More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0998 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0998  D-alanine/D-alanine ligase  100 
 
 		 414 aa  835    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.268239  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0486  D-alanine--D-alanine ligase  38.48 
 
 		 361 aa  299  5e-80  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  37.19 
 
 		 364 aa  262  1e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  35.68 
 
 		 364 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1636  D-alanine/D-alanine ligase  37.5 
 
 		 383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  37.09 
 
 		 367 aa  240  4e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  38.24 
 
 		 362 aa  239  8e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0265  D-alanyl-alanine synthetase A  36.79 
 
 		 361 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4592  D-alanine--D-alanine ligase  35.51 
 
 		 393 aa  235  1.0000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.79248  normal  0.646635 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0279  D-alanyl-alanine synthetase A  36.79 
 
 		 361 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0223  D-alanyl-alanine synthetase A  37.05 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0260  D-alanyl-alanine synthetase A  36.79 
 
 		 361 aa  234  3e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.649407  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0219  D-alanyl-alanine synthetase A  36.53 
 
 		 361 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0257  D-alanyl-alanine synthetase A  36.53 
 
 		 361 aa  233  5e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5065  D-alanyl-alanine synthetase A  36.79 
 
 		 361 aa  233  5e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.250957  normal  0.846892 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0217  D-alanyl-alanine synthetase A  36.53 
 
 		 361 aa  233  5e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0360  D-alanyl-alanine synthetase A  37.97 
 
 		 367 aa  229  8e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3506  D-alanine--D-alanine ligase  38.34 
 
 		 361 aa  227  3e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.109153  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1603  D-alanine/D-alanine ligase  36.9 
 
 		 362 aa  226  4e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  34.73 
 
 		 376 aa  225  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  35.41 
 
 		 370 aa  225  1e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  34.11 
 
 		 365 aa  224  2e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0272  D-alanine/D-alanine ligase  36.11 
 
 		 351 aa  224  2e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.472493  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  36.76 
 
 		 366 aa  223  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  36.57 
 
 		 359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  34.54 
 
 		 376 aa  220  3e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  36.64 
 
 		 371 aa  219  6e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3354  D-alanyl-alanine synthetase A  36.67 
 
 		 351 aa  219  7e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4217  D-alanyl-alanine synthetase A  35.47 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  35.73 
 
 		 366 aa  219  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2763  D-alanyl-alanine synthetase A  36.67 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.118485  hitchhiker  0.00665374 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0407  D-alanine/D-alanine ligase  37.69 
 
 		 358 aa  218  1e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1529  D-alanyl-alanine synthetase A  33.76 
 
 		 363 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2721  D-alanyl-alanine synthetase A  36.5 
 
 		 361 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0289964  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  36.08 
 
 		 360 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0036  D-alanine--D-alanine ligase  32.33 
 
 		 380 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.069564  decreased coverage  0.00131086 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0104  D-alanyl-alanine synthetase A  36.15 
 
 		 352 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0436954 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2120  D-alanyl-alanine synthetase A  34.2 
 
 		 356 aa  213  5.999999999999999e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.183623  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2158  D-alanyl-alanine synthetase A  34.2 
 
 		 356 aa  213  5.999999999999999e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  37.88 
 
 		 373 aa  211  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0905  D-alanyl-alanine synthetase A  36.27 
 
 		 360 aa  211  3e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  34.97 
 
 		 367 aa  209  6e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1246  D-alanine--D-alanine ligase  37.37 
 
 		 408 aa  208  1e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000908646 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  32.98 
 
 		 363 aa  207  3e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1090  D-alanine/D-alanine ligase  31.7 
 
 		 353 aa  206  6e-52  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1199  D-alanyl-alanine synthetase A  38.14 
 
 		 349 aa  206  8e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  37.02 
 
 		 368 aa  205  1e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  34.61 
 
 		 364 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  34.61 
 
 		 364 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1004  D-alanyl-alanine synthetase A  32.47 
 
