More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6500 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6500  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 307 aa  630  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.559851 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03640  porphobilinogen deaminase  56.54 
 
 		 305 aa  348  9e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0944  porphobilinogen deaminase  52.43 
 
 		 307 aa  336  2.9999999999999997e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.700736  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1454  porphobilinogen deaminase  58.89 
 
 		 288 aa  318  1e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.179158  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  43.05 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  42.11 
 
 		 318 aa  215  5.9999999999999996e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1891  porphobilinogen deaminase  42.11 
 
 		 312 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  41.18 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  40.13 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  39.14 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1251  porphobilinogen deaminase  40.66 
 
 		 309 aa  205  7e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  40.88 
 
 		 321 aa  205  7e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  39.41 
 
 		 310 aa  203  2e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0933  porphobilinogen deaminase  38.14 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2163  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.138876  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  42.48 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  38.85 
 
 		 317 aa  201  9e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  41.97 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1539  porphobilinogen deaminase  38.85 
 
 		 312 aa  200  3e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0899347  hitchhiker  0.00290857 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3568  porphobilinogen deaminase  40.85 
 
 		 321 aa  199  5e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.133183  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  41.88 
 
 		 314 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  39.02 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  39.8 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  41.18 
 
 		 312 aa  195  6e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  38.89 
 
 		 313 aa  195  7e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  40.98 
 
 		 313 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  37.91 
 
 		 306 aa  195  9e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  38.89 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  39.46 
 
 		 317 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0502  porphobilinogen deaminase  38.82 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000513467  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  40.13 
 
 		 309 aa  195  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  39.22 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1249  porphobilinogen deaminase  40.13 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.280442 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  38.16 
 
 		 318 aa  193  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  38.89 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  39.29 
 
 		 310 aa  192  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  38.16 
 
 		 318 aa  192  4e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  38.56 
 
 		 313 aa  192  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  39.54 
 
 		 314 aa  193  4e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5018  porphobilinogen deaminase  39.54 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  40.33 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3354  porphobilinogen deaminase  40.97 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  40.98 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  38.61 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  40.33 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1515  porphobilinogen deaminase  38.14 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  39.07 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  38.31 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  40.33 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  38.74 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1796  porphobilinogen deaminase  37.38 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.160972  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  39.8 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  39.46 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  39.07 
 
 		 313 aa  189  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  40.92 
 
 		 312 aa  189  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  38.69 
 
 		 318 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  38.69 
 
 		 320 aa  189  7e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  38.69 
 
 		 320 aa  189  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  38.69 
 
 		 320 aa  189  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  40.33 
 
 		 313 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_51811  hydroxymethylbilane synthase  39.54 
 
 		 329 aa  188  9e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  38.69 
 
 		 318 aa  188  9e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1427  porphobilinogen deaminase  36.59 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  40.33 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0688  porphobilinogen deaminase  38.36 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.427677  normal  0.256859 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  38.69 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  38.69 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  39.74 
 
 		 317 aa  186  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  40.47 
 
 		 315 aa  187  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  38.8 
 
 		 309 aa  186  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  38.41 
 
 		 351 aa  186  4e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  38.36 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  38.36 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  37.33 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0950  porphobilinogen deaminase  36.98 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  39.46 
 
 		 311 aa  186  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  38.51 
 
 		 313 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  38.51 
 
 		 313 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  38.51 
 
 		 318 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  38.51 
 
 		 320 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2660  porphobilinogen deaminase  38.28 
 
 		 309 aa  185  9e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  38.51 
 
 		 320 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  38.14 
 
 		 315 aa  185  9e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0899  porphobilinogen deaminase  36.45 
 
 		 308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.28159  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2791  porphobilinogen deaminase  37.95 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0767  porphobilinogen deaminase  35.5 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1237  porphobilinogen deaminase  38.54 
 
 		 285 aa  182  4.0000000000000006e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31592  predicted protein  41.01 
 
 		 325 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.784447 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1465  porphobilinogen deaminase  39.33 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1226  porphobilinogen deaminase  35.57 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000455197  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  39.74 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1048  porphobilinogen deaminase  34.98 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0191591  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12370  porphobilinogen deaminase  35.9 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  38.08 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0975  porphobilinogen deaminase  38.33 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  37.79 
 
 		 326 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_004310  BR1887  porphobilinogen deaminase  38.33 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0767  porphobilinogen deaminase  36.96 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0893  porphobilinogen deaminase  35.87 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  35.76 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>