More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_5003 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_5003  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 266 aa  530  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5651  hypothetical protein  60.62 
 
 		 283 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65040  hypothetical protein  59.85 
 
 		 283 aa  315  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0222155  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2492  MscS Mechanosensitive ion channel  59.58 
 
 		 300 aa  281  7.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2898  MscS Mechanosensitive ion channel  59.17 
 
 		 300 aa  279  4e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4037  MscS mechanosensitive ion channel  54.98 
 
 		 275 aa  275  4e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2662  hypothetical protein  55.25 
 
 		 298 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.466989 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1557  mechanosensitive ion channel family protein  52.92 
 
 		 274 aa  271  6e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.172425  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1616  MscS mechanosensitive ion channel  52.08 
 
 		 273 aa  270  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.19083  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4751  mechanosensitive ion channel protein  56.57 
 
 		 288 aa  264  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.319564 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0426  MscS mechanosensitive ion channel  47.77 
 
 		 273 aa  237  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000444789  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2526  MscS mechanosensitive ion channel  52 
 
 		 272 aa  237  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0123409 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3594  MscS mechanosensitive ion channel  50.63 
 
 		 286 aa  219  5e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.046742 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4190  MscS Mechanosensitive ion channel  49.8 
 
 		 275 aa  217  1e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4229  MscS Mechanosensitive ion channel  49.4 
 
 		 275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.159909  hitchhiker  0.00722211 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2426  MscS mechanosensitive ion channel  50.67 
 
 		 271 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.464863  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3595  MscS mechanosensitive ion channel  52.32 
 
 		 284 aa  214  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0889323 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2483  MscS mechanosensitive ion channel  48.89 
 
 		 270 aa  203  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4042  MscS Mechanosensitive ion channel  48.41 
 
 		 272 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.684496 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0752  MscS Mechanosensitive ion channel  50.21 
 
 		 270 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251302  normal  0.956753 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3932  small conductance mechanosensitive Ion channel, (MscS) family  50 
 
 		 270 aa  198  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000106943 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0411  putative transmembrane protein  48.55 
 
 		 269 aa  194  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0736  MscS mechanosensitive ion channel  49.37 
 
 		 270 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.895699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0284  MscS mechanosensitive ion channel  49.37 
 
 		 270 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118601  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0768  MscS mechanosensitive ion channel  49.37 
 
 		 270 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0662  MscS mechanosensitive ion channel  50 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2619  MscS mechanosensitive ion channel  47.74 
 
 		 270 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3855  MscS mechanosensitive ion channel  47.7 
 
 		 270 aa  178  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529066 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0687  MscS mechanosensitive ion channel  49.56 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2190  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  46.25 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2312  mechanosensitive ion channel YggB  46.25 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0987902  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3306  YggB  46.25 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3295  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  46.25 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930864  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0516  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  46.25 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.185319  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3261  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  46.25 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.142473  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1083  mechanosensitive ion channel YggB  46.25 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1322  YggB  44.31 
 
 		 308 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  36 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  33.78 
 
 		 270 aa  138  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  31.15 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  32.08 
 
 		 275 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  32.23 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  31.67 
 
 		 275 aa  135  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  34.5 
 
 		 273 aa  136  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  30.96 
 
 		 276 aa  135  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  32.5 
 
 		 275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  32.5 
 
 		 275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  31.31 
 
 		 280 aa  135  7.000000000000001e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  29.73 
 
 		 288 aa  135  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  30.86 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  32.58 
 
 		 280 aa  133  3e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  32.51 
 
 		 275 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  32.1 
 
 		 275 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  30.83 
 
 		 274 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  32.1 
 
 		 275 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  31.71 
 
 		 271 aa  132  7.999999999999999e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  32.89 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  33.74 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  31.71 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  34.02 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  32.65 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  33.04 
 
 		 269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  30.96 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 274 aa  129  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  30 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  35.24 
 
 		 276 aa  128  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  30.89 
 
 		 275 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  32.31 
 
 		 277 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  31.25 
 
 		 274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  31.05 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  30.24 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  33.05 
 
 		 275 aa  126  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  31.51 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1245  ion channel protein  32.58 
 
 		 261 aa  125  1e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.306888 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  29.58 
 
 		 274 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  32.35 
 
 		 270 aa  123  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3271  putative small conductance mechanosensitive ion channel  38.22 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  27.73 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  33.93 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4903  MscS mechanosensitive ion channel  32.24 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  29.8 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57110  hypothetical protein  37.82 
 
 		 278 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  30.34 
 
 		 276 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4965  hypothetical protein  36.55 
 
 		 278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  34.56 
 
 		 274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1280  MscS Mechanosensitive ion channel  37.17 
 
 		 269 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.138834  normal  0.117258 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2942  MscS mechanosensitive ion channel  31.45 
 
 		 288 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  28.06 
 
 		 275 aa  115  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  34.23 
 
 		 275 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  28.69 
 
 		 273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1298  MscS Mechanosensitive ion channel  29.61 
 
 		 262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.861763  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5106  MscS mechanosensitive ion channel  33.17 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  32.38 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1199  mechanosensitive ion channel component  30.28 
 
 		 281 aa  113  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00000786613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3256  MscS mechanosensitive ion channel  32.21 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00789281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1220  MscS mechanosensitive ion channel  36.9 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0859387 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02189  hypothetical protein  29.06 
 
 		 249 aa  112  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3171  MscS mechanosensitive ion channel  32.69 
 
 		 321 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.10941 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>