 		 360 aa  204  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714352 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  34.35 
 
 		 364 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  34.35 
 
 		 364 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  34.35 
 
 		 364 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  35.99 
 
 		 364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0388  D-ala D-ala ligase  33.91 
 
 		 375 aa  201  3e-50  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.822373  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  33.59 
 
 		 360 aa  200  3.9999999999999996e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2792  D-alanine/D-alanine ligase  37.31 
 
 		 386 aa  199  5e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.237488 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2856  D-alanine/D-alanine ligase  36.83 
 
 		 362 aa  199  6e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.227321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1331  D-alanyl-alanine synthetase A  37.6 
 
 		 361 aa  199  6e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  33.33 
 
 		 364 aa  199  7.999999999999999e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  33.25 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  33.25 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  33.25 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1690  D-alanyl-alanine synthetase A  32.47 
 
 		 357 aa  198  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.820491  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  33.25 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  33.25 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  33.25 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  33.25 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8041  D-alanyl-alanine synthetase A  38.92 
 
 		 394 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0922  D-alanyl-alanine synthetase A  38.58 
 
 		 382 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  34.03 
 
 		 366 aa  196  8.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2665  D-alanyl-alanine synthetase A  32.4 
 
 		 364 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2375  D-alanyl-alanine synthetase A  36.53 
 
 		 347 aa  195  1e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.875604  normal  0.964847 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2535  D-alanyl-alanine synthetase A  32.14 
 
 		 364 aa  195  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1595  D-alanyl-alanine synthetase A  38.58 
 
 		 372 aa  194  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0878073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1363  D-alanine--D-alanine ligase  38.78 
 
 		 376 aa  194  3e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.905553  normal  0.282026 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0633  D-alanyl-alanine synthetase A  36.71 
 
 		 371 aa  193  4e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0201  D-alanyl-alanine synthetase A  31.61 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09160  D-alanyl-alanine synthetase A  37.63 
 
 		 365 aa  190  4e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.616014 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2342  D-alanyl-alanine synthetase A  33.76 
 
 		 358 aa  190  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.958781 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2285  D-alanine/D-alanine ligase  37.44 
 
 		 377 aa  190  5e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.249142  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  36.99 
 
 		 371 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02772  D-alanyl-alanine synthetase A  36.13 
 
 		 369 aa  189  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  36.13 
 
 		 360 aa  187  2e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2385  D-alanyl-alanine synthetase A  29.87 
 
 		 368 aa  187  3e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  37.5 
 
 		 371 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  37.5 
 
 		 371 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13541  D-alanine--D-alanine ligase  31.03 
 
 		 353 aa  186  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.337392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5374  D-alanyl-alanine synthetase A  34.2 
 
 		 367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896032 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4044  D-alanine/D-alanine ligase  35.29 
 
 		 384 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.15517  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3609  D-alanyl-alanine synthetase A  36.43 
 
 		 383 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1308  D-alanyl-alanine synthetase A  39.11 
 
 		 378 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.375804  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11160  D-alanine--D-alanine ligase  37.47 
 
 		 400 aa  184  3e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0940695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2143  D-alanyl-alanine synthetase A  36.99 
 
 		 367 aa  184  3e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1541  D-alanyl-alanine synthetase A  34.99 
 
 		 350 aa  183  5.0000000000000004e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5376  D-alanine/D-alanine ligase  36.13 
 
 		 350 aa  183  6e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1427  D-alanyl-alanine synthetase A  33.25 
 
 		 373 aa  182  6e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1680  D-alanine/D-alanine ligase  36.99 
 
 		 389 aa  183  6e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.344983  hitchhiker  0.00583012 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2101  D-alanyl-alanine synthetase A  34.13 
 
 		 357 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0423676 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1490  D-alanyl-alanine synthetase A  33.25 
 
 		 372 aa  182  8.000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>