More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_5645 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_5645  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
240 aa  491  9.999999999999999e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.47 
 
 
253 aa  185  4e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.65 
 
 
238 aa  171  9e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.05 
 
 
215 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  33.51 
 
 
215 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  33.51 
 
 
215 aa  96.7  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
225 aa  83.2  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 
225 aa  81.6  0.000000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3761  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.57 
 
 
227 aa  78.6  0.00000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0509841  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.18 
 
 
227 aa  78.2  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.51 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
233 aa  75.5  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.84 
 
 
219 aa  75.1  0.0000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.23 
 
 
228 aa  73.9  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
238 aa  72  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1037  cyclic nucleotide-binding protein  27.43 
 
 
227 aa  70.5  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.272663 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
226 aa  68.9  0.00000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.89 
 
 
228 aa  68.6  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3198  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.05 
 
 
221 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.90573 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  31.5 
 
 
225 aa  68.2  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.57 
 
 
234 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 
226 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.21 
 
 
228 aa  66.6  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1063  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.05 
 
 
238 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.79 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  25.24 
 
 
219 aa  66.2  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  35.92 
 
 
563 aa  65.9  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6844  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.29 
 
 
235 aa  65.5  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0901192  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.54 
 
 
220 aa  65.1  0.0000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  27.17 
 
 
237 aa  65.1  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2804  cyclic nucleotide-binding protein  26.34 
 
 
229 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0750  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.53 
 
 
238 aa  65.1  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3296  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 
229 aa  64.7  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.721133  normal  0.844961 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  27.96 
 
 
224 aa  64.3  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.58 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5851  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.6 
 
 
242 aa  63.5  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0930905  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
225 aa  62.8  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0067  cyclic nucleotide-binding protein  28.44 
 
 
415 aa  62.8  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
227 aa  62.8  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  37.4 
 
 
165 aa  62.4  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.54 
 
 
225 aa  62.4  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.45 
 
 
129 aa  62  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.29 
 
 
212 aa  62.4  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
247 aa  62  0.000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.59 
 
 
225 aa  62  0.000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 
275 aa  61.6  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.29 
 
 
212 aa  61.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.67 
 
 
224 aa  61.6  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.23 
 
 
225 aa  60.8  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1849  cyclic nucleotide-binding  24.02 
 
 
195 aa  60.5  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00134256  normal  0.103049 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  34.95 
 
 
160 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  31.19 
 
 
407 aa  60.1  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.44 
 
 
243 aa  59.7  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.95 
 
 
225 aa  59.7  0.00000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4798  cyclic nucleotide-binding protein  25.57 
 
 
227 aa  59.7  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.89 
 
 
226 aa  59.3  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.69 
 
 
1075 aa  58.5  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.95 
 
 
226 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  26.2 
 
 
214 aa  57.8  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.64 
 
 
225 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.23 
 
 
171 aa  56.6  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
222 aa  57  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.23 
 
 
223 aa  56.6  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  32.12 
 
 
577 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.92 
 
 
225 aa  56.2  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.31 
 
 
232 aa  55.8  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 
224 aa  55.5  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  23.32 
 
 
232 aa  55.5  0.0000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4541  cyclic nucleotide-binding protein  30.08 
 
 
426 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.87 
 
 
242 aa  55.1  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.9 
 
 
248 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0396  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.5 
 
 
232 aa  54.3  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2448  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.08 
 
 
238 aa  54.7  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  23.89 
 
 
214 aa  54.7  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.43 
 
 
242 aa  54.7  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
225 aa  54.7  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
224 aa  54.7  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4598  cyclic nucleotide-binding protein  26.49 
 
 
414 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1753  cyclic nucleotide-binding protein  34.02 
 
 
357 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.63 
 
 
428 aa  54.3  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000260717  hitchhiker  0.000176219 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  28.24 
 
 
210 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.27 
 
 
243 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.43 
 
 
231 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.72 
 
 
227 aa  54.3  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04510  cyclic nucleotide-binding domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G03170)  38.27 
 
 
923 aa  53.5  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  28.7 
 
 
322 aa  53.5  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12211  predicted protein  40.51 
 
 
528 aa  53.5  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1254  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.34 
 
 
131 aa  53.5  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000276684  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.71 
 
 
236 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  26.85 
 
 
238 aa  53.1  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.78 
 
 
1056 aa  53.1  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.32 
 
 
238 aa  53.1  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0343  cyclic nucleotide-binding protein  29.41 
 
 
811 aa  53.1  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0783507  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.28 
 
 
261 aa  53.1  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  26.92 
 
 
217 aa  53.1  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.13 
 
 
225 aa  53.1  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.22 
 
 
226 aa  52.8  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.05 
 
 
226 aa  52.8  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  27.48 
 
 
210 aa  52.8  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0787  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.4 
 
 
170 aa  52.8  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>