More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0695 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
223 aa  427  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.95 
 
 
224 aa  246  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0555  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.82 
 
 
224 aa  239  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2207  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.82 
 
 
224 aa  239  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.36943  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.88 
 
 
229 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.19 
 
 
224 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.31 
 
 
223 aa  230  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.66 
 
 
205 aa  174  9e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.42 
 
 
205 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.1 
 
 
205 aa  169  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.61 
 
 
206 aa  167  8e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.61 
 
 
205 aa  165  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.88 
 
 
205 aa  165  5.9999999999999996e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.95 
 
 
205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.25 
 
 
205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.74 
 
 
209 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.34 
 
 
205 aa  161  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.78 
 
 
205 aa  161  7e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.78 
 
 
205 aa  161  7e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.17 
 
 
205 aa  160  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.74 
 
 
205 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.91 
 
 
205 aa  158  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.51 
 
 
205 aa  158  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.3 
 
 
205 aa  158  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.13 
 
 
205 aa  157  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
217 aa  157  2e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.13 
 
 
208 aa  156  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.04 
 
 
204 aa  156  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.06 
 
 
205 aa  155  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.59 
 
 
208 aa  155  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.59 
 
 
208 aa  155  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  47 
 
 
212 aa  153  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.3 
 
 
204 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.95 
 
 
199 aa  138  6e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.95 
 
 
204 aa  137  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.62 
 
 
199 aa  137  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.18 
 
 
197 aa  137  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.5 
 
 
206 aa  135  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.28 
 
 
202 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.83 
 
 
202 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.97 
 
 
204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.6 
 
 
205 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
205 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
205 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.39 
 
 
199 aa  127  9.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.28 
 
 
205 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.29 
 
 
213 aa  127  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.44 
 
 
205 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.44 
 
 
205 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.64 
 
 
201 aa  124  9e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.44 
 
 
205 aa  124  9e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.74 
 
 
202 aa  123  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.22 
 
 
202 aa  123  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.79 
 
 
205 aa  123  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.22 
 
 
204 aa  123  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.91 
 
 
199 aa  123  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.79 
 
 
205 aa  122  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.79 
 
 
203 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.79 
 
 
203 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.79 
 
 
203 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.79 
 
 
203 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.18 
 
 
201 aa  122  4e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.81 
 
 
200 aa  122  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2144  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.25 
 
 
204 aa  122  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0379489  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2031  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.25 
 
 
204 aa  122  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000338953  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2421  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.25 
 
 
204 aa  122  5e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480934  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2049  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.79 
 
 
203 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774525  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
201 aa  121  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
201 aa  121  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
203 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.31 
 
 
187 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.94 
 
 
205 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
203 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.97 
 
 
200 aa  121  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
203 aa  120  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
203 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.94 
 
 
205 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
203 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
203 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
203 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.94 
 
 
205 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.94 
 
 
205 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  35 
 
 
202 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
203 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.39 
 
 
194 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.02 
 
 
205 aa  118  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  36.32 
 
 
199 aa  118  7e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
200 aa  118  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.06 
 
 
198 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.1 
 
 
211 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.88 
 
 
193 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.87 
 
 
200 aa  117  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.48 
 
 
205 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.87 
 
 
200 aa  117  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  36.87 
 
 
203 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.04 
 
 
206 aa  116  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  29.68 
 
 
199 aa  116  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  36.87 
 
 
203 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36700  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.29 
 
 
204 aa  116  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>