More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_13950 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  100 
 
 
205 aa  393  1e-109  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1667  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.15 
 
 
207 aa  175  5e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.253855  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1369  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.33 
 
 
205 aa  171  9e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0441824 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12890  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.33 
 
 
214 aa  169  2e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.419715  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17520  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  50.48 
 
 
206 aa  169  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.176122 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  48.06 
 
 
199 aa  166  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1795  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.04 
 
 
202 aa  160  9e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.115786  normal  0.0993939 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  48.76 
 
 
202 aa  157  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2302  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.44 
 
 
214 aa  155  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0640436  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1691  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.83 
 
 
198 aa  155  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15330  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  49.51 
 
 
209 aa  155  4e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.436101  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.53 
 
 
197 aa  153  2e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2032  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.2 
 
 
213 aa  151  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340991 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2386  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  46.31 
 
 
200 aa  150  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1993  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.78 
 
 
200 aa  149  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0230385 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0838  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.78 
 
 
206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0758722  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3054  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.33 
 
 
209 aa  144  7.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.6375 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3827  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.63 
 
 
200 aa  142  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0335606  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1935  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.84 
 
 
199 aa  141  9e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3395  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.87 
 
 
207 aa  140  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00278946  hitchhiker  0.00000769998 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.06 
 
 
202 aa  137  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.58 
 
 
202 aa  136  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12613  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.93 
 
 
196 aa  134  8e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000939698  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.9 
 
 
196 aa  131  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.9 
 
 
196 aa  131  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.9 
 
 
196 aa  131  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1370  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  45.11 
 
 
247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.903698  normal  0.141681 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40.89 
 
 
196 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.38 
 
 
202 aa  129  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2064  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.23 
 
 
206 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.81 
 
 
205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.32 
 
 
205 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.32 
 
 
205 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.32 
 
 
205 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2110  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.63 
 
 
202 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0297912  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
204 aa  124  8.000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.41 
 
 
206 aa  124  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2574  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.09 
 
 
195 aa  124  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.334415  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.38 
 
 
199 aa  123  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.32 
 
 
203 aa  123  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.67 
 
 
205 aa  123  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
205 aa  122  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  34.67 
 
 
199 aa  122  4e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.39 
 
 
197 aa  122  5e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.29 
 
 
202 aa  121  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.65 
 
 
202 aa  121  7e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.94 
 
 
199 aa  121  8e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1809  Holliday junction DNA helicase RuvA  43 
 
 
200 aa  120  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3825  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.59 
 
 
195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.790434  normal  0.237667 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0837  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.24 
 
 
209 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.67 
 
 
199 aa  119  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.02 
 
 
205 aa  119  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.32 
 
 
205 aa  118  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.86 
 
 
208 aa  117  7.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0452  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  36.9 
 
 
208 aa  117  9e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0798924  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3177  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.38 
 
 
212 aa  117  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
199 aa  115  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3626  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.76 
 
 
198 aa  115  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0674583  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  39.41 
 
 
197 aa  115  5e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6112  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  44.93 
 
 
206 aa  115  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.073965 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.59 
 
 
199 aa  114  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.8 
 
 
205 aa  114  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0891  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.87 
 
 
195 aa  114  8.999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0818688 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.86 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0086  Holliday junction DNA helicase RuvA  38 
 
 
192 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.69 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
213 aa  114  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.93 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.88 
 
 
203 aa  112  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2134  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.42 
 
 
195 aa  112  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.856024  hitchhiker  0.000118824 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
204 aa  112  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2323  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.63 
 
 
201 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658563  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.29 
 
 
205 aa  112  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
201 aa  112  5e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1268  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.34 
 
 
204 aa  111  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.20539  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.44 
 
 
201 aa  111  7.000000000000001e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.75 
 
 
197 aa  111  7.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  37.38 
 
 
194 aa  111  8.000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.98 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1799  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.55 
 
 
200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.215685  hitchhiker  0.000114407 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1701  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  47.24 
 
 
202 aa  110  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.5557  normal  0.955622 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.86 
 
 
205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.8 
 
 
205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.02 
 
 
199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.89 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.07 
 
 
200 aa  109  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.87 
 
 
201 aa  109  3e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
209 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
193 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.5 
 
 
197 aa  108  4.0000000000000004e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.61 
 
 
208 aa  108  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
193 aa  108  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  32.84 
 
 
194 aa  107  1e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0320  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.73 
 
 
190 aa  107  1e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.219542  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5145  DNA recombination protein RuvA  44.57 
 
 
239 aa  107  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0031109  decreased coverage  0.000116053 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.35 
 
 
208 aa  106  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.81 
 
 
193 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
204 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>