More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4553 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3557  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  57.21 
 
 
605 aa  676    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0506  CBS domain-containing protein  62.04 
 
 
606 aa  739    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.413474  normal  0.25412 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0575  signal transduction protein  61.87 
 
 
606 aa  748    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.513215  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2228  cyclic nucleotide-binding protein  61.87 
 
 
606 aa  749    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.480608  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3667  cyclic nucleotide-binding protein  55.91 
 
 
606 aa  654    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.773951  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4553  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
603 aa  1218    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.984926  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1043  cyclic nucleotide-binding protein  36.62 
 
 
624 aa  403  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4954  CBS domain-containing protein  35.69 
 
 
624 aa  376  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2369  cyclic nucleotide-binding protein  36 
 
 
615 aa  377  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00413273 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2357  cyclic nucleotide-binding protein  35.27 
 
 
615 aa  372  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1548  cyclic nucleotide-binding protein  35.38 
 
 
615 aa  369  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2751  CBS domain-containing protein  34.78 
 
 
615 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0342062 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2672  signal-transduction protein  34.78 
 
 
615 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1712  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  34.78 
 
 
615 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.76121  hitchhiker  0.00000133647 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2637  signal-transduction protein  34.78 
 
 
615 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1576  cyclic nucleotide-binding protein  35.15 
 
 
620 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132625 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1515  cyclic nucleotide-binding protein  34.65 
 
 
620 aa  363  6e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0149843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1582  cyclic nucleotide-binding protein  34.65 
 
 
620 aa  363  6e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0380043 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0967  nucleotidyltransferase  33.12 
 
 
641 aa  362  1e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.151654 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1524  CBS domain-containing protein  36.65 
 
 
618 aa  361  2e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1751  cyclic nucleotide-binding protein  35.55 
 
 
615 aa  359  7e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0246988 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2856  CBS domain-containing protein  33.99 
 
 
620 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2835  CBS domain-containing protein  35.16 
 
 
615 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00609535 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1697  CBS domain-containing protein  35.66 
 
 
615 aa  354  2e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02457  hypothetical protein  31.42 
 
 
626 aa  353  5.9999999999999994e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1811  cyclic nucleotide-binding protein  32.25 
 
 
625 aa  351  2e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0051  cyclic nucleotide-binding protein  32.57 
 
 
629 aa  350  3e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2321  nucleotidyltransferase  30.52 
 
 
627 aa  348  1e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.477711  hitchhiker  0.00895935 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01888  hypothetical protein  32.25 
 
 
629 aa  346  7e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003608  Signal transduction protein  30.77 
 
 
626 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4338  CBS domain-containing protein  32.55 
 
 
618 aa  333  5e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2504  cyclic nucleotide-binding protein  32.52 
 
 
628 aa  333  5e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0264  signal protein  31.72 
 
 
614 aa  332  8e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4543  CBS domain-containing protein  33.06 
 
 
639 aa  332  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.661781  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0267  cyclic nucleotide-binding protein  31.74 
 
 
625 aa  331  2e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0910  hypothetical protein  31.98 
 
 
637 aa  330  6e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.529281  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003141  Signal transduction protein  31.11 
 
 
629 aa  329  8e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0837  cyclic nucleotide-binding protein  33.82 
 
 
629 aa  320  3e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0100  putative cyclic nucleotide binding protein  30.13 
 
 
626 aa  320  5e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0978  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.58 
 
 
635 aa  319  7.999999999999999e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.082367  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3713  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  34.44 
 
 
613 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000235103  unclonable  0.0000000288509 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0302  signal-transduction protein  30.16 
 
 
648 aa  305  2.0000000000000002e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3131  cyclic nucleotide-binding domain (cNMP-BD) protein  32.18 
 
 
633 aa  302  1e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3932  CBS domain-containing protein  32.95 
 
 
623 aa  299  9e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.177243  normal  0.11098 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1296  hypothetical protein  32.78 
 
 
601 aa  296  5e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.922257  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2113  putative CBS domain and cyclic nucleotide- regulated nucleotidyltransferase  34.25 
 
 
644 aa  295  1e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0699  CBS domain-containing protein  31.13 
 
 
625 aa  295  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0116377  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2007  CBS domain-containing protein  32.45 
 
 
623 aa  292  1e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.232416  decreased coverage  0.00139706 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000925  Signal transduction protein  28.81 
 
 
622 aa  282  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.334534  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1584  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  33.77 
 
 
606 aa  280  4e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0450512 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1025  cyclic nucleotide-binding protein  31.51 
 
