More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0104 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0104  mechanosensitive ion channel family protein  100 
 
 		 309 aa  622  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0306  small-conductance mechanosensitive channel  47.48 
 
 		 284 aa  290  3e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000279081  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3684  MscS mechanosensitive ion channel  45.22 
 
 		 278 aa  271  9e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00678  mechanosensitive ion channel family protein  45.72 
 
 		 271 aa  270  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.096226  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3509  MscS mechanosensitive ion channel  45.59 
 
 		 278 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0443  MscS mechanosensitive ion channel  45.22 
 
 		 278 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0311128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3394  MscS mechanosensitive ion channel  45.56 
 
 		 277 aa  266  5e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00053127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0457  MscS mechanosensitive ion channel  46.32 
 
 		 278 aa  259  3e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0246  hypothetical protein  46.95 
 
 		 285 aa  255  8e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0487  MscS Mechanosensitive ion channel  45.19 
 
 		 278 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0463  MscS mechanosensitive ion channel  44.81 
 
 		 278 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.11026  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3856  MscS mechanosensitive ion channel  45.19 
 
 		 278 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20088  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0457  MscS mechanosensitive ion channel  45.93 
 
 		 277 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0484  MscS mechanosensitive ion channel  45.19 
 
 		 278 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0216741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4512  MscS mechanosensitive ion channel  45.21 
 
 		 277 aa  246  4e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1730  MscS Mechanosensitive ion channel  42.28 
 
 		 276 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.351236  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0539  MscS mechanosensitive ion channel  45.19 
 
 		 278 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.815557  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0408  hypothetical protein  45.76 
 
 		 282 aa  237  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3406  MscS mechanosensitive ion channel  46.13 
 
 		 277 aa  229  5e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  35.11 
 
 		 269 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  33.2 
 
 		 288 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  33.2 
 
 		 287 aa  159  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  32.72 
 
 		 298 aa  159  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  32.81 
 
 		 288 aa  159  8e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  30.89 
 
 		 282 aa  158  9e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000332583  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  32.72 
 
 		 274 aa  155  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  31.25 
 
 		 276 aa  153  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  31.64 
 
 		 286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  32.81 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0427  MscS mechanosensitive ion channel  31.78 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0918944  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  31.46 
 
 		 279 aa  149  5e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  32.54 
 
 		 273 aa  149  5e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  33.6 
 
 		 275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  31.02 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  31.66 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  29.78 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  31.75 
 
 		 275 aa  147  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 275 aa  147  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  32.85 
 
 		 275 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  32.85 
 
 		 275 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  32.85 
 
 		 275 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  32.48 
 
 		 275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  31.91 
 
 		 275 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  31.25 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  29.52 
 
 		 280 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  34.18 
 
 		 279 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 275 aa  143  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  32.12 
 
 		 276 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  30.36 
 
 		 283 aa  142  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  31.2 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  34.78 
 
 		 278 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 		 274 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  31.52 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  29.92 
 
 		 271 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  27 
 
 		 285 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  29.84 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  29.96 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  29.92 
 
 		 271 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 274 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  27 
 
 		 285 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  27 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  27 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  32.43 
 
 		 275 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  27.99 
 
 		 274 aa  136  4e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  29.14 
 
 		 283 aa  136  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  30.8 
 
 		 274 aa  136  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  32.62 
 
 		 531 aa  136  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  30.51 
 
 		 277 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  30.23 
 
 		 274 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  29.52 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  31.72 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  27.97 
 
 		 283 aa  133  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  30.83 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  30.27 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  28.35 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  32.05 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  28.35 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  28.35 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  28.08 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  28.35 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  28.35 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  28.35 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  28.35 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  30.89 
 
 		 283 aa  129  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  30.28 
 
 		 280 aa  129  9.000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2755  MscS mechanosensitive ion channel:conserved TM helix  30.08 
 
 		 276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661967 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  28.79 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.79 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.79 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  29.74 
 
 		 266 aa  125  7e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  31.54 
 
 		 544 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  27.55 
 
 		 534 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  30.51 
 
 		 276 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  33.2 
 
 		 494 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  28.52 
 
 		 563 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 		 547 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>