More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1372 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
205 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  90.87 
 
 
208 aa  357  8e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  93.66 
 
 
205 aa  348  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  87.8 
 
 
205 aa  348  4e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  90.38 
 
 
208 aa  343  1e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  90.38 
 
 
208 aa  343  1e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  70.24 
 
 
206 aa  288  4e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  72.68 
 
 
205 aa  284  7e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  71.71 
 
 
205 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  69.27 
 
 
205 aa  278  5e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  67.32 
 
 
205 aa  271  6e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.83 
 
 
205 aa  268  4e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  67.8 
 
 
205 aa  268  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.9 
 
 
205 aa  245  3e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.93 
 
 
205 aa  240  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.49 
 
 
205 aa  233  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.49 
 
 
205 aa  232  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  60 
 
 
209 aa  222  3e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.44 
 
 
205 aa  217  7e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.46 
 
 
205 aa  215  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.46 
 
 
205 aa  215  4e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.49 
 
 
204 aa  215  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.02 
 
 
205 aa  214  5.9999999999999996e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  60 
 
 
204 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.11 
 
 
206 aa  209  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  53.3 
 
 
212 aa  190  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.4 
 
 
204 aa  180  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.01 
 
 
217 aa  175  4e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.89 
 
 
213 aa  161  8.000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.06 
 
 
223 aa  157  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0785  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.6 
 
 
204 aa  156  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.247616  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.24 
 
 
199 aa  155  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.52 
 
 
199 aa  155  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.1 
 
 
204 aa  155  5.0000000000000005e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.32 
 
 
224 aa  152  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0555  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.75 
 
 
224 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2207  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.75 
 
 
224 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.36943  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.98 
 
 
224 aa  147  9e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.22 
 
 
229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.5 
 
 
223 aa  146  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.19 
 
 
200 aa  136  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.61 
 
 
197 aa  135  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  41.95 
 
 
204 aa  132  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.71 
 
 
201 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.36 
 
 
205 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.83 
 
 
205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.35 
 
 
205 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.35 
 
 
205 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.11 
 
 
199 aa  129  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.11 
 
 
199 aa  129  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.21 
 
 
199 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.77 
 
 
199 aa  125  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.42 
 
 
202 aa  125  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.05 
 
 
199 aa  125  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.06 
 
 
202 aa  125  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.74 
 
 
199 aa  125  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.76 
 
 
198 aa  124  9e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.83 
 
 
200 aa  124  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0993  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.84 
 
 
197 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.257053  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
202 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.69 
 
 
201 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.53 
 
 
202 aa  122  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.67 
 
 
197 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.66 
 
 
201 aa  122  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.69 
 
 
201 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.17 
 
 
201 aa  122  5e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.51 
 
 
206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.15 
 
 
202 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.33 
 
 
197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
203 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.38 
 
 
197 aa  118  6e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.15 
 
 
205 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
193 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.38 
 
 
197 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
193 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.1 
 
 
205 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2064  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.27 
 
 
206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
203 aa  115  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.1 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.1 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.1 
 
 
205 aa  115  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_002978  WD1113  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.78 
 
 
190 aa  115  6e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0320  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.58 
 
 
190 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.219542  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01557  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214116  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0683  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.01 
 
 
190 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.9 
 
 
194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  39.61 
 
 
206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.65 
 
 
205 aa  112  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.51 
 
 
220 aa  112  3e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.13 
 
 
205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.13 
 
 
205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.13 
 
 
205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.13 
 
 
205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  38.83 
 
 
205 aa  111  6e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  42.93 
 
 
202 aa  112  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.65 
 
 
205 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3126  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.62 
 
 
197 aa  111  8.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.735644  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.38 
 
 
200 aa  111  8.000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0139  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.67 
 
 
199 aa  111  9e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2534  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  34.29 
 
 
207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.416621  normal  0.292409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>