More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2372 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
229 aa  447  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.01 
 
 
224 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.74 
 
 
224 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0555  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.96 
 
 
224 aa  249  3e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2207  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.96 
 
 
224 aa  249  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.36943  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.07 
 
 
223 aa  248  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.88 
 
 
223 aa  238  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.81 
 
 
205 aa  161  9e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.81 
 
 
205 aa  159  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.7 
 
 
205 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.81 
 
 
206 aa  158  7e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.02 
 
 
205 aa  158  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.36 
 
 
205 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.26 
 
 
205 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.93 
 
 
205 aa  155  4e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.81 
 
 
205 aa  155  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.81 
 
 
205 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.37 
 
 
199 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.56 
 
 
205 aa  153  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.81 
 
 
205 aa  153  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.94 
 
 
205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.81 
 
 
205 aa  151  8e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.81 
 
 
205 aa  151  8e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.92 
 
 
217 aa  150  1e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  45.28 
 
 
212 aa  151  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.32 
 
 
204 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.85 
 
 
205 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.78 
 
 
209 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.07 
 
 
204 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.07 
 
 
204 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.67 
 
 
208 aa  146  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.15 
 
 
205 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.93 
 
 
205 aa  144  9e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.15 
 
 
208 aa  143  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.15 
 
 
208 aa  143  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.15 
 
 
199 aa  140  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.46 
 
 
202 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.85 
 
 
204 aa  132  5e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.67 
 
 
199 aa  132  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
197 aa  130  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
202 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01215  Holliday junction DNA helicase motor protein  36 
 
 
193 aa  127  1.0000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.07 
 
 
206 aa  125  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.22 
 
 
205 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.77 
 
 
201 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.77 
 
 
201 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.46 
 
 
204 aa  124  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.22 
 
 
205 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0310  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.15 
 
 
194 aa  123  3e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.966825  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.67 
 
 
202 aa  122  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.77 
 
 
205 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.77 
 
 
205 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.73 
 
 
200 aa  121  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.07 
 
 
202 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.44 
 
 
208 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.77 
 
 
213 aa  118  7.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  37.44 
 
 
205 aa  116  3e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.57 
 
 
193 aa  116  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.75 
 
 
201 aa  116  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.53 
 
 
200 aa  116  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.38 
 
 
202 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  36 
 
 
199 aa  115  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.63 
 
 
203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.44 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.22 
 
 
198 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.54 
 
 
201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  36 
 
 
200 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2534  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.22 
 
 
207 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.416621  normal  0.292409 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
194 aa  112  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.67 
 
 
195 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.77 
 
 
209 aa  112  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.22 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.84 
 
 
193 aa  112  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.84 
 
 
193 aa  112  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.45 
 
 
198 aa  111  9e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36700  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.16 
 
 
204 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.78 
 
 
199 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1701  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  44.52 
 
 
202 aa  110  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.5557  normal  0.955622 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  45.74 
 
 
194 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  41.98 
 
 
199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.69 
 
 
206 aa  109  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.43 
 
 
205 aa  108  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.93 
 
 
205 aa  108  6e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.43 
 
 
205 aa  108  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.43 
 
 
205 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  36 
 
 
199 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  31.7 
 
 
194 aa  107  1e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  34.67 
 
 
203 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.74 
 
 
203 aa  106  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.08 
 
 
203 aa  106  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.96 
 
 
206 aa  107  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.36 
 
 
197 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.74 
 
 
203 aa  106  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.36 
 
 
197 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.06 
 
 
204 aa  107  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.36 
 
 
197 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.67 
 
 
204 aa  106  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.51 
 
 
223 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.74 
 
 
203 aa  106  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.46 
 
 
193 aa  106  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>