More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0185 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0185  phosphatidate cytidylyltransferase  100 
 
 
316 aa  630  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.359155  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4663  phosphatidate cytidylyltransferase  60.33 
 
 
317 aa  381  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4016  phosphatidate cytidylyltransferase  59.6 
 
 
318 aa  360  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0005  phosphatidate cytidylyltransferase  59.06 
 
 
310 aa  345  6e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3655  phosphatidate cytidylyltransferase  58.22 
 
 
331 aa  343  2e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.627135 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2887  phosphatidate cytidylyltransferase  54.05 
 
 
298 aa  338  5.9999999999999996e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.423828  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2701  putative phosphatidate cytidylyltransferase  58.75 
 
 
311 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31760  putative phosphatidate cytidylyltransferase  58.42 
 
 
311 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978332  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5541  phosphatidate cytidylyltransferase  56.04 
 
 
309 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06040  Phosphatidate cytidylyltransferase  59.33 
 
 
310 aa  334  1e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1174  phosphatidate cytidylyltransferase  50.82 
 
 
310 aa  320  1.9999999999999998e-86  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0222837  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3955  phosphatidate cytidylyltransferase  52.08 
 
 
310 aa  317  1e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.704173  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0114  phosphatidate cytidylyltransferase  50.83 
 
 
313 aa  298  6e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.659993 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0720  phosphatidate cytidylyltransferase  51.53 
 
 
314 aa  285  5.999999999999999e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6363  phosphatidate cytidylyltransferase  49.67 
 
 
309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.459085  normal  0.173645 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0890  phosphatidate cytidylyltransferase  48.52 
 
 
309 aa  279  4e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1372  phosphatidate cytidylyltransferase  48.52 
 
 
309 aa  279  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0687684  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1350  phosphatidate cytidylyltransferase  48.52 
 
 
309 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.627911  normal  0.044261 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1250  phosphatidate cytidylyltransferase  49.02 
 
 
309 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6184  phosphatidate cytidylyltransferase  49.48 
 
 
309 aa  275  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.366901 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2935  phosphatidate cytidylyltransferase  48.85 
 
 
312 aa  275  6e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219644  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1275  phosphatidate cytidylyltransferase  48.69 
 
 
309 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.834933  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4517  phosphatidate cytidylyltransferase  48.2 
 
 
309 aa  262  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0834  phosphatidate cytidylyltransferase  45.25 
 
 
334 aa  229  7e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.097428 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0931  phosphatidate cytidylyltransferase  41.93 
 
 
329 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0483  phosphatidate cytidylyltransferase  43.14 
 
 
324 aa  217  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0557769 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1084  phosphatidate cytidylyltransferase  41.06 
 
 
326 aa  216  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00317494  normal  0.495362 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1726  phosphatidate cytidylyltransferase  39.74 
 
 
313 aa  211  2e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3005  phosphatidate cytidylyltransferase  37.91 
 
 
309 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.427788  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3083  phosphatidate cytidylyltransferase  37.91 
 
 
309 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1288  phosphatidate cytidylyltransferase  37.58 
 
 
309 aa  193  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.117983  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1525  putative phosphatidate cytidylyltransferase  36.7 
 
 
307 aa  183  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3840  phosphatidate cytidylyltransferase  33.88 
 
 
318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2778  CDP-diglyceride synthetase/phosphatidate cytidylyltransferase  37.99 
 
 
313 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.642152  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1099  phosphatidate cytidylyltransferase  40.38 
 
 
311 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1763  phosphatidate cytidylyltransferase  37.75 
 
 
298 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.404043  hitchhiker  0.00115025 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1590  phosphatidate cytidylyltransferase  37.87 
 
 
298 aa  170  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2236  phosphatidate cytidylyltransferase  37.42 
 
 
298 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25879  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2249  phosphatidate cytidylyltransferase  37.42 
 
 
298 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1492  phosphatidate cytidylyltransferase  37.42 
 
 
298 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2012  phosphatidate cytidylyltransferase  37.54 
 
 
298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.486344  normal  0.255286 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01364  predicted CDP-diglyceride synthase  37.09 
 
 
298 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.861719  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01376  hypothetical protein  37.09 
 
 
298 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.896621  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3406  phosphatidate cytidylyltransferase  37.67 
 
 
290 aa  91.3  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00609464  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0691  phosphatidate cytidylyltransferase  33.93 
 
 
271 aa  90.5  3e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.0000000011055  unclonable  2.72637e-19 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3930  phosphatidate cytidylyltransferase  44.44 
 
 
282 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.567007  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1533  Phosphatidate cytidylyltransferase  32.64 
 
