More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2156 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_2156  MATE efflux family protein  100 
 
 
451 aa  893    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  58.69 
 
 
450 aa  525  1e-148  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  41.18 
 
 
454 aa  331  1e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  40.58 
 
 
457 aa  324  2e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6519  MATE efflux family protein  37.25 
 
 
466 aa  292  7e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5025  MATE efflux family protein  35.48 
 
 
461 aa  279  9e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.274377  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1767  MATE efflux family protein  36.2 
 
 
462 aa  273  4.0000000000000004e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2515  MATE efflux family protein  36.45 
 
 
442 aa  264  2e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1494  MATE efflux family protein  34.88 
 
 
451 aa  246  4.9999999999999997e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1930  MATE efflux family protein  30.56 
 
 
460 aa  219  6e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135248  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1356  MATE efflux family protein  32.46 
 
 
461 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003524  multidrug efflux protein NorM  31.38 
 
 
456 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  33.87 
 
 
460 aa  213  7e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3112  multidrug efflux protein  29.24 
 
 
465 aa  208  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02236  multidrug efflux protein  31.77 
 
 
456 aa  206  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0650  MATE efflux family protein  30.36 
 
 
458 aa  204  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  30.05 
 
 
457 aa  204  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  30.28 
 
 
457 aa  204  4e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1935  MATE efflux family protein  30.58 
 
 
460 aa  203  6e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.18016  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0162  MATE efflux family protein  32.63 
 
 
486 aa  202  8e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  29.5 
 
 
457 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  29.55 
 
 
457 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  29.5 
 
 
457 aa  201  3e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  29.5 
 
 
457 aa  201  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  29.61 
 
 
466 aa  200  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  30.84 
 
 
460 aa  198  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1736  MATE efflux family protein  28.47 
 
 
472 aa  196  5.000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.282832  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1146  multidrug efflux protein  29.87 
 
 
461 aa  196  9e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292586  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1712  multidrug efflux protein  28.26 
 
 
457 aa  196  9e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0255  multidrug efflux protein NorA  28.05 
 
 
461 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0454  MATE efflux family protein  30.65 
 
 
477 aa  194  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  28.34 
 
 
457 aa  193  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0355  putative multidrug resistance protein NorM  26.98 
 
 
471 aa  192  8e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.277827  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0339  multidrug resistance protein NorM, putative  26.98 
 
 
471 aa  192  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  32.27 
 
 
457 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  29.12 
 
 
458 aa  191  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1277  MATE efflux family protein  29.73 
 
 
480 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04042  multidrug efflux protein  30.57 
 
 
441 aa  190  4e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  29.09 
 
 
457 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1856  multidrug efflux protein  29.75 
 
 
455 aa  189  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.30191  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  29.09 
 
 
457 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02164  multidrug efflux protein NorA  30.09 
 
 
457 aa  188  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  29.09 
 
 
457 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  29.09 
 
 
457 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1225  multidrug efflux pump, NorM, MATE family  29.8 
 
 
455 aa  187  3e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000329619  normal  0.0233556 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  28.31 
 
 
457 aa  187  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  28.31 
 
 
457 aa  187  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  28.31 
 
 
457 aa  186  5e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01624  hypothetical protein  28.31 
 
 
457 aa  186  5e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  28.31 
 
 
457 aa  186  5e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  28.31 
 
 
457 aa  186  5e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  28.31 
 
 
457 aa  186  5e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1977  MATE efflux family protein  28.31 
 
 
457 aa  186  6e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000001739  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1534  multidrug efflux protein  28.31 
 
 
457 aa  186  6e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00445038  hitchhiker  0.00117159 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1166  MATE efflux family protein  29.49 
 
 
455 aa  186  7e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0236579  normal  0.0144354 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5314  multidrug efflux protein NorA  28.47 
 
 
462 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.133881 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5517  multidrug efflux protein NorA  27.44 
 
 
464 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  28.86 
 
 
457 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5262  multidrug efflux protein NorA  27.56 
 
 
462 aa  183  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00407645  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2025  MATE efflux family protein  29.2 
 
 
459 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2039  MATE efflux family protein  29.2 
 
 
459 aa  182  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017072  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0440  MATE efflux family protein  25.56 
 
 
470 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.589921  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1709  MATE efflux family protein  27.06 
 
 
470 aa  181  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.578822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2915  multidrug resistance protein NorM  30.45 
 
 
472 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  29.2 
 
 
477 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1951  MATE efflux family protein  29.2 
 
 
459 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000663691  normal  0.290024 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  29.2 
 
 
477 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2295  MATE efflux family protein  29.2 
 
 
459 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2226  MATE efflux family protein  28.97 
 
 
459 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00326481  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3583  MATE efflux family protein  29.31 
 
 
438 aa  178  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.662735  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1263  MATE efflux family protein  28.44 
 
 
467 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0813234  normal  0.914064 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0762  MATE efflux family protein  32.69 
 
 
458 aa  177  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5172  multidrug efflux protein NorA  27.33 
 
 
462 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.204458 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2334  MATE efflux family protein  28.74 
 
 
459 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215455  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2144  MATE efflux family protein  28.74 
 
 
459 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00844779  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2236  multidrug efflux protein  31.05 
 
 
453 aa  176  7e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3598  multidrug efflux protein  30.95 
 
 
454 aa  176  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2180  MATE efflux family protein  29.22 
 
 
459 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0347307  hitchhiker  0.00809884 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2212  MATE efflux family protein  28.48 
 
 
462 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.520618  normal  0.988059 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2146  multidrug efflux protein  30.81 
 
 
453 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2967  MATE efflux family protein  29.89 
 
 
467 aa  173  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0284207 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1050  MATE efflux family protein  28.09 
 
 
462 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456746 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0612  MATE efflux family protein  28.09 
 
 
462 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2021  MATE efflux family protein  28.51 
 
 
459 aa  173  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.068877  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1091  MATE efflux family protein  28.09 
 
 
462 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.427191  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1761  MATE efflux family protein  28.15 
 
 
453 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.129666  normal  0.0637882 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0967  MATE efflux family protein  27.87 
 
 
462 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0971  MATE efflux family protein  27.87 
 
 
462 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500099  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4462  MATE efflux family protein  28.31 
 
 
470 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1019  MATE efflux family protein  27.01 
 
 
474 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2031  MATE efflux family protein  28.86 
 
 
453 aa  172  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1117  MATE efflux family protein  29.82 
 
 
483 aa  171  2e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.860788 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3141  MATE efflux family protein  28.6 
 
 
472 aa  172  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565795  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2708  MATE efflux family protein  29.89 
 
 
467 aa  172  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0387  multidrug efflux protein  30.12 
 
 
457 aa  170  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0273741  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2423  MATE efflux family protein  29.5 
 
 
451 aa  170  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0441886  normal  0.25868 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2117  MATE efflux family protein  28.05 
 
 
458 aa  170  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0110658  normal  0.0465778 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2037  MATE efflux family protein  27.62 
 
 
461 aa  169  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.01185  hitchhiker  0.00138183 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0764  MATE family efflux pump NorM  29.5 
 
 
451 aa  169  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0411  MATE efflux family protein  28.88 
 
 
453 aa  168  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>