More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1246 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1246  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 408 aa  825    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000908646 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0998  D-alanine/D-alanine ligase  36.87 
 
 		 414 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.268239  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2841  D-alanine/D-alanine ligase  36.11 
 
 		 362 aa  164  3e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0486  D-alanine--D-alanine ligase  27.51 
 
 		 361 aa  162  1e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  31.99 
 
 		 370 aa  161  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  33.25 
 
 		 360 aa  159  6e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  33.25 
 
 		 368 aa  159  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4592  D-alanine--D-alanine ligase  31.4 
 
 		 393 aa  158  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.79248  normal  0.646635 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2763  D-alanyl-alanine synthetase A  30.9 
 
 		 351 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.118485  hitchhiker  0.00665374 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  33.15 
 
 		 363 aa  156  7e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11160  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 400 aa  155  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0940695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0905  D-alanyl-alanine synthetase A  31.89 
 
 		 360 aa  155  1e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0407  D-alanine/D-alanine ligase  31.96 
 
 		 358 aa  155  1e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4918  D-alanine--D-alanine ligase  33.98 
 
 		 439 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.592634  normal  0.181215 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3354  D-alanyl-alanine synthetase A  30.65 
 
 		 351 aa  154  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0272  D-alanine/D-alanine ligase  31.92 
 
 		 351 aa  152  1e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.472493  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  31.79 
 
 		 360 aa  152  1e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1636  D-alanine/D-alanine ligase  31.46 
 
 		 383 aa  150  4e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5376  D-alanine/D-alanine ligase  33.16 
 
 		 350 aa  150  5e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1595  D-alanyl-alanine synthetase A  32.35 
 
 		 372 aa  149  7e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0878073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0849  D-alanyl-alanine synthetase A  32.76 
 
 		 350 aa  149  9e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.37801  normal  0.165136 
 
 
-
 
NC_002620  TC0143  bifunctional D-alanyl-alanine synthetase A/UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  32.5 
 
 		 833 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.714064  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2101  D-alanyl-alanine synthetase A  29.5 
 
 		 357 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0423676 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1603  D-alanine/D-alanine ligase  30.4 
 
 		 362 aa  147  5e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  33 
 
 		 363 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  31.2 
 
 		 371 aa  145  9e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2342  D-alanyl-alanine synthetase A  28.72 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.958781 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2285  D-alanine/D-alanine ligase  32.37 
 
 		 377 aa  145  1e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.249142  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  30.77 
 
 		 360 aa  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  31.75 
 
 		 362 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0360  D-alanyl-alanine synthetase A  31.28 
 
 		 367 aa  144  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  31.74 
 
 		 371 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4217  D-alanyl-alanine synthetase A  29.85 
 
 		 366 aa  144  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  31.74 
 
 		 371 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2792  D-alanine/D-alanine ligase  31.06 
 
 		 386 aa  144  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.237488 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  30.53 
 
 		 376 aa  143  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2856  D-alanine/D-alanine ligase  33.16 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.227321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  31.74 
 
 		 371 aa  143  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  30.05 
 
 		 366 aa  143  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  30.08 
 
 		 359 aa  142  8e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1130  D-alanyl-alanine synthetase A  33.79 
 
 		 367 aa  142  8e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.177002 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8008  D-alanine--D-alanine ligase  32.56 
 
 		 369 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  31.88 
 
 		 373 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1541  D-alanyl-alanine synthetase A  30.2 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4219  D-alanyl-alanine synthetase A  30.92 
 
 		 367 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.899986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0223  D-alanyl-alanine synthetase A  30.35 
 
 		 362 aa  140  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3506  D-alanine--D-alanine ligase  30.51 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.109153  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4988  D-alanine/D-alanine ligase  32.32 
 
 		 364 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.467567  normal  0.084905 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0872  D-alanyl-alanine synthetase A  28.26 
 
 		 348 aa  140  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.658926  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1586  D-alanine--D-alanine ligase  34.25 
 
 		 377 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0347832 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1004  D-alanyl-alanine synthetase A  28.42 
 
 		 360 aa  139  6e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714352 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  31 
 
 		 373 aa  140  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8041  D-alanyl-alanine synthetase A  30.6 
 
 		 394 aa  139  7.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0265  D-alanyl-alanine synthetase A  30.35 
 
 		 361 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0279  D-alanyl-alanine synthetase A  30.4 
 
 		 361 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08790  D-alanine--D-alanine ligase  32.57 
 
 		 379 aa  138  1e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0347411  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  29.8 
 
 		 364 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1690  D-alanyl-alanine synthetase A  27.91 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.820491  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0633  D-alanyl-alanine synthetase A  32.8 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  29.55 
 
 		 364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0217  D-alanyl-alanine synthetase A  30.15 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0219  D-alanyl-alanine synthetase A  29.9 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0257  D-alanyl-alanine synthetase A  30.15 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  29.55 
 
 		 364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  29.55 
 
 		 364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  29.22 
 
 		 364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5374  D-alanyl-alanine synthetase A  29.03 
 
 		 367 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896032 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10770  D-alanine--D-alanine ligase  31.33 
 
 		 376 aa  137  5e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.44685 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  28.82 
 
 		 376 aa  136  5e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  29.47 
 
 		 364 aa  136  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  29.19 
 
 		 364 aa  136  8e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  29.95 
 
 		 364 aa  136  8e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5065  D-alanyl-alanine synthetase A  30.3 
 
 		 361 aa  136  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.250957  normal  0.846892 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  29.11 
 
 		 366 aa  136  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1331  D-alanyl-alanine synthetase A  30.11 
 
 		 361 aa  135  9e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09160  D-alanyl-alanine synthetase A  31.84 
 
 		 365 aa  135  9e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.616014 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17261  D-alanyl-alanine synthetase A  27.76 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.82734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2952  D-alanine--D-alanine ligase  32.14 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0036  D-alanine--D-alanine ligase  29.36 
 
 		 380 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.069564  decreased coverage  0.00131086 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2120  D-alanyl-alanine synthetase A  29.9 
 
 		 356 aa  135  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.183623  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0599  D-alanine--D-alanine ligase  32.3 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1271  D-alanyl-alanine synthetase A  30 
 
 		 353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  31.76 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0260  D-alanyl-alanine synthetase A  29.6 
 
 		 361 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.649407  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2158  D-alanyl-alanine synthetase A  29.9 
 
 		 356 aa  135  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1363  D-alanine--D-alanine ligase  32.18 
 
 		 376 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.905553  normal  0.282026 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0634  D-alanyl-alanine synthetase A  29.13 
 
 		 346 aa  134  3e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.233428  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  29.82 
 
 		 364 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  29.82 
 
 		 364 aa  133  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  29.82 
 
 		 364 aa  133  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  29.82 
 
 		 364 aa  133  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1232  D-alanyl-alanine synthetase A  29.72 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0514331  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  29.82 
 
 		 364 aa  133  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  29.82 
 
 		 364 aa  133  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  29.82 
 
 		 364 aa  133  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2143  D-alanyl-alanine synthetase A  30.42 
 
 		 367 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0104  D-alanyl-alanine synthetase A  28.61 
 
 		 352 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0436954 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4044  D-alanine/D-alanine ligase  32.78 
 
 		 384 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.15517  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1529  D-alanyl-alanine synthetase A  31.63 
 
 		 363 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0808  D-alanyl-alanine synthetase A  29.62 
 
 		 345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.441448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>