More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1977 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  99.78 
 
 
457 aa  911    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  75.71 
 
 
457 aa  714    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1977  MATE efflux family protein  100 
 
 
457 aa  913    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000001739  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  92.56 
 
 
457 aa  837    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  92.56 
 
 
457 aa  836    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  73.15 
 
 
457 aa  669    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  99.78 
 
 
457 aa  912    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  99.78 
 
 
457 aa  912    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  99.56 
 
 
457 aa  910    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  70.68 
 
 
457 aa  668    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  92.56 
 
 
457 aa  836    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  91.03 
 
 
457 aa  847    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  75.93 
 
 
457 aa  715    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  75.33 
 
 
458 aa  705    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01624  hypothetical protein  99.78 
 
 
457 aa  911    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  99.56 
 
 
457 aa  910    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  99.78 
 
 
457 aa  912    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1712  multidrug efflux protein  70.02 
 
 
457 aa  659    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  72.26 
 
 
457 aa  659    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1534  multidrug efflux protein  99.78 
 
 
457 aa  911    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00445038  hitchhiker  0.00117159 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  92.78 
 
 
457 aa  839    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  92.56 
 
 
457 aa  835    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  75.71 
 
 
457 aa  714    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  57.62 
 
 
460 aa  521  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02236  multidrug efflux protein  56.85 
 
 
456 aa  509  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003524  multidrug efflux protein NorM  57.53 
 
 
456 aa  510  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1146  multidrug efflux protein  55.24 
 
 
461 aa  503  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2031  MATE efflux family protein  54.02 
 
 
453 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2494  MATE efflux family protein  53.71 
 
 
458 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121522  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2117  MATE efflux family protein  52.81 
 
 
458 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0110658  normal  0.0465778 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2268  MATE efflux family protein  52.85 
 
 
452 aa  464  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.012169  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2295  MATE efflux family protein  52.16 
 
 
459 aa  456  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2039  MATE efflux family protein  52.39 
 
 
459 aa  456  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017072  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2037  MATE efflux family protein  51.55 
 
 
461 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.01185  hitchhiker  0.00138183 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1951  MATE efflux family protein  51.94 
 
 
459 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000663691  normal  0.290024 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2025  MATE efflux family protein  51.94 
 
 
459 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2180  MATE efflux family protein  51.25 
 
 
459 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0347307  hitchhiker  0.00809884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2226  MATE efflux family protein  51.48 
 
 
459 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00326481  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2021  MATE efflux family protein  51.25 
 
 
459 aa  451  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.068877  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2144  MATE efflux family protein  51.25 
 
 
459 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00844779  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2334  MATE efflux family protein  51.03 
 
 
459 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215455  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1702  MATE efflux family protein  53.76 
 
 
453 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.125502  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  50.45 
 
 
460 aa  446  1.0000000000000001e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1761  MATE efflux family protein  51.03 
 
 
453 aa  444  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.129666  normal  0.0637882 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1277  MATE efflux family protein  47.39 
 
 
480 aa  431  1e-119  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0811  multidrug efflux protein  50 
 
 
425 aa  426  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2915  multidrug resistance protein NorM  46.52 
 
 
472 aa  411  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02164  multidrug efflux protein NorA  46 
 
 
457 aa  383  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  47.24 
 
 
466 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  48.97 
 
 
457 aa  375  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  45.62 
 
 
477 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2538  MATE efflux family protein  47.84 
 
 
454 aa  375  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  45.62 
 
 
477 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29880  Multidrug efflux protein  46.37 
 
 
459 aa  341  1e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.613777  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2403  MATE efflux family protein  42.98 
 
 
475 aa  330  4e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2247  Na+-driven multidrug efflux pump  41.22 
 
 
464 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0260  MATE efflux family protein  39.82 
 
 
478 aa  322  8e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2036  MATE efflux family protein  39.82 
 
 
464 aa  315  9.999999999999999e-85  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000288761  decreased coverage  0.0000000485587 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1166  MATE efflux family protein  39.86 
 
 
455 aa  314  1.9999999999999998e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0236579  normal  0.0144354 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1356  MATE efflux family protein  37.78 
 
 
461 aa  310  4e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1225  multidrug efflux pump, NorM, MATE family  39.18 
 
 
455 aa  306  5.0000000000000004e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000329619  normal  0.0233556 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1656  MATE efflux family protein  39.54 
 
 
456 aa  306  6e-82  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.737178  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1856  multidrug efflux protein  37.01 
 
 
455 aa  287  2.9999999999999996e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.30191  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1304  multidrug efflux protein  36.4 
 
 
452 aa  278  2e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1267  multidrug efflux protein  36.64 
 
 
453 aa  276  4e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1472  multidrug efflux protein  35.65 
 
 
453 aa  276  4e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1295  multidrug efflux protein  35.43 
 
 
453 aa  276  5e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0578421  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1402  multidrug efflux protein  35.43 
 
 
453 aa  276  5e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1501  multidrug efflux protein  36.18 
 
 
454 aa  276  6e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1109  multidrug efflux protein  34.68 
 
 
452 aa  271  2e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.654532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0387  multidrug efflux protein  34.3 
 
 
457 aa  268  1e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0273741  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1269  multidrug efflux protein  36.41 
 
 
453 aa  267  2e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.801506  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3909  multidrug efflux protein  36.03 
 
 
452 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1435  multidrug efflux protein  35.8 
 
 
452 aa  265  1e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.602082  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2909  multidrug efflux protein  35.71 
 
 
449 aa  262  8e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144905  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1541  multidrug efflux protein  36.41 
 
 
453 aa  260  3e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.1514  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2429  multidrug efflux protein  37.3 
 
 
455 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3309  MATE efflux family protein  36.75 
 
 
479 aa  238  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1313  Na+-driven multidrug efflux pump  32.41 
 
 
449 aa  237  4e-61  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0190769  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04042  multidrug efflux protein  36.26 
 
 
441 aa  231  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3598  multidrug efflux protein  35.66 
 
 
454 aa  226  6e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1746  MATE efflux family protein  32.28 
 
 
451 aa  219  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.325105  normal  0.141964 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6244  MATE efflux family protein  31.77 
 
 
450 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.813306  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1835  MATE efflux family protein  31.77 
 
 
450 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.967793  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2369  MATE family protein  32.05 
 
 
459 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151607  normal  0.213094 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1224  MATE efflux family protein  32.65 
 
 
446 aa  214  1.9999999999999998e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000144559  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5136  multi anti extrusion protein MatE  31.77 
 
 
453 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114978  normal  0.944792 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2146  multidrug efflux protein  34.16 
 
 
453 aa  212  1e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2236  multidrug efflux protein  33.94 
 
 
453 aa  212  1e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1115  MATE efflux family protein  31.66 
 
 
448 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000487521  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  30.2 
 
 
457 aa  207  4e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  32.36 
 
 
450 aa  207  4e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  30.67 
 
 
454 aa  207  4e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1859  MATE efflux family protein  31.54 
 
 
450 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763838  normal  0.0423968 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1773  MATE efflux family protein  32.28 
 
 
451 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1736  MATE efflux family protein  31.21 
 
 
472 aa  205  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.282832  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1438  MATE efflux family protein  32.89 
 
 
453 aa  203  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.805906  hitchhiker  0.00501053 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1023  MATE efflux family protein  31.13 
 
 
448 aa  203  5e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00302987  normal  0.449754 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2122  multi anti extrusion protein MatE  31.47 
 
 
450 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000217461  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1818  MATE efflux family protein  31.38 
 
 
459 aa  201  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.138431 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>