 
368 aa  87.4  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0529885 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0448  phosphatidate cytidylyltransferase  29.44 
 
 
275 aa  86.3  6e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00105416  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11230  CDP-diglyceride synthetase  36.23 
 
 
291 aa  85.9  8e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.254783  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0530  phosphatidate cytidylyltransferase  41.07 
 
 
279 aa  85.5  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0980  CDP-diglyceride synthetase  37.9 
 
 
265 aa  85.1  0.000000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0459166  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00173  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3428  Phosphatidate cytidylyltransferase  36.64 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000894621  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0186  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00459839  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0168  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00227409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0179  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000236154  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0185  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000611994  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3485  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00144411  normal  0.0353407 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0177  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000261651  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0247  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.748652 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00172  hypothetical protein  36.64 
 
 
249 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0666446  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0260  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.451367 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1579  phosphatidate cytidylyltransferase  36.13 
 
 
262 aa  84  0.000000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.118655  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0262  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0277384  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0244  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.384885  normal  0.739542 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0244  CDP-diglyceride synthase  36.64 
 
 
285 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.306198 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2202  phosphatidate cytidylyltransferase  38.19 
 
 
339 aa  82.8  0.000000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.497209  normal  0.34108 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1915  phosphatidate cytidylyltransferase  38.17 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.151014  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2014  phosphatidate cytidylyltransferase  40.32 
 
 
280 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.132755  hitchhiker  0.00415273 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3354  CDP-diglyceride synthase  36.36 
 
 
285 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0141568  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1449  phosphatidate cytidylyltransferase  39.23 
 
 
284 aa  82  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.620583  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0713  CDP-diglyceride synthase  37.4 
 
 
285 aa  80.9  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00713923  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0947  CDP-diglyceride synthase  36.36 
 
 
285 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00468877  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1234  phosphatidate cytidylyltransferase  39.64 
 
 
441 aa  81.3  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00248565 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2049  phosphatidate cytidylyltransferase  35.88 
 
 
252 aa  81.3  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.536953  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1072  CDP-diglyceride synthase  36.36 
 
 
282 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00432402  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1019  CDP-diglyceride synthase  36.36 
 
 
282 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000480748  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3429  CDP-diglyceride synthase  36.36 
 
 
282 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00445067  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3934  phosphatidate cytidylyltransferase  36.13 
 
 
280 aa  80.5  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3159  Phosphatidate cytidylyltransferase  35.54 
 
 
285 aa  80.1  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0555993  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3109  phosphatidate cytidylyltransferase  38.17 
 
 
277 aa  80.1  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000003676  hitchhiker  0.00451842 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0242  phosphatidate cytidylyltransferase  33.14 
 
 
311 aa  79.7  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0269  putative phosphatidate cytidylyltransferase  33.33 
 
 
211 aa  79.3  0.00000000000007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0871132  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1613  phosphatidate cytidylyltransferase  32.59 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0664  phosphatidate cytidylyltransferase  41.04 
 
 
295 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3578  phosphatidate cytidylyltransferase  38.17 
 
 
313 aa  78.6  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3784  CDP-diglyceride synthase  34.71 
 
 
282 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0388384  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0533  CDP-diglyceride synthase  33.33 
 
 
284 aa  79  0.0000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.117905  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2974  phosphatidate cytidylyltransferase  34.71 
 
 
285 aa  79  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0630  Phosphatidate cytidylyltransferase  33.08 
 
 
475 aa  77.8  0.0000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.529859  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1039  phosphatidate cytidylyltransferase  35.71 
 
 
262 aa  78.2  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00281126  unclonable  0.0000000116593 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0358  phosphatidate cytidylyltransferase (CDP-diglyceride synthetase)  38.46 
 
 
282 aa  77.8  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0691  phosphatidate cytidylyltransferase  36.67 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000558794  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0998  phosphatidate cytidylyltransferase  34.09 
 
 
276 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.371374  normal  0.808071 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0757  phosphatidate cytidylyl transferase  32.69 
 
 
216 aa  77.4  0.0000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1107  phosphatidate cytidylyltransferase  35.14 
 
 
236 aa  77.4  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2623  phosphatidate cytidylyltransferase  33.88 
 
 
269 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000229401  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0806  CDP-diglyceride synthetase  32.08 
 
 
263 aa  77  0.0000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000346941  hitchhiker  0.0000000545456 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2250  phosphatidate cytidylyltransferase  36.36 
 
 
254 aa  76.6  0.0000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.427821  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0245  phosphatidate cytidylyltransferase (CDP-diglyceride synthase)  38.84 
 
 
264 aa  76.6  0.0000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>