More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1217 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
200 aa  383  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.92 
 
 
204 aa  179  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.5 
 
 
199 aa  174  9e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.48 
 
 
205 aa  162  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.5 
 
 
205 aa  162  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.12 
 
 
205 aa  161  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  47.71 
 
 
212 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.67 
 
 
206 aa  158  5e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.45 
 
 
209 aa  157  8e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.53 
 
 
199 aa  156  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.24 
 
 
205 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.92 
 
 
208 aa  153  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.19 
 
 
205 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.13 
 
 
205 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.75 
 
 
205 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.63 
 
 
205 aa  150  8e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.97 
 
 
208 aa  150  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.97 
 
 
208 aa  150  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.27 
 
 
205 aa  149  3e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.13 
 
 
205 aa  148  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.6 
 
 
205 aa  147  9e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.63 
 
 
205 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.26 
 
 
213 aa  144  7.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.93 
 
 
205 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.32 
 
 
204 aa  142  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.9 
 
 
204 aa  141  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.37 
 
 
204 aa  141  8e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.41 
 
 
204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.99 
 
 
205 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.5 
 
 
197 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.52 
 
 
205 aa  137  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.52 
 
 
205 aa  137  7e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.91 
 
 
217 aa  137  7.999999999999999e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.27 
 
 
205 aa  132  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2323  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.71 
 
 
201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658563  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.65 
 
 
200 aa  125  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3204  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.16 
 
 
202 aa  125  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
198 aa  125  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.2 
 
 
202 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.5 
 
 
206 aa  123  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  35 
 
 
199 aa  122  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  35 
 
 
199 aa  122  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.96 
 
 
199 aa  122  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.5 
 
 
197 aa  122  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.71 
 
 
205 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.71 
 
 
205 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.71 
 
 
205 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
193 aa  122  5e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.22 
 
 
202 aa  121  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.71 
 
 
205 aa  121  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.73 
 
 
229 aa  121  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.11 
 
 
223 aa  121  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01215  Holliday junction DNA helicase motor protein  35.35 
 
 
193 aa  120  9.999999999999999e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.34 
 
 
224 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0988  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.52 
 
 
202 aa  119  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.127341 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.41 
 
 
201 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.52 
 
 
206 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.15 
 
 
208 aa  119  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.41 
 
 
201 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.97 
 
 
223 aa  118  6e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0320  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.34 
 
 
190 aa  117  9e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.219542  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
195 aa  117  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.4 
 
 
197 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.59 
 
 
203 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.7 
 
 
200 aa  116  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.94 
 
 
204 aa  116  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
202 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.31 
 
 
199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
203 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.59 
 
 
199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  39.13 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
203 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.07 
 
 
198 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0993  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
197 aa  115  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.257053  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.25 
 
 
205 aa  115  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
203 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
203 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
197 aa  114  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
203 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
203 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
203 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
193 aa  114  7.999999999999999e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
193 aa  114  7.999999999999999e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  37 
 
 
202 aa  114  8.999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.96 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.68 
 
 
203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.19 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.41 
 
 
197 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.61 
 
 
194 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.78 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.8 
 
 
197 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.78 
 
 
203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.89 
 
 
201 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.78 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  39.34 
 
 
206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.78 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.41 
 
 
196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.27 
 
 
224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.41 
 
 
196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>