More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0286 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0286  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
424 aa  853    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.136894  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3783  histidine kinase  36.95 
 
 
544 aa  239  5e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.401083  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1523  sensory box histidine kinase  48.79 
 
 
787 aa  235  9e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00153524  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0195  sensory box histidine kinase  46.85 
 
 
791 aa  235  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00184929  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0198  sensory box histidine kinase  46.81 
 
 
791 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00155091  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3383  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.99 
 
 
617 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.93 
 
 
652 aa  230  3e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1316  sensory box histidine kinase  48.95 
 
 
787 aa  230  4e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00351204  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2076  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  45.28 
 
 
387 aa  228  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.52949  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3767  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  34.5 
 
 
587 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.634012  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1243  sensory box histidine kinase  43.43 
 
 
623 aa  219  6e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1055  sensory box histidine kinase/response regulator  44.28 
 
 
558 aa  219  8.999999999999998e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.952288  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9098  bacteriophytochrome protein  33.42 
 
 
378 aa  209  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.384054  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0585  ATP-binding region ATPase domain protein  34.46 
 
 
528 aa  209  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.215545  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2802  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
406 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5356  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 
377 aa  206  7e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.940445 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3274  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 
383 aa  204  3e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 
1691 aa  201  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2590  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
405 aa  201  3e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.413696 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0511  histidine kinase  46.36 
 
 
440 aa  200  3.9999999999999996e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000775208  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0975  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
383 aa  200  5e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2005  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
408 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.343751 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2715  sensor histidine kinase/response regulator  32.82 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.615592  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3758  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
408 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.734482 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2448  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  32.31 
 
 
393 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.760608  hitchhiker  0.00120668 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2109  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
408 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.25 
 
 
1152 aa  196  8.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1941  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.16 
 
 
395 aa  194  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0596409  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4249  ATP-binding region ATPase domain protein  33.86 
 
 
374 aa  194  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2145  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.23 
 
 
408 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001377 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3693  histidine kinase  34.17 
 
 
667 aa  194  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2689  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.46 
 
 
646 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.119288 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
404 aa  190  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  37.73 
 
 
1093 aa  187  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 
1002 aa  187  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  40.97 
 
 
1086 aa  186  5e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1070  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 
402 aa  186  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.86399 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6238  histidine kinase  30.48 
 
 
519 aa  186  6e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.547868  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1421  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 
404 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0172  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.31 
 
 
395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0615  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 
395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858549 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1884  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 
389 aa  183  5.0000000000000004e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.329348  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.34 
 
 
1352 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2075  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.65 
 
 
572 aa  181  2e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0931  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.26 
 
 
446 aa  180  4e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.523505  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2788  histidine kinase  41.73 
 
 
576 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1561  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
443 aa  179  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.414952 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4207  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
370 aa  177  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.728065 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1418  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.69 
 
 
853 aa  177  4e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237881  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3270  histidine kinase  38.66 
 
 
565 aa  177  4e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0617  histidine kinase  38.3 
 
 
525 aa  176  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862925  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1219  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 
375 aa  176  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.745377  normal  0.599724 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2393  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  33.85 
 
 
518 aa  174  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.991201  normal  0.0787545 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1010  histidine kinase  34.97 
 
 
503 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232775  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1369  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.89 
 
 
767 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0713189  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  29.77 
 
 
369 aa  174  3.9999999999999995e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.847548  normal  0.236297 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.15 
 
 
397 aa  174  3.9999999999999995e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1526  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 
975 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4248  ATP-binding region ATPase domain protein  40 
 
 
1196 aa  172  6.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5387  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
375 aa  172  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0971839 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0134  histidine kinase  30.15 
 
 
547 aa  172  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  38.49 
 
 
560 aa  172  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.82 
 
 
763 aa  171  2e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.172925  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1834  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.47 
 
 
569 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1639  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.94 
 
 
583 aa  171  3e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.19247  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  37.34 
 
 
923 aa  170  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0213  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.13 
 
 
974 aa  171  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0934932  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
973 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.01 
 
 
631 aa  171  3e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
1131 aa  171  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0047  histidine kinase  40 
 
 
508 aa  171  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3856  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.4 
 
 
378 aa  170  4e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0057  histidine kinase  31.53 
 
 
588 aa  170  5e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000185994 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2725  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.6 
 
 
568 aa  169  6e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5235  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.55 
 
 
757 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1816  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 
977 aa  169  1e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218789  normal  0.39116 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0065  histidine kinase  31.29 
 
 
578 aa  169  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2536  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.16 
 
 
801 aa  168  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.087707 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 
1126 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.121173  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  30.23 
 
 
677 aa  168  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2944  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.65 
 
 
573 aa  168  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2814  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 
763 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.155467  normal  0.302046 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4608  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 
1645 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.284957  normal  0.407853 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3302  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 
763 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2626  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
392 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1168  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.58 
 
 
676 aa  167  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0884  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.14 
 
 
513 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683034  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3158  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.94 
 
 
1131 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0979379 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  31.54 
 
 
544 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0711  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.5 
 
 
646 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.386988 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0327  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
620 aa  166  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0700  PAS sensor protein  34.87 
 
 
648 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.390085  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 
778 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.77 
 
 
969 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3045  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.26 
 
 
587 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4229  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 
383 aa  164  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.599633  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
643 aa  164  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2206  histidine kinase  33.83 
 
 
556 aa  164  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  28.99 
 
 
598 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2403  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.11 
 
 
371 aa  164  3e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>