More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1088 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  100 
 
 
212 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.55 
 
 
205 aa  202  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.21 
 
 
208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.3 
 
 
205 aa  195  5.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.11 
 
 
206 aa  192  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.14 
 
 
208 aa  191  5e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.14 
 
 
208 aa  191  5e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.46 
 
 
209 aa  191  8e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.94 
 
 
205 aa  188  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.42 
 
 
205 aa  187  9e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.3 
 
 
205 aa  186  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.77 
 
 
205 aa  186  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.36 
 
 
205 aa  184  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.42 
 
 
205 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.49 
 
 
205 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.74 
 
 
205 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.71 
 
 
204 aa  181  8.000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.25 
 
 
205 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.64 
 
 
205 aa  177  8e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.11 
 
 
205 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.98 
 
 
199 aa  169  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.53 
 
 
205 aa  168  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.06 
 
 
205 aa  167  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.06 
 
 
205 aa  167  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.17 
 
 
204 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.83 
 
 
217 aa  162  3e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.17 
 
 
204 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.33 
 
 
205 aa  159  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.84 
 
 
204 aa  157  8e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.14 
 
 
199 aa  155  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.45 
 
 
200 aa  154  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.71 
 
 
224 aa  149  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.58 
 
 
206 aa  147  9e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.08 
 
 
223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.91 
 
 
213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.91 
 
 
224 aa  145  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.32 
 
 
223 aa  141  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.98 
 
 
229 aa  140  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0555  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.75 
 
 
224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2207  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.75 
 
 
224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.36943  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.67 
 
 
197 aa  128  8.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.81 
 
 
200 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0785  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.87 
 
 
204 aa  125  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.247616  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.85 
 
 
198 aa  125  5e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.32 
 
 
202 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.86 
 
 
202 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.32 
 
 
187 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.54 
 
 
201 aa  122  3e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.38 
 
 
201 aa  122  3e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.77 
 
 
199 aa  121  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.84 
 
 
199 aa  121  8e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.3 
 
 
203 aa  121  9e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.9 
 
 
197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0320  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.75 
 
 
190 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.219542  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.27 
 
 
205 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  42.05 
 
 
204 aa  119  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
205 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.66 
 
 
203 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.49 
 
 
201 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
199 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.49 
 
 
201 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.21 
 
 
202 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.94 
 
 
197 aa  118  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.59 
 
 
205 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.59 
 
 
205 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.71 
 
 
202 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.36 
 
 
200 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.4 
 
 
197 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.52 
 
 
193 aa  116  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.4 
 
 
197 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.52 
 
 
193 aa  116  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.92 
 
 
208 aa  115  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.49 
 
 
209 aa  114  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.77 
 
 
200 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3126  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.11 
 
 
197 aa  114  8.999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.735644  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1432  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  38.46 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000016322  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.51 
 
 
201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2534  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  35.58 
 
 
207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.416621  normal  0