More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0003 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
209 aa  407  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.8 
 
 
205 aa  240  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.35 
 
 
206 aa  224  6e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  60 
 
 
205 aa  224  6e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.52 
 
 
208 aa  223  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.87 
 
 
205 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.66 
 
 
205 aa  219  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.82 
 
 
205 aa  218  5e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.62 
 
 
205 aa  218  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.69 
 
 
208 aa  217  7.999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.69 
 
 
208 aa  217  7.999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.07 
 
 
205 aa  215  4e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.62 
 
 
205 aa  215  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.14 
 
 
205 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.67 
 
 
205 aa  211  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.77 
 
 
205 aa  204  7e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.29 
 
 
205 aa  199  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.14 
 
 
205 aa  198  6e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  54.5 
 
 
212 aa  191  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.2 
 
 
205 aa  188  4e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.66 
 
 
204 aa  188  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.66 
 
 
204 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.62 
 
 
205 aa  184  6e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.62 
 
 
205 aa  184  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.66 
 
 
205 aa  180  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.36 
 
 
213 aa  166  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.19 
 
 
217 aa  165  4e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.07 
 
 
206 aa  164  5.9999999999999996e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.03 
 
 
204 aa  160  9e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.89 
 
 
223 aa  159  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.48 
 
 
204 aa  155  6e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.35 
 
 
223 aa  150  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.58 
 
 
199 aa  148  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.06 
 
 
200 aa  147  7e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.05 
 
 
224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0785  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.23 
 
 
204 aa  143  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.247616  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.86 
 
 
199 aa  143  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.38 
 
 
229 aa  142  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.79 
 
 
224 aa  142  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0555  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.43 
 
 
224 aa  135  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2207  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.43 
 
 
224 aa  135  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.36943  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.67 
 
 
202 aa  134  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.18 
 
 
202 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.49 
 
 
205 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
202 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
205 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
205 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.8 
 
 
197 aa  130  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.94 
 
 
205 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.38 
 
 
202 aa  129  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
201 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
201 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.39 
 
 
199 aa  121  9e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0993  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.61 
 
 
197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.257053  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.75 
 
 
199 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.4 
 
 
206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  41.53 
 
 
204 aa  119  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.65 
 
 
200 aa  119  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.42 
 
 
201 aa  118  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.06 
 
 
199 aa  117  9e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.27 
 
 
199 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.06 
 
 
199 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.67 
 
 
203 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.04 
 
 
201 aa  115  6e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.09 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.09 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  38.16 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.09 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.09 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.32 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3126  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.53 
 
 
197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.735644  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.32 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.32 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_002978  WD1113  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.58 
 
 
190 aa  112  3e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.62 
 
 
193 aa  112  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.32 
 
 
205 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.3 
 
 
198 aa  113  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.51 
 
 
201 aa  111  8.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1432  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  34.9 
 
 
199 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000016322  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.49 
 
 
205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.15 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  34.62 
 
 
191 aa  109  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
203 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.61 
 
 
197 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.75 
 
 
197 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
194 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.7 
 
 
192 aa  107  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
187 aa  107  9.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.46 
 
 
200 aa  107  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0320  Holliday junction DNA helicase RuvA  29.81 
 
 
190 aa  107  1e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.219542  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.43 
 
 
199 aa  107  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2323  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.11 
 
 
201 aa  106  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658563  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3189  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
200 aa  106  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00764376  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
208 aa  106  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
205 aa  106  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.64 
 
 
200 aa  106  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.31 
 
 
197 aa  106  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.91 
 
 
205 aa  105  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>