More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_4062 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
192 aa  381  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  68.84 
 
 
200 aa  256  2e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  64.92 
 
 
191 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.95 
 
 
194 aa  247  9e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.06 
 
 
190 aa  246  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3953  Holliday junction DNA helicase RuvA  68.06 
 
 
191 aa  243  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0761943 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.06 
 
 
193 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4665  Holliday junction DNA helicase RuvA  67.02 
 
 
190 aa  241  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.93 
 
 
197 aa  238  4e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.94 
 
 
193 aa  238  4e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.98 
 
 
193 aa  235  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.98 
 
 
193 aa  234  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.38 
 
 
193 aa  232  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0501  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.06 
 
 
193 aa  231  5e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0392  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.06 
 
 
193 aa  230  9e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.938201 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0377  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.06 
 
 
193 aa  229  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3236  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.25 
 
 
192 aa  230  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4240  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.35 
 
 
190 aa  223  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.215143 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0424  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.03 
 
 
193 aa  221  7e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.702078  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0510  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.06 
 
 
192 aa  218  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4068  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.4 
 
 
191 aa  218  5e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3700  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.49 
 
 
190 aa  218  6e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.129488  normal  0.95279 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.11 
 
 
193 aa  217  7e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2556  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.33 
 
 
193 aa  217  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.209185  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4094  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.92 
 
 
190 aa  216  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3365  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.1 
 
 
193 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2354  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.1 
 
 
193 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3406  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.1 
 
 
193 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1129  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.1 
 
 
193 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3400  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.1 
 
 
193 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0493  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.49 
 
 
190 aa  216  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0568272  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0267  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.1 
 
 
193 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2533  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.1 
 
 
193 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3775  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.8 
 
 
193 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.500335  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0608  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.07 
 
 
193 aa  214  8e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.315589 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0582  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.07 
 
 
193 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.662669  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0656  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.38 
 
 
193 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0739  Holliday junction DNA helicase RuvA  65.45 
 
 
190 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0805847  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0206  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.38 
 
 
193 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2695  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.38 
 
 
193 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.325714  normal  0.985058 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0689  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.38 
 
 
193 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.24 
 
 
204 aa  194  1e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.47 
 
 
201 aa  184  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.47 
 
 
201 aa  184  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.74 
 
 
202 aa  179  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.99 
 
 
202 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.24 
 
 
202 aa  178  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.06 
 
 
205 aa  178  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.18 
 
 
200 aa  177  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
203 aa  176  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
203 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
203 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
203 aa  176  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1222  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.99 
 
 
201 aa  176  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550433  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
203 aa  176  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
203 aa  176  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
203 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
203 aa  176  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2049  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
203 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774525  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
203 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.37 
 
 
205 aa  175  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.37 
 
 
205 aa  175  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  44 
 
 
203 aa  175  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  44 
 
 
203 aa  175  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.5 
 
 
205 aa  174  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  44 
 
 
203 aa  173  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  44 
 
 
203 aa  173  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
205 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.73 
 
 
202 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  43.35 
 
 
206 aa  171  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
205 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
205 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
205 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.28 
 
 
204 aa  170  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
205 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
205 aa  169  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  41.5 
 
 
203 aa  169  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.58 
 
 
205 aa  169  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.58 
 
 
205 aa  169  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  46 
 
 
206 aa  169  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.09 
 
 
205 aa  168  6e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.09 
 
 
205 aa  167  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.28 
 
 
203 aa  167  7e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.58 
 
 
205 aa  167  8e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.67 
 
 
207 aa  167  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  43 
 
 
203 aa  166  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.87 
 
 
211 aa  165  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.8 
 
 
223 aa  165  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2031  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.12 
 
 
204 aa  165  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000338953  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
205 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2144  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.12 
 
 
204 aa  165  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0379489  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2421  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.12 
 
 
204 aa  165  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480934  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1819  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.93 
 
 
205 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.180722  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.65 
 
 
201 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.83 
 
 
193 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01557  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.19 
 
 
194 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214116  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.83 
 
 
193 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
205 aa  162  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
205 aa  162  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.14 
 
 
208 aa  162  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>