More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4271 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
205 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  87.8 
 
 
206 aa  362  2e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  92.2 
 
 
205 aa  361  4e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  94.63 
 
 
205 aa  355  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  85.85 
 
 
205 aa  346  1e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  87.32 
 
 
205 aa  337  5e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  84.39 
 
 
205 aa  333  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.83 
 
 
205 aa  270  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  67.79 
 
 
208 aa  268  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.35 
 
 
208 aa  263  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.35 
 
 
208 aa  263  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.34 
 
 
205 aa  260  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.88 
 
 
205 aa  259  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  65.53 
 
 
205 aa  249  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.41 
 
 
205 aa  243  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.44 
 
 
205 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  60 
 
 
205 aa  242  3e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.39 
 
 
204 aa  232  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.9 
 
 
204 aa  232  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.41 
 
 
205 aa  229  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.41 
 
 
205 aa  228  3e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.41 
 
 
205 aa  229  3e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.82 
 
 
209 aa  216  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.65 
 
 
206 aa  213  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.39 
 
 
205 aa  211  5.999999999999999e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  53.05 
 
 
212 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.36 
 
 
217 aa  184  7e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.42 
 
 
204 aa  169  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.91 
 
 
213 aa  165  5e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.76 
 
 
224 aa  164  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2207  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.05 
 
 
224 aa  162  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.36943  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0555  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.05 
 
 
224 aa  162  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.29 
 
 
199 aa  157  7e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.15 
 
 
224 aa  157  9e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.39 
 
 
223 aa  156  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0785  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.83 
 
 
204 aa  153  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.247616  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.67 
 
 
223 aa  150  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.04 
 
 
229 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.57 
 
 
204 aa  149  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.55 
 
 
199 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.73 
 
 
200 aa  145  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
197 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.83 
 
 
199 aa  139  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.18 
 
 
201 aa  138  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.44 
 
 
194 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
199 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  42.54 
 
 
204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.51 
 
 
199 aa  132  5e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.41 
 
 
202 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.36 
 
 
206 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
199 aa  129  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.83 
 
 
201 aa  129  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.81 
 
 
199 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
205 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
198 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.75 
 
 
200 aa  128  5.0000000000000004e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
201 aa  128  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.41 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.46 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.41 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
199 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.51 
 
 
193 aa  126  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
202 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.51 
 
 
193 aa  126  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.07 
 
 
193 aa  125  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.1 
 
 
203 aa  125  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.59 
 
 
193 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.35 
 
 
200 aa  124  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.73 
 
 
200 aa  123  2e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
192 aa  122  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
202 aa  122  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.87 
 
 
205 aa  122  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1432  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  38.12 
 
 
199 aa  122  4e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000016322  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.35 
 
 
193 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
200 aa  122  5e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
202 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.06 
 
 
205 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.54 
 
 
193 aa  120  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.58 
 
 
205 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  39.11 
 
 
206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.58 
 
 
205 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.58 
 
 
205 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.19 
 
 
203 aa  119  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
197 aa  119  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
197 aa  119  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
193 aa  119  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
187 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.58 
 
 
205 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.1 
 
 
205 aa  118  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.1 
 
 
205 aa  118  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.1 
 
 
205 aa  118  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.1 
 
 
205 aa  118  7e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.06 
 
 
205 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
203 aa  117  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  42.23 
 
 
202 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0377  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.38 
 
 
193 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01557  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
194 aa  115  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214116  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2354  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.05 
 
 
193 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>