More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2662 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2662  hypothetical protein  100 
 
 		 298 aa  600  1.0000000000000001e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.466989 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2492  MscS Mechanosensitive ion channel  85.67 
 
 		 300 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2898  MscS Mechanosensitive ion channel  85.33 
 
 		 300 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5651  hypothetical protein  77.69 
 
 		 283 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65040  hypothetical protein  75.38 
 
 		 283 aa  411  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0222155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4037  MscS mechanosensitive ion channel  73.41 
 
 		 275 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1557  mechanosensitive ion channel family protein  69 
 
 		 274 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.172425  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1616  MscS mechanosensitive ion channel  65.17 
 
 		 273 aa  392  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.19083  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4751  mechanosensitive ion channel protein  74.63 
 
 		 288 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.319564 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0426  MscS mechanosensitive ion channel  65.65 
 
 		 273 aa  377  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000444789  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2526  MscS mechanosensitive ion channel  60.55 
 
 		 272 aa  333  2e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0123409 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2426  MscS mechanosensitive ion channel  64.2 
 
 		 271 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.464863  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3595  MscS mechanosensitive ion channel  59.77 
 
 		 284 aa  305  8.000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0889323 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3594  MscS mechanosensitive ion channel  57.42 
 
 		 286 aa  301  1e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.046742 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4190  MscS Mechanosensitive ion channel  60 
 
 		 275 aa  280  2e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4229  MscS Mechanosensitive ion channel  60 
 
 		 275 aa  280  2e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.159909  hitchhiker  0.00722211 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4042  MscS Mechanosensitive ion channel  58.47 
 
 		 272 aa  278  6e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.684496 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0411  putative transmembrane protein  60.63 
 
 		 269 aa  276  3e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5003  MscS mechanosensitive ion channel  55.25 
 
 		 266 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2483  MscS mechanosensitive ion channel  56.33 
 
 		 270 aa  271  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0752  MscS Mechanosensitive ion channel  56.47 
 
 		 270 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251302  normal  0.956753 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3932  small conductance mechanosensitive Ion channel, (MscS) family  56.08 
 
 		 270 aa  258  9e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000106943 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2619  MscS mechanosensitive ion channel  55.12 
 
 		 270 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0662  MscS mechanosensitive ion channel  52.76 
 
 		 270 aa  244  9e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0284  MscS mechanosensitive ion channel  52.36 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118601  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0736  MscS mechanosensitive ion channel  52.36 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.895699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0687  MscS mechanosensitive ion channel  53.15 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0768  MscS mechanosensitive ion channel  52.36 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3855  MscS mechanosensitive ion channel  52.76 
 
 		 270 aa  237  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529066 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2312  mechanosensitive ion channel YggB  51.14 
 
 		 290 aa  231  9e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0987902  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3306  YggB  51.57 
 
 		 275 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1083  mechanosensitive ion channel YggB  51.57 
 
 		 275 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3295  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  51.57 
 
 		 275 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930864  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0516  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  51.57 
 
 		 275 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.185319  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2190  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  51.57 
 
 		 275 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3261  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  51.57 
 
 		 275 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.142473  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1322  YggB  51.14 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  36.48 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  35.27 
 
 		 270 aa  171  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  35.66 
 
 		 288 aa  169  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  36.22 
 
 		 269 aa  168  9e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  38 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  32.84 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  37.2 
 
 		 274 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.69 
 
 		 275 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  36.8 
 
 		 275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  37.1 
 
 		 274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  33.85 
 
 		 273 aa  165  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  36.4 
 
 		 275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  36.4 
 
 		 275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  35.6 
 
 		 275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  36 
 
 		 275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  36 
 
 		 275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  36.4 
 
 		 275 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  35.2 
 
 		 275 aa  163  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  34.88 
 
 		 270 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  34.43 
 
 		 287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  36.96 
 
 		 275 aa  162  5.0000000000000005e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  31.92 
 
 		 275 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  35.43 
 
 		 275 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3256  MscS mechanosensitive ion channel  35.56 
 
 		 292 aa  159  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00789281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  34.8 
 
 		 274 aa  159  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  35.66 
 
 		 286 aa  158  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5106  MscS mechanosensitive ion channel  35.15 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  32.09 
 
 		 275 aa  156  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  32.28 
 
 		 276 aa  156  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  34.38 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2942  MscS mechanosensitive ion channel  34.78 
 
 		 288 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  34.3 
 
 		 277 aa  156  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  38.64 
 
 		 276 aa  155  9e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  34.4 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  34.69 
 
 		 284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4309  MscS mechanosensitive ion channel  36.21 
 
 		 289 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000550538  decreased coverage  0.0000000451244 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4989  MscS mechanosensitive ion channel  35.39 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0847315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3171  MscS mechanosensitive ion channel  35.39 
 
 		 321 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  35.25 
 
 		 276 aa  152  5.9999999999999996e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  34.04 
 
 		 283 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  34.84 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  31.98 
 
 		 283 aa  145  6e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 		 275 aa  145  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  32.55 
 
 		 270 aa  145  9e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  29.78 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  32.95 
 
 		 280 aa  144  2e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  32.85 
 
 		 285 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  32.85 
 
 		 285 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  32.85 
 
 		 285 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  32.85 
 
 		 285 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  30.6 
 
 		 271 aa  142  9e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  31.32 
 
 		 271 aa  142  9e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4965  hypothetical protein  35.51 
 
 		 278 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57110  hypothetical protein  36.23 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  34.93 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  31.6 
 
 		 268 aa  140  3e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  30.59 
 
 		 276 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  30.31 
 
 		 274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  31.8 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  35.68 
 
 		 279 aa  139  6e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  35.51 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  31.71 
 
 		 279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>