More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0457 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0457  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 277 aa  557  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3394  MscS mechanosensitive ion channel  72.56 
 
 		 277 aa  430  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00053127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3684  MscS mechanosensitive ion channel  73.16 
 
 		 278 aa  424  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4512  MscS mechanosensitive ion channel  74.81 
 
 		 277 aa  424  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0457  MscS mechanosensitive ion channel  71.84 
 
 		 278 aa  421  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3509  MscS mechanosensitive ion channel  72.06 
 
 		 278 aa  421  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0443  MscS mechanosensitive ion channel  71.69 
 
 		 278 aa  421  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0311128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0487  MscS Mechanosensitive ion channel  71.59 
 
 		 278 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3856  MscS mechanosensitive ion channel  71.59 
 
 		 278 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.20088  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0484  MscS mechanosensitive ion channel  71.96 
 
 		 278 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0216741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0463  MscS mechanosensitive ion channel  70.85 
 
 		 278 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.11026  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0539  MscS mechanosensitive ion channel  71.69 
 
 		 278 aa  391  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.815557  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3406  MscS mechanosensitive ion channel  70.76 
 
 		 277 aa  378  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0408  hypothetical protein  69.6 
 
 		 282 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0306  small-conductance mechanosensitive channel  51.48 
 
 		 284 aa  301  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000279081  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0104  mechanosensitive ion channel family protein  45.93 
 
 		 309 aa  268  5e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1730  MscS Mechanosensitive ion channel  47.6 
 
 		 276 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.351236  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00678  mechanosensitive ion channel family protein  47.39 
 
 		 271 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.096226  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0246  hypothetical protein  49.26 
 
 		 285 aa  249  3e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  33.59 
 
 		 288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  32.61 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  32.85 
 
 		 288 aa  160  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  33.33 
 
 		 269 aa  149  5e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  30.32 
 
 		 287 aa  149  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0427  MscS mechanosensitive ion channel  30.83 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0918944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3024  MscS Mechanosensitive ion channel  30.83 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000332583  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  30.45 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  31.27 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  28.96 
 
 		 276 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  29.63 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  30.18 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  30.4 
 
 		 275 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  28.52 
 
 		 275 aa  137  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  28.15 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  28.15 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  27.78 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 		 285 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 		 285 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2755  MscS mechanosensitive ion channel:conserved TM helix  29.59 
 
 		 276 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661967 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  29.02 
 
 		 279 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  28.12 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  29.37 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  32.72 
 
 		 276 aa  132  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  26.22 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  31.14 
 
 		 274 aa  131  9e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  29.96 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  30.86 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  29.37 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  27.99 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  26.37 
 
 		 275 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  28.2 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  33.47 
 
 		 276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  32.69 
 
 		 286 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  29.39 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  31.4 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  31.4 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  31.4 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  31.4 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  31.4 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  31.4 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  31.4 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  30.94 
 
 		 268 aa  128  8.000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  26.74 
 
 		 270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  28.57 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  30.15 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  30.69 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  27.41 
 
 		 274 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.47 
 
 		 289 aa  125  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.47 
 
 		 289 aa  125  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  27.47 
 
 		 289 aa  125  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  30.32 
 
 		 283 aa  125  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  26.07 
 
 		 277 aa  125  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  27.04 
 
 		 274 aa  125  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  27.76 
 
 		 274 aa  125  7e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1616  MscS mechanosensitive ion channel  27.14 
 
 		 273 aa  124  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.19083  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 276 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65040  hypothetical protein  28.41 
 
 		 283 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0222155  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  27.41 
 
 		 275 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5651  hypothetical protein  28.41 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  25.95 
 
 		 534 aa  123  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2662  hypothetical protein  28.88 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.466989 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 274 aa  122  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  26.36 
 
 		 270 aa  122  7e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  27.69 
 
 		 291 aa  122  7e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4037  MscS mechanosensitive ion channel  29.78 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  25.95 
 
 		 273 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  28.74 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  29.6 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  29.15 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  31.8 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  29.96 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  29.25 
 
 		 547 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>