More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_1050 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_1050  D-alanine/D-alanine ligase  100 
 
 
344 aa  696    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0634  D-alanyl-alanine synthetase A  55.65 
 
 
346 aa  403  1e-111  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.233428  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0889  D-alanyl-alanine synthetase A  53.91 
 
 
346 aa  391  1e-108  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1212  D-alanyl-alanine synthetase A  54.49 
 
 
346 aa  392  1e-108  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0819  D-alanyl-alanine synthetase A  53.91 
 
 
346 aa  391  1e-108  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.966668  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1208  D-alanyl-alanine synthetase A  56.94 
 
 
345 aa  384  1e-106  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1152  D-alanyl-alanine synthetase A  54.2 
 
 
347 aa  375  1e-103  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00719746  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0572  D-alanyl-alanine synthetase A  53.78 
 
 
342 aa  370  1e-101  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.140397  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0808  D-alanyl-alanine synthetase A  50.29 
 
 
345 aa  350  2e-95  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.441448  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  31.14 
 
 
360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2385  D-alanyl-alanine synthetase A  31.4 
 
 
368 aa  135  9.999999999999999e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  32.22 
 
 
365 aa  129  8.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  31.56 
 
 
359 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  31.99 
 
 
362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  28.81 
 
 
363 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1090  D-alanine/D-alanine ligase  31.71 
 
 
353 aa  128  2.0000000000000002e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0905  D-alanyl-alanine synthetase A  32.52 
 
 
360 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  30.58 
 
 
305 aa  126  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  30.06 
 
 
363 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1246  D-alanine--D-alanine ligase  27.39 
 
 
408 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000908646 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0599  D-alanine--D-alanine ligase  26.85 
 
 
369 aa  125  1e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  31.21 
 
 
316 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4918  D-alanine--D-alanine ligase  28.63 
 
 
439 aa  124  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.592634  normal  0.181215 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0998  D-alanine/D-alanine ligase  25.54 
 
 
414 aa  124  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.268239  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0486  D-alanine--D-alanine ligase  29.36 
 
 
361 aa  124  3e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  27.93 
 
 
368 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  28.26 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  28.26 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  29.62 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  28.26 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  28.26 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  30.5 
 
 
363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  28.26 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  28.26 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  28.26 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  28.26 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  30.12 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  30.67 
 
 
305 aa  119  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1004  D-alanyl-alanine synthetase A  30.23 
 
 
360 aa  118  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0714352 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  29.19 
 
 
367 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2121  D-alanyl-alanine synthetase A  28.95 
 
 
339 aa  118  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2665  D-alanyl-alanine synthetase A  28.83 
 
 
364 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2535  D-alanyl-alanine synthetase A  28.83 
 
 
364 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0036  D-alanine--D-alanine ligase  29.94 
 
 
380 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.069564  decreased coverage  0.00131086 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  28.88 
 
 
364 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0143  bifunctional D-alanyl-alanine synthetase A/UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  29.32 
 
 
833 aa  117  3e-25  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.714064  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5065  D-alanyl-alanine synthetase A  29.72 
 
 
361 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.250957  normal  0.846892 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1529  D-alanyl-alanine synthetase A  32.77 
 
 
363 aa  117  3e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0260  D-alanyl-alanine synthetase A  30.56 
 
 
361 aa  117  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.649407  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  32.67 
 
 
299 aa  116  5e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5356  D-alanine/D-alanine ligase  28.31 
 
 
346 aa  116  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0315218  normal  0.0664489 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  27.01 
 
 
364 aa  116  6e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8041  D-alanyl-alanine synthetase A  31.67 
 
 
394 aa  116  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  30.91 
 
 
306 aa  116  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  33.33 
 
 
313 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  30.09 
 
 
371 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  30.09 
 
 
371 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1690  D-alanyl-alanine synthetase A  29.72 
 
 
357 aa  115  8.999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.820491  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  32.81 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0223  D-alanyl-alanine synthetase A  28.44 
 
 
362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  30.59 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5374  D-alanyl-alanine synthetase A  26.79 
 
 
367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0896032 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  30.09 
 
 
371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  31.86 
 
 
306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  30.91 
 
 
306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  28.7 
 
 
360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0387  D-alanyl-alanine synthetase A  28.99 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.067468  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  30.25 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  31.55 
 
 
306 aa  114  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0767  D-alanyl-alanine synthetase A  27.76 
 
 
348 aa  114  3e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0337  D-alanine/D-alanine ligase  29.55 
 
 
322 aa  114  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  31.55 
 
 
306 aa  114  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  31.55 
 
 
306 aa  114  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  28.18 
 
 
373 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  31.55 
 
 
306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0265  D-alanyl-alanine synthetase A  29.01 
 
 
361 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  31.55 
 
 
306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  28.04 
 
 
366 aa  113  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3506  D-alanine--D-alanine ligase  27.73 
 
 
361 aa  113  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.109153  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  31.55 
 
 
306 aa  113  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0217  D-alanyl-alanine synthetase A  29.38 
 
 
361 aa  113  5e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0219  D-alanyl-alanine synthetase A  28.66 
 
 
361 aa  113  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  29.31 
 
 
360 aa  113  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0279  D-alanyl-alanine synthetase A  29.01 
 
 
361 aa  113  5e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0257  D-alanyl-alanine synthetase A  29.38 
 
 
361 aa  113  5e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0922  D-alanyl-alanine synthetase A  26.76 
 
 
382 aa  113  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  26.65 
 
 
364 aa  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  26.65 
 
 
364 aa  113  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  31.86 
 
 
306 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  27.14 
 
 
370 aa  112  7.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  31.23 
 
 
306 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08980  D-alanine--D-alanine ligase  30.19 
 
 
343 aa  112  8.000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  31.23 
 
 
306 aa  112  9e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  31.23 
 
 
306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  28.48 
 
 
376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  26.33 
 
 
364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3609  D-alanyl-alanine synthetase A  27.59 
 
 
383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  30.91 
 
 
306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  26.33 
 
 
364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  26.33 
 
 
364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>