More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3522 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
206 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  92.68 
 
 
205 aa  373  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  87.8 
 
 
205 aa  345  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  86.34 
 
 
205 aa  343  7e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  86.83 
 
 
205 aa  339  1e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  85.85 
 
 
205 aa  333  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  86.34 
 
 
205 aa  332  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  71.15 
 
 
208 aa  278  3e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  70.24 
 
 
205 aa  277  8e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  68.78 
 
 
205 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  69.23 
 
 
208 aa  270  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  69.23 
 
 
208 aa  270  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  70.24 
 
 
205 aa  268  5e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.44 
 
 
205 aa  247  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.98 
 
 
205 aa  244  8e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.46 
 
 
205 aa  243  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.44 
 
 
205 aa  241  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.41 
 
 
204 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.93 
 
 
204 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.41 
 
 
205 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.41 
 
 
205 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.41 
 
 
205 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.59 
 
 
206 aa  225  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.32 
 
 
205 aa  225  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.35 
 
 
209 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  52.11 
 
 
212 aa  191  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.44 
 
 
217 aa  178  5.999999999999999e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.62 
 
 
213 aa  167  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2207  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.5 
 
 
224 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.36943  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0555  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.5 
 
 
224 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.93 
 
 
224 aa  159  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.6 
 
 
199 aa  160  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.83 
 
 
204 aa  159  4e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.88 
 
 
223 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.5 
 
 
224 aa  153  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.04 
 
 
223 aa  152  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.83 
 
 
199 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.58 
 
 
200 aa  150  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.15 
 
 
204 aa  150  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0785  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.15 
 
 
204 aa  150  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.247616  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.48 
 
 
229 aa  142  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.19 
 
 
197 aa  137  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.87 
 
 
201 aa  136  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.29 
 
 
199 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.29 
 
 
199 aa  135  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40 
 
 
204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
199 aa  131  6e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.6 
 
 
198 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.29 
 
 
199 aa  129  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
205 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
203 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
201 aa  128  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
199 aa  128  6e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
201 aa  128  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.41 
 
 
205 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.41 
 
 
205 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.42 
 
 
205 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.73 
 
 
200 aa  127  9.000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.73 
 
 
200 aa  127  9.000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.83 
 
 
199 aa  125  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.46 
 
 
197 aa  125  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.88 
 
 
201 aa  125  5e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.88 
 
 
201 aa  124  7e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.52 
 
 
206 aa  124  7e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.98 
 
 
194 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0993  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.44 
 
 
197 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.257053  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  39.41 
 
 
205 aa  124  1e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.07 
 
 
202 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.07 
 
 
202 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.93 
 
 
202 aa  123  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.29 
 
 
200 aa  123  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
205 aa  123  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.51 
 
 
192 aa  122  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
203 aa  122  5e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.54 
 
 
205 aa  121  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.02 
 
 
202 aa  121  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_002978  WD1113  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.2 
 
 
190 aa  121  8e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
197 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  39.01 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.62 
 
 
205 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.49 
 
 
197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
193 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.49 
 
 
197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.13 
 
 
205 aa  119  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.07 
 
 
193 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
193 aa  118  4.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
193 aa  118  4.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.13 
 
 
205 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.13 
 
 
205 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.32 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.32 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.32 
 
 
203 aa  118  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.32 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01557  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.13 
 
 
194 aa  118  6e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214116  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.32 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
190 aa  118  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.65 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
203 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.65 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
203 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>