More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1104 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
224 aa  436  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.27 
 
 
223 aa  228  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.02 
 
 
224 aa  227  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.57 
 
 
229 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.68 
 
 
223 aa  223  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2207  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.78 
 
 
224 aa  215  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.36943  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0555  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.78 
 
 
224 aa  215  4e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.7 
 
 
205 aa  171  5.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.07 
 
 
205 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.5 
 
 
206 aa  161  9e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.6 
 
 
205 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.43 
 
 
205 aa  157  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.15 
 
 
205 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.56 
 
 
205 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.74 
 
 
205 aa  155  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.13 
 
 
208 aa  151  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.05 
 
 
205 aa  151  8e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.79 
 
 
205 aa  149  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.03 
 
 
208 aa  148  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.03 
 
 
208 aa  148  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  43.89 
 
 
212 aa  149  5e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.98 
 
 
205 aa  148  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.54 
 
 
205 aa  146  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.49 
 
 
209 aa  145  6e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.64 
 
 
205 aa  145  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.09 
 
 
199 aa  143  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.98 
 
 
205 aa  142  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.55 
 
 
199 aa  139  3e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.5 
 
 
205 aa  139  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.88 
 
 
205 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.88 
 
 
205 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.13 
 
 
204 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.13 
 
 
205 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.51 
 
 
217 aa  135  4e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.38 
 
 
204 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.67 
 
 
206 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
213 aa  131  6e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.83 
 
 
202 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.96 
 
 
204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.34 
 
 
204 aa  126  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.45 
 
 
202 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.01 
 
 
197 aa  122  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.53 
 
 
201 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.53 
 
 
201 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.19 
 
 
194 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.91 
 
 
205 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
202 aa  119  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.32 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.32 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.27 
 
 
199 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.79 
 
 
201 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.32 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.09 
 
 
201 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.99 
 
 
201 aa  116  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.78 
 
 
202 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.86 
 
 
205 aa  115  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.86 
 
 
205 aa  115  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.78 
 
 
205 aa  115  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.86 
 
 
205 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.86 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.4 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.2 
 
 
202 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.57 
 
 
206 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
192 aa  113  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.27 
 
 
200 aa  113  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.33 
 
 
197 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.25 
 
 
211 aa  111  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.86 
 
 
200 aa  111  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36700  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.7 
 
 
204 aa  111  8.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.59 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.56 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.56 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.86 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.33 
 
 
199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.86 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.32 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.16 
 
 
203 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.86 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.86 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.18 
 
 
187 aa  108  5e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2016  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.24 
 
 
201 aa  108  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.273142  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  39.7 
 
 
206 aa  108  6e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.75 
 
 
200 aa  108  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.45 
 
 
199 aa  106  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.49 
 
 
205 aa  105  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.32 
 
 
208 aa  105  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.43 
 
 
193 aa  104  8e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0139  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.7 
 
 
199 aa  104  9e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0310  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.27 
 
 
194 aa  103  2e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.966825  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2031  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.7 
 
 
204 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000338953  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2144  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.7 
 
 
204 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0379489  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2421  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.7 
 
 
204 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480934  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
205 aa  102  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.76 
 
 
209 aa  102  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.11 
 
 
205 aa  102  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.48 
 
 
199 aa  102  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  34.55 
 
 
205 aa  102  5e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.03 
 
 
190 aa  102  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.65 
 
 
205 aa  102  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>