More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1891 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1891  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 312 aa  600  1e-170  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1347  porphobilinogen deaminase  56.72 
 
 		 309 aa  284  2.0000000000000002e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  51.27 
 
 		 313 aa  280  3e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  50.33 
 
 		 306 aa  278  1e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  51.12 
 
 		 317 aa  277  2e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  48.54 
 
 		 318 aa  272  6e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4621  porphobilinogen deaminase  49.51 
 
 		 320 aa  271  9e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1251  porphobilinogen deaminase  48.38 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2563  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 311 aa  271  1e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.659984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1249  porphobilinogen deaminase  52.29 
 
 		 313 aa  269  5e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.280442 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  50.16 
 
 		 322 aa  268  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  49.51 
 
 		 310 aa  268  1e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  48.7 
 
 		 309 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  48.03 
 
 		 318 aa  266  4e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  48.87 
 
 		 310 aa  266  4e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  47.45 
 
 		 317 aa  265  5.999999999999999e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07271  porphobilinogen deaminase  52.13 
 
 		 317 aa  265  1e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  50.95 
 
 		 313 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  47.44 
 
 		 317 aa  264  1e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  48.54 
 
 		 318 aa  264  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  49.04 
 
 		 315 aa  263  2e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  47.7 
 
 		 318 aa  263  3e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  50.99 
 
 		 313 aa  262  4e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  48.22 
 
 		 309 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0584  porphobilinogen deaminase  49.36 
 
 		 317 aa  261  8e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.415079 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  49.36 
 
 		 313 aa  261  8e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  51.76 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  50 
 
 		 313 aa  261  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  51.47 
 
 		 315 aa  261  2e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  46.93 
 
 		 309 aa  260  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  46.96 
 
 		 314 aa  259  5.0000000000000005e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  48.22 
 
 		 309 aa  259  6e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  50.5 
 
 		 313 aa  259  6e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  48.54 
 
 		 309 aa  259  6e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  48.52 
 
 		 318 aa  258  7e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4968  porphobilinogen deaminase  49.35 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  48.04 
 
 		 312 aa  257  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4774  porphobilinogen deaminase  47.39 
 
 		 336 aa  256  4e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  50 
 
 		 313 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  47.6 
 
 		 326 aa  256  4e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1750  porphobilinogen deaminase  50.99 
 
 		 303 aa  255  5e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.444396 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  46.75 
 
 		 310 aa  256  5e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  47.4 
 
 		 326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  47.85 
 
 		 312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  47.39 
 
 		 312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 320 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3354  porphobilinogen deaminase  48.84 
 
 		 308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 320 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 318 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  49.19 
 
 		 313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  50.16 
 
 		 312 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 320 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 318 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  46.54 
 
 		 321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  48.52 
 
 		 351 aa  253  3e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  47.35 
 
 		 311 aa  253  3e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 320 aa  253  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0679  porphobilinogen deaminase  49.84 
 
 		 317 aa  253  4.0000000000000004e-66  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.451406  normal  0.332479 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  48.09 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  46.89 
 
 		 310 aa  252  5.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  47.62 
 
 		 320 aa  252  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  47.62 
 
 		 320 aa  252  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  47.62 
 
 		 318 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  48.87 
 
 		 320 aa  251  8.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04951  porphobilinogen deaminase  47.19 
 
 		 316 aa  251  9.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.334606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  48.09 
 
 		 313 aa  251  9.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  46.79 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  47.62 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  47.62 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  48.09 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  46.79 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  46.79 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  46.79 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0208  porphobilinogen deaminase  46.79 
 
 		 320 aa  249  4e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.492293 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1680  porphobilinogen deaminase  48.85 
 
 		 317 aa  249  4e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1273  porphobilinogen deaminase  47.54 
 
 		 315 aa  249  5e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0967  porphobilinogen deaminase  51.16 
 
 		 320 aa  248  8e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.219304  normal  0.534039 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1289  porphobilinogen deaminase  49.06 
 
 		 324 aa  248  8e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  44.63 
 
 		 309 aa  248  9e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  46.15 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  49.01 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05521  porphobilinogen deaminase  45.16 
 
 		 316 aa  246  3e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.132832  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  46.15 
 
 		 310 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  46.15 
 
 		 310 aa  246  3e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  46.15 
 
 		 310 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  48.22 
 
 		 311 aa  246  4e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  49.01 
 
 		 303 aa  246  4e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0893  porphobilinogen deaminase  43.69 
 
 		 313 aa  246  4e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  47.57 
 
 		 316 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05221  porphobilinogen deaminase  45.16 
 
 		 316 aa  246  4.9999999999999997e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  45.83 
 
 		 310 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2007  porphobilinogen deaminase  47.44 
 
 		 320 aa  245  6e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0496  porphobilinogen deaminase  44.9 
 
 		 316 aa  245  6e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2032  porphobilinogen deaminase  47.44 
 
 		 320 aa  245  8e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.759518 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  49.19 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05591  porphobilinogen deaminase  43.63 
 
 		 316 aa  244  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  48.85 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  46.28 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>