85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0787 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0787  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 170 aa  354  1.9999999999999998e-97  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3652  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.19 
 
 		 153 aa  58.5  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.0096364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3727  cyclic nucleotide-binding protein  23.57 
 
 		 167 aa  55.5  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00887093 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.51 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0306  cyclic nucleotide-binding protein  24.49 
 
 		 166 aa  52.4  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  20.86 
 
 		 167 aa  51.6  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1182  cyclic nucleotide-binding protein  21.19 
 
 		 157 aa  51.2  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  0.0489363 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.66 
 
 		 237 aa  51.2  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.22 
 
 		 230 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2391  cyclic nucleotide-binding protein  26.55 
 
 		 164 aa  50.8  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 228 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2885  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.08 
 
 		 321 aa  49.7  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.77 
 
 		 226 aa  49.7  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  21.77 
 
 		 226 aa  49.3  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.73 
 
 		 225 aa  48.5  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.83 
 
 		 226 aa  47.8  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  28.69 
 
 		 419 aa  47.8  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.69 
 
 		 225 aa  47.8  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1505  cyclic nucleotide-binding protein  22.55 
 
 		 156 aa  47.8  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.331572  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5645  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.4 
 
 		 240 aa  47  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  22.7 
 
 		 215 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1332  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 238 aa  47.4  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.407818  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04370  cyclic nucleotide-binding protein, hydrogenase accessory protein, HoxI  24.79 
 
 		 152 aa  47.4  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339125  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1433  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.63 
 
 		 408 aa  47.4  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.532362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 261 aa  46.2  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.17 
 
 		 225 aa  46.6  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 230 aa  46.2  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  23.48 
 
 		 449 aa  46.2  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 		 435 aa  45.4  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  22.5 
 
 		 507 aa  45.8  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2663  cyclic nucleotide-binding protein  20.57 
 
 		 156 aa  45.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490536  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1298  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  23.68 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000825589  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.39 
 
 		 253 aa  45.1  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.36 
 
 		 238 aa  44.3  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  23.72 
 
 		 220 aa  44.3  0.0008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.59 
 
 		 225 aa  43.9  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.79 
 
 		 234 aa  43.9  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  20.47 
 
 		 141 aa  43.5  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.9 
 
 		 229 aa  43.9  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.83 
 
 		 222 aa  43.9  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.59 
 
 		 225 aa  43.9  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1130  cyclic nucleotide-binding protein  22.73 
 
 		 276 aa  43.5  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000651756  unclonable  0.00000750922 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.37 
 
 		 239 aa  43.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 227 aa  43.1  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  22.05 
 
 		 225 aa  42.7  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1135  cyclic nucleotide-binding protein  21.99 
 
 		 158 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0214278  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1498  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 239 aa  43.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0840  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 		 350 aa  43.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.126759 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  25.96 
 
 		 150 aa  43.1  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0922  methanesulfonate monooxygenase component; iron sulfur protein  25 
 
 		 242 aa  43.1  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.738029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  20.81 
 
 		 747 aa  43.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0504  cyclic nucleotide-binding protein  23.73 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336874  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 231 aa  43.1  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 231 aa  43.1  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1342  cyclic nucleotide-binding  26.53 
 
 		 731 aa  43.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0631571 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 		 227 aa  42.7  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.82 
 
 		 219 aa  42.7  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  22.69 
 
 		 225 aa  42.4  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.73 
 
 		 348 aa  42.7  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  19.48 
 
 		 222 aa  42  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  24.29 
 
 		 160 aa  42  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0916  cAMP-dependent protein - catabolite gene activator and regulatory subunit  27.36 
 
 		 152 aa  42  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 222 aa  42  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1475  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 260 aa  41.6  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  20.16 
 
 		 228 aa  41.6  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  21.43 
 
 		 245 aa  42  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  23.26 
 
 		 151 aa  41.6  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 249 aa  41.2  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.21 
 
 		 232 aa  41.2  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3455  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 237 aa  41.6  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2020  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.36 
 
 		 239 aa  41.2  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0424227  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 224 aa  41.2  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  27.97 
 
 		 161 aa  41.2  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.86 
 
 		 229 aa  41.2  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.2 
 
 		 224 aa  40.8  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4553  cyclic nucleotide-binding protein  25.22 
 
 		 603 aa  40.8  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.984926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.05 
 
 		 243 aa  41.2  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0575  signal transduction protein  22.82 
 
 		 606 aa  40.8  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.513215  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2228  cyclic nucleotide-binding protein  22.82 
 
 		 606 aa  40.8  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.480608  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0396  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 232 aa  41.2  0.008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  23.87 
 
 		 355 aa  40.8  0.009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.26 
 
 		 239 aa  40.8  0.01  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 227 aa  40.8  0.01  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5458  DSBA oxidoreductase  25.93 
 
 		 221 aa  40.8  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.521103  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>