More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2426 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2426  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 271 aa  546  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.464863  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1616  MscS mechanosensitive ion channel  60.32 
 
 		 273 aa  320  9.999999999999999e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.19083  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65040  hypothetical protein  61.16 
 
 		 283 aa  314  8e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0222155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5651  hypothetical protein  61.16 
 
 		 283 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1557  mechanosensitive ion channel family protein  58.46 
 
 		 274 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.172425  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2662  hypothetical protein  64.2 
 
 		 298 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.466989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2898  MscS Mechanosensitive ion channel  62.55 
 
 		 300 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2492  MscS Mechanosensitive ion channel  62.55 
 
 		 300 aa  308  5e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4037  MscS mechanosensitive ion channel  57.59 
 
 		 275 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4751  mechanosensitive ion channel protein  59.46 
 
 		 288 aa  296  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.319564 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2526  MscS mechanosensitive ion channel  55.56 
 
 		 272 aa  290  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0123409 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0426  MscS mechanosensitive ion channel  54.17 
 
 		 273 aa  287  1e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000444789  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3594  MscS mechanosensitive ion channel  56.1 
 
 		 286 aa  271  6e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.046742 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3595  MscS mechanosensitive ion channel  57.32 
 
 		 284 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0889323 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0411  putative transmembrane protein  61.16 
 
 		 269 aa  258  6e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4042  MscS Mechanosensitive ion channel  53.05 
 
 		 272 aa  256  2e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.684496 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4229  MscS Mechanosensitive ion channel  55.92 
 
 		 275 aa  257  2e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.159909  hitchhiker  0.00722211 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4190  MscS Mechanosensitive ion channel  55.92 
 
 		 275 aa  256  2e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2483  MscS mechanosensitive ion channel  52.4 
 
 		 270 aa  249  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0752  MscS Mechanosensitive ion channel  52.8 
 
 		 270 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251302  normal  0.956753 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3932  small conductance mechanosensitive Ion channel, (MscS) family  52 
 
 		 270 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000106943 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0736  MscS mechanosensitive ion channel  51.41 
 
 		 270 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.895699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0284  MscS mechanosensitive ion channel  51.41 
 
 		 270 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118601  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0768  MscS mechanosensitive ion channel  51.41 
 
 		 270 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5003  MscS mechanosensitive ion channel  50.67 
 
 		 266 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2619  MscS mechanosensitive ion channel  49.62 
 
 		 270 aa  221  8e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0662  MscS mechanosensitive ion channel  47.71 
 
 		 270 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3855  MscS mechanosensitive ion channel  49.8 
 
 		 270 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529066 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2312  mechanosensitive ion channel YggB  50.81 
 
 		 290 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0987902  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2190  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  50.81 
 
 		 275 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1083  mechanosensitive ion channel YggB  50.81 
 
 		 275 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3306  YggB  50.81 
 
 		 275 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0516  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  50.81 
 
 		 275 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.185319  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3261  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  50.81 
 
 		 275 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.142473  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3295  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  50.81 
 
 		 275 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930864  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0687  MscS mechanosensitive ion channel  47.53 
 
 		 270 aa  215  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1322  YggB  49.6 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  32.68 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  32.68 
 
 		 287 aa  170  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  33.84 
 
 		 270 aa  167  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  33.6 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  34.6 
 
 		 269 aa  166  4e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  32.67 
 
 		 277 aa  163  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  32.28 
 
 		 288 aa  161  9e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 274 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  34.82 
 
 		 275 aa  156  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  35.56 
 
 		 275 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  35.56 
 
 		 275 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  35.56 
 
 		 275 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  33.21 
 
 		 275 aa  155  6e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  35.19 
 
 		 275 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  32.83 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  32.14 
 
 		 273 aa  154  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  35.15 
 
 		 278 aa  153  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  32.95 
 
 		 275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  32.83 
 
 		 275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  32.83 
 
 		 275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  35.44 
 
 		 274 aa  151  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 301 aa  150  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  32.13 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  32.62 
 
 		 280 aa  150  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  31.09 
 
 		 275 aa  149  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  32.31 
 
 		 274 aa  149  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  34.13 
 
 		 275 aa  148  7e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  32.03 
 
 		 285 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  32.03 
 
 		 285 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  32.03 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  31.64 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  32.05 
 
 		 274 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  30.88 
 
 		 277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  32.24 
 
 		 276 aa  145  7.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 275 aa  143  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2942  MscS mechanosensitive ion channel  32 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  36.02 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  30.57 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5106  MscS mechanosensitive ion channel  33.05 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  28.62 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3256  MscS mechanosensitive ion channel  32.64 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00789281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  35.35 
 
 		 283 aa  139  4.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  30.59 
 
 		 286 aa  138  7.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  34.38 
 
 		 271 aa  138  8.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  33.93 
 
 		 271 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  30.2 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  30.2 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  30.2 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  30.2 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  30.2 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  30.2 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  30.2 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  30.2 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  31.84 
 
 		 280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  34.09 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 		 270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4989  MscS mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 		 321 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0847315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3171  MscS mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 		 321 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  29.48 
 
 		 268 aa  136  4e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4309  MscS mechanosensitive ion channel  33.05 
 
 		 289 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000550538  decreased coverage  0.0000000451244 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  29.21 
 
 		 289 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  29.21 
 
 		 289 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  29.21 
 
 		 289 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>