More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0634 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0634  D-alanyl-alanine synthetase A  100 
 
 
346 aa  691    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.233428  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0889  D-alanyl-alanine synthetase A  68.79 
 
 
346 aa  491  9.999999999999999e-139  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0819  D-alanyl-alanine synthetase A  68.79 
 
 
346 aa  491  9.999999999999999e-139  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.966668  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1212  D-alanyl-alanine synthetase A  68.5 
 
 
346 aa  487  1e-136  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1152  D-alanyl-alanine synthetase A  61.45 
 
 
347 aa  432  1e-120  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00719746  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1050  D-alanine/D-alanine ligase  55.65 
 
 
344 aa  403  1e-111  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0572  D-alanyl-alanine synthetase A  51.76 
 
 
342 aa  371  1e-102  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.140397  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0808  D-alanyl-alanine synthetase A  55.62 
 
 
345 aa  374  1e-102  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.441448  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1208  D-alanyl-alanine synthetase A  53.47 
 
 
345 aa  369  1e-101  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1246  D-alanine--D-alanine ligase  29.13 
 
 
408 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000908646 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0036  D-alanine--D-alanine ligase  30 
 
 
380 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.069564  decreased coverage  0.00131086 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1090  D-alanine/D-alanine ligase  30.08 
 
 
353 aa  129  5.0000000000000004e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0486  D-alanine--D-alanine ligase  32.75 
 
 
361 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0599  D-alanine--D-alanine ligase  28.83 
 
 
369 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  30.51 
 
 
368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  30.98 
 
 
376 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0998  D-alanine/D-alanine ligase  26.43 
 
 
414 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.268239  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7137  D-alanine--D-lactate ligase  28.71 
 
 
348 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137191  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4918  D-alanine--D-alanine ligase  29.55 
 
 
439 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.592634  normal  0.181215 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5356  D-alanine/D-alanine ligase  29.65 
 
 
346 aa  123  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0315218  normal  0.0664489 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  28.27 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0905  D-alanyl-alanine synthetase A  32.32 
 
 
360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  28.18 
 
 
360 aa  120  3e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4219  D-alanyl-alanine synthetase A  28.06 
 
 
367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.899986  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0849  D-alanyl-alanine synthetase A  27.41 
 
 
350 aa  119  4.9999999999999996e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.37801  normal  0.165136 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5374  D-alanyl-alanine synthetase A  27.03 
 
 
367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0896032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  27.68 
 
 
371 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  27.68 
 
 
371 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  31.34 
 
 
365 aa  119  6e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2143  D-alanyl-alanine synthetase A  29.48 
 
 
367 aa  119  7e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  27.68 
 
 
371 aa  119  7e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0523  D-alanine/D-alanine ligase  25.94 
 
 
344 aa  119  9e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.346273  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  28.53 
 
 
370 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  30.77 
 
 
363 aa  118  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2618  D-alanyl-alanine synthetase A  29.84 
 
 
323 aa  119  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  29.65 
 
 
363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2665  D-alanyl-alanine synthetase A  27.11 
 
 
364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2535  D-alanyl-alanine synthetase A  27.11 
 
 
364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  29.06 
 
 
362 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4217  D-alanyl-alanine synthetase A  28.49 
 
 
366 aa  117  3e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0360  D-alanyl-alanine synthetase A  26.91 
 
 
367 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  28.49 
 
 
373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0143  bifunctional D-alanyl-alanine synthetase A/UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  30.28 
 
 
833 aa  115  7.999999999999999e-25  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.714064  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0633  D-alanyl-alanine synthetase A  29.1 
 
 
371 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  28.65 
 
 
364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  29.04 
 
 
364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  29.04 
 
 
364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1414  D-alanine/D-alanine ligase  29.28 
 
 
346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  29.04 
 
 
364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  29.04 
 
 
364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  27.11 
 
 
366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  29.04 
 
 
364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  29.04 
 
 
364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  29.04 
 
 
364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5376  D-alanine/D-alanine ligase  28.1 
 
 
350 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  28.57 
 
 
359 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1664  D-alanine--D-lactate ligase  27.84 
 
 
341 aa  113  5e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0217  D-alanyl-alanine synthetase A  29.06 
 
 
361 aa  113  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0257  D-alanyl-alanine synthetase A  29.06 
 
 
361 aa  113  6e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  32.11 
 
 
305 aa  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0223  D-alanyl-alanine synthetase A  28.44 
 
 
362 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0219  D-alanyl-alanine synthetase A  29.06 
 
 
361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0387  D-alanyl-alanine synthetase A  29.49 
 
 
367 aa  111  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.067468  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  28.15 
 
 
376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  28.25 
 
 
360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  29.94 
 
 
364 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  29.94 
 
 
364 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5793  D-alanine--D-lactate ligase  29.85 
 
 
346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0328939  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0279  D-alanyl-alanine synthetase A  28.75 
 
 
361 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4988  D-alanine/D-alanine ligase  26.59 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.467567  normal  0.084905 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3609  D-alanyl-alanine synthetase A  26.72 
 
 
383 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  31.51 
 
 
340 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  29.94 
 
 
364 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  27.76 
 
 
371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0265  D-alanyl-alanine synthetase A  28.75 
 
 
361 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  31.6 
 
 
316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  31.3 
 
 
313 aa  110  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  32.3 
 
 
306 aa  109  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1529  D-alanyl-alanine synthetase A  32.69 
 
 
363 aa  110  5e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0260  D-alanyl-alanine synthetase A  29.06 
 
 
361 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.649407  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5988  D-alanyl-alanine synthetase A  29.47 
 
 
355 aa  109  9.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2763  D-alanyl-alanine synthetase A  26.05 
 
 
351 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.118485  hitchhiker  0.00665374 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1603  D-alanine/D-alanine ligase  30.22 
 
 
362 aa  108  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  28.25 
 
 
363 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10770  D-alanine--D-alanine ligase  26.61 
 
 
376 aa  107  2e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.44685 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  34.84 
 
 
310 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09160  D-alanyl-alanine synthetase A  31.68 
 
 
365 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.616014 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19931  D-alanyl-alanine synthetase A  28.1 
 
 
353 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.115642 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  29.34 
 
 
364 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  29.34 
 
 
364 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  30.51 
 
 
364 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0767  D-alanyl-alanine synthetase A  26.95 
 
 
348 aa  107  3e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  27.08 
 
 
364 aa  107  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  27.41 
 
 
366 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3354  D-alanyl-alanine synthetase A  25.83 
 
 
351 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3506  D-alanine--D-alanine ligase  26.5 
 
 
361 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.109153  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  25.91 
 
 
308 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5065  D-alanyl-alanine synthetase A  28.12 
 
 
361 aa  107  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.250957  normal  0.846892 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  32.13 
 
 
305 aa  107  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08980  D-alanine--D-alanine ligase  29.12 
 
 
343 aa  106  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>