More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0486 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0486  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 361 aa  720    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0998  D-alanine/D-alanine ligase  38.23 
 
 		 414 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.268239  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  40.65 
 
 		 364 aa  258  1e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0905  D-alanyl-alanine synthetase A  34.72 
 
 		 360 aa  236  4e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1004  D-alanyl-alanine synthetase A  36.21 
 
 		 360 aa  236  4e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714352 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  36.36 
 
 		 364 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  36.36 
 
 		 364 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  36.36 
 
 		 364 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  36.08 
 
 		 364 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  36.08 
 
 		 364 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  35.08 
 
 		 367 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  35.18 
 
 		 360 aa  232  7.000000000000001e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3506  D-alanine--D-alanine ligase  34.63 
 
 		 361 aa  231  1e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.109153  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  36.89 
 
 		 376 aa  231  1e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  36.1 
 
 		 365 aa  231  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 370 aa  229  5e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  35.98 
 
 		 364 aa  228  9e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  35.98 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  35.98 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  35.98 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  35.98 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  35.98 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  35.98 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  35.98 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  35.85 
 
 		 367 aa  227  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  36.67 
 
 		 359 aa  228  2e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  34.73 
 
 		 363 aa  227  3e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  36.18 
 
 		 366 aa  226  4e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  35.99 
 
 		 376 aa  226  4e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  33.52 
 
 		 362 aa  226  7e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  32.7 
 
 		 371 aa  222  6e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2158  D-alanyl-alanine synthetase A  35.91 
 
 		 356 aa  221  9.999999999999999e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2120  D-alanyl-alanine synthetase A  35.91 
 
 		 356 aa  221  9.999999999999999e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.183623  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  35.36 
 
 		 364 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1331  D-alanyl-alanine synthetase A  33.43 
 
 		 361 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1636  D-alanine/D-alanine ligase  34.68 
 
 		 383 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  35.73 
 
 		 360 aa  221  1.9999999999999999e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4592  D-alanine--D-alanine ligase  33.16 
 
 		 393 aa  219  3.9999999999999997e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.79248  normal  0.646635 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0360  D-alanyl-alanine synthetase A  32.6 
 
 		 367 aa  219  6e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4217  D-alanyl-alanine synthetase A  35.16 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  33.71 
 
 		 363 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0388  D-ala D-ala ligase  35.15 
 
 		 375 aa  218  2e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.822373  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0272  D-alanine/D-alanine ligase  33.15 
 
 		 351 aa  217  2.9999999999999998e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.472493  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1529  D-alanyl-alanine synthetase A  34.44 
 
 		 363 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2763  D-alanyl-alanine synthetase A  32.23 
 
 		 351 aa  216  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.118485  hitchhiker  0.00665374 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0223  D-alanyl-alanine synthetase A  33.43 
 
 		 362 aa  216  5e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1690  D-alanyl-alanine synthetase A  35.81 
 
 		 357 aa  216  5e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.820491  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3354  D-alanyl-alanine synthetase A  32.23 
 
 		 351 aa  216  5.9999999999999996e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  33.43 
 
 		 363 aa  216  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0265  D-alanyl-alanine synthetase A  33.43 
 
 		 361 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0260  D-alanyl-alanine synthetase A  33.43 
 
 		 361 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.649407  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0279  D-alanyl-alanine synthetase A  33.24 
 
 		 361 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5065  D-alanyl-alanine synthetase A  32.96 
 
 		 361 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.250957  normal  0.846892 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0217  D-alanyl-alanine synthetase A  32.96 
 
 		 361 aa  213  5.999999999999999e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  34.28 
 
 		 366 aa  212  5.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0257  D-alanyl-alanine synthetase A  32.96 
 
 		 361 aa  213  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0219  D-alanyl-alanine synthetase A  32.96 
 
 		 361 aa  212  7e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2856  D-alanine/D-alanine ligase  32.67 
 
 		 362 aa  211  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.227321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  33.05 
 
 		 366 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0104  D-alanyl-alanine synthetase A  32.97 
 
 		 352 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0436954 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0036  D-alanine--D-alanine ligase  36.26 
 
 		 380 aa  210  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.069564  decreased coverage  0.00131086 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2721  D-alanyl-alanine synthetase A  34.07 
 
 		 361 aa  208  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0289964  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0407  D-alanine/D-alanine ligase  31.93 
 
 		 358 aa  207  3e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1232  D-alanyl-alanine synthetase A  31.65 
 
 		 366 aa  206  4e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0514331  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1271  D-alanyl-alanine synthetase A  31.65 
 
 		 353 aa  206  5e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2342  D-alanyl-alanine synthetase A  31.28 
 
 		 358 aa  206  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.958781 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  31.45 
 
 		 368 aa  205  9e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2101  D-alanyl-alanine synthetase A  31.37 
 
 		 357 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0423676 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  32.39 
 
 		 360 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  32.61 
 
 		 373 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2792  D-alanine/D-alanine ligase  31.3 
 
 		 386 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.237488 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2665  D-alanyl-alanine synthetase A  31.56 
 
 		 364 aa  200  3e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2535  D-alanyl-alanine synthetase A  31.56 
 
 		 364 aa  200  3e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1595  D-alanyl-alanine synthetase A  30.93 
 
 		 372 aa  200  3e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0878073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1603  D-alanine/D-alanine ligase  30.03 
 
 		 362 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0849  D-alanyl-alanine synthetase A  30.87 
 
 		 350 aa  199  5e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.37801  normal  0.165136 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02772  D-alanyl-alanine synthetase A  32.6 
 
 		 369 aa  199  5e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1199  D-alanyl-alanine synthetase A  32.31 
 
 		 349 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1414  D-alanine/D-alanine ligase  33.72 
 
 		 346 aa  199  6e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11160  D-alanine--D-alanine ligase  31.71 
 
 		 400 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0940695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5988  D-alanyl-alanine synthetase A  29.63 
 
 		 355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  32.3 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5376  D-alanine/D-alanine ligase  32.58 
 
 		 350 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4044  D-alanine/D-alanine ligase  31.42 
 
 		 384 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.15517  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  32.07 
 
 		 364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0633  D-alanyl-alanine synthetase A  32.61 
 
 		 371 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3609  D-alanyl-alanine synthetase A  30.42 
 
 		 383 aa  196  5.000000000000001e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2385  D-alanyl-alanine synthetase A  34.15 
 
 		 368 aa  196  6e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08790  D-alanine--D-alanine ligase  33.61 
 
 		 379 aa  195  8.000000000000001e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0347411  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  30.47 
 
 		 371 aa  194  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2121  D-alanyl-alanine synthetase A  29.34 
 
 		 339 aa  194  2e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  30.47 
 
 		 371 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  30.47 
 
 		 371 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09160  D-alanyl-alanine synthetase A  29.97 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.616014 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7137  D-alanine--D-lactate ligase  32.28 
 
 		 348 aa  194  3e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10770  D-alanine--D-alanine ligase  30.94 
 
 		 376 aa  194  3e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.44685 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2285  D-alanine/D-alanine ligase  31.88 
 
 		 377 aa  192  6e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.249142  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2952  D-alanine--D-alanine ligase  30.28 
 
 		 351 aa  192  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1680  D-alanine/D-alanine ligase  31.86 
 
 		 389 aa  191  2e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.344983  hitchhiker  0.00583012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5374  D-alanyl-alanine synthetase A  32.02 
 
 		 367 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>