
 		 465 aa  273  5.000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0664  MATE efflux family protein  39.78 
 
 		 472 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.253686 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0454  MATE efflux family protein  39.87 
 
 		 477 aa  268  1e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0643  MATE efflux family protein  40.09 
 
 		 477 aa  268  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0676  MATE efflux family protein  39.57 
 
 		 472 aa  265  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.441843  normal  0.0136882 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2770  multidrug efflux pump NorM  40.13 
 
 		 468 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00327808  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2885  multidrug efflux pump NorM  40.13 
 
 		 468 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1835  multidrug efflux pump NorM  40.13 
 
 		 468 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.143849  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0502  multidrug resistance protein NorM, putative  40.13 
 
 		 468 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00841305  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2939  multidrug resistance protein  40.13 
 
 		 468 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000251457  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2511  multidrug efflux pump NorM  40.13 
 
 		 468 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0112614  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1686  multidrug resistance protein NorM, putative  40.43 
 
 		 464 aa  258  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.712622  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2212  MATE efflux family protein  39.57 
 
 		 462 aa  257  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.520618  normal  0.988059 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2521  multi anti extrusion protein MatE  39.14 
 
 		 490 aa  256  5e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2824  Na+-driven multidrug efflux pump  39.91 
 
 		 468 aa  256  5e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338684  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0967  MATE efflux family protein  39.83 
 
 		 462 aa  256  6e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0971  MATE efflux family protein  39.61 
 
 		 462 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4204  multi anti extrusion protein MatE  39.13 
 
 		 462 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0638116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0612  MATE efflux family protein  38.74 
 
 		 462 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1050  MATE efflux family protein  38.74 
 
 		 462 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.456746 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1091  MATE efflux family protein  38.74 
 
 		 462 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.427191  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2943  MATE efflux family protein  38.43 
 
 		 470 aa  251  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0797  MATE efflux family protein  39.47 
 
 		 463 aa  250  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2708  MATE efflux family protein  37.72 
 
 		 467 aa  251  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1736  MATE efflux family protein  37.23 
 
 		 472 aa  249  6e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.282832  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2967  MATE efflux family protein  37.5 
 
 		 467 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0284207 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1041  multi anti extrusion protein MatE  38.46 
 
 		 470 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0650  MATE efflux family protein  37.72 
 
 		 458 aa  240  2.9999999999999997e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0755  MATE efflux family protein  37.27 
 
 		 456 aa  239  6.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0124459  normal  0.621342 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1930  MATE efflux family protein  38.07 
 
 		 460 aa  239  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2423  MATE efflux family protein  37.47 
 
 		 451 aa  236  9e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0441886  normal  0.25868 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0764  MATE family efflux pump NorM  37.25 
 
 		 451 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0411  MATE efflux family protein  38.17 
 
 		 453 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1856  multidrug efflux protein  29.53 
 
 		 455 aa  223  7e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.30191  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  33.71 
 
 		 466 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1767  MATE efflux family protein  31.4 
 
 		 462 aa  220  3.9999999999999997e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0255  multidrug efflux protein NorA  40.22 
 
 		 461 aa  218  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  30.63 
 
 		 457 aa  216  5.9999999999999996e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0811  multidrug efflux protein  31.34 
 
 		 425 aa  216  7e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  32.96 
 
 		 457 aa  216  8e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1699  MATE efflux family protein  35.44 
 
 		 462 aa  214  2.9999999999999995e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.4571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  32.52 
 
 		 457 aa  213  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6069  multidrug efflux protein NorA  37.69 
 
 		 462 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  32.52 
 
 		 457 aa  212  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  30.2 
 
 		 460 aa  212  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  32.52 
 
 		 457 aa  212  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  32.74 
 
 		 457 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  34.3 
 
 		 457 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6519  MATE efflux family protein  36.49 
 
 		 466 aa  209  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5517  multidrug efflux protein NorA  36.61 
 
 		 464 aa  208  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  31.4 
 
 		 450 aa  206  6e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  32.89 
 
 		 458 aa  206  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1501  multidrug efflux protein  27.96 
 
 		 454 aa  205  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2515  MATE efflux family protein  31 
 
 		 442 aa  205  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1472  multidrug efflux protein  28.19 
 
 		 453 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1295  multidrug efflux protein  28.19 
 
 		 453 aa  205  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0578421  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1402  multidrug efflux protein  28.19 
 
 		 453 aa  205  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1494  MATE efflux family protein  37.76 
 
 		 451 aa  204  3e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1267  multidrug efflux protein  28.19 
 
 		 453 aa  203  5e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0033  MATE efflux family protein  35.73 
 
 		 463 aa  203  6e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1304  multidrug efflux protein  28.86 
 
 		 452 aa  202  8e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  31.49 
 
 		 454 aa  199  7e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  31.95 
 
 		 457 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5314  multidrug efflux protein NorA  34.98 
 
 		 462 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133881 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  32.07 
 
 		 457 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0073  multidrug efflux protein NorA  35.23 
 
 		 460 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  31.29 
 
 		 457 aa  198  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1277  MATE efflux family protein  32.13 
 
 		 480 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  31.73 
 
 		 457 aa  196  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3909  multidrug efflux protein  27.96 
 
 		 452 aa  196  7e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69890  multidrug efflux protein NorA  37.5 
 
 		 488 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5025  MATE efflux family protein  29.8 
 
 		 461 aa  195  1e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.274377  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1269  multidrug efflux protein  27.52 
 
 		 453 aa  195  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.801506  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  31.73 
 
 		 457 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  31.49 
 
 		 457 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1541  multidrug efflux protein  28.19 
 
 		 453 aa  195  2e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.1514  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  31.49 
 
 		 457 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1109  multidrug efflux protein  27.05 
 
 		 452 aa  194  3e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.654532  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1435  multidrug efflux protein  27.74 
 
 		 452 aa  193  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.602082  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  29.44 
 
 		 460 aa  194  4e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1146  multidrug efflux protein  30.2 
 
 		 461 aa  193  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292586  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2915  multidrug resistance protein NorM  30 
 
 		 472 aa  192  9e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0115  multidrug resistance protein NorM, putative  35.62 
 
 		 460 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5262  multidrug efflux protein NorA  35.01 
 
 		 462 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00407645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  31.29 
 
 		 457 aa  187  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02236  multidrug efflux protein  28.48 
 
 		 456 aa  188  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>