 
645 aa  280  7e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3158  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33 
 
 
596 aa  263  6.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.664732  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2052  cyclic nucleotide-binding protein  32.32 
 
 
663 aa  256  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1866  cyclic nucleotide-binding protein  36.36 
 
 
615 aa  248  2e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.450839  normal  0.446941 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1863  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  30.47 
 
 
625 aa  247  6e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0994673  normal  0.46863 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0554  putative CBS domain and cyclic nucleotide- regulated nucleotidyltransferase  27.54 
 
 
637 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4097  CBS domain-containing protein  28.57 
 
 
643 aa  246  8e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4030  CBS domain-containing protein  29.63 
 
 
641 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.210383  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3753  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  31.4 
 
 
601 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.53341  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3274  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  32.62 
 
 
596 aa  242  2e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.877425  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0629  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.2 
 
 
667 aa  242  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3836  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  31.24 
 
 
601 aa  242  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3695  cyclic nucleotide-binding protein  31.07 
 
 
603 aa  240  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05910  cyclic nucleotide-binding protein  29.17 
 
 
645 aa  237  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0914238  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0817  CBS domain-containing protein  32.41 
 
 
603 aa  236  6e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.175091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4848  CBS domain-containing protein  28.2 
 
 
645 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.602391  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0380  CBS domain-containing protein  28.36 
 
 
645 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.488205  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1615  putative CBS domain and cyclic nucleotide- regulated nucleotidyltransferase  31.54 
 
 
636 aa  236  8e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0354  CBS domain-containing protein  28.36 
 
 
645 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.466174 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2478  putative CBS domain and cyclic nucleotide- regulated nucleotidyltransferase  28.5 
 
 
642 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00776763 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1635  cyclic nucleotide-binding/CBS/putative nucleotidyltransferase  29.5 
 
 
646 aa  231  3e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.5663  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0528  signal-transduction protein  27.12 
 
 
611 aa  231  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.766846  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0382  CBS domain-containing protein  28.2 
 
 
645 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.263171 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4702  cyclic nucleotide-binding/CBS:putative nucleotidyltransferase  27.46 
 
 
644 aa  228  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1849  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  28.5 
 
 
633 aa  226  7e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0769  hypothetical protein  31.12 
 
 
574 aa  224  3e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.463827  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0471  nucleotidyltransferase, putative  26.67 
 
 
622 aa  223  8e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1034  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  26.79 
 
 
660 aa  223  9e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0818  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  31.18 
 
 
603 aa  223  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.410169  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0822  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  31.34 
 
 
603 aa  222  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0770  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.13 
 
 
603 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.461269  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1304  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  25.9 
 
 
650 aa  220  5e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.333083  normal  0.600467 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4152  signal-transduction protein  32.32 
 
 
486 aa  217  5.9999999999999996e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.729428 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5185  cyclic nucleotide-binding (cNMP-bd) protein  27.42 
 
 
646 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.255954  normal  0.285696 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1266  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  24.53 
 
 
649 aa  209  1e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1809  putative signal-transduction protein with CBS domains  30.4 
 
 
478 aa  208  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1568  cyclic nucleotide-binding protein  26.18 
 
 
634 aa  208  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3143  CBS domain-containing protein  28.67 
 
 
601 aa  206  9e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2002  cyclic nucleotide-binding protein  26.16 
 
 
641 aa  204  3e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0090  CBS signal-transduction protein  30.92 
 
 
629 aa  203  6e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.382061 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2583  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  32.54 
 
 
648 aa  203  8e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0903  cyclic nucleotide-binding protein  26.05 
 
 
638 aa  203  8e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2620  putative signal transduction protein with CBS domains  29.78 
 
 
480 aa  202  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0774627  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2049  protein of unknown function DUF294, nucleotidyltransferase putative  38.15 
 
 
373 aa  201  3e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.82123  normal  0.388893 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2028  signal-transduction protein  32.09 
 
 
481 aa  201  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.240016 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1543  putative signal-transduction protein with CBS domains  23.24 
 
 
600 aa  196  9e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00292919  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1009  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.51 
 
 
649 aa  194  3e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.959275  normal  0.0476299 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2480  CBS domain-containing protein  23.68 
 
 
639 aa  194  3e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.218166  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00722  Signaling protein with a cAMP-binding, CBS domains and predicted nucleotidyltransferase domain  24.92 
 
 
613 aa  193  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3824  CBS domain-containing protein  29.54 
 
 
605 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664828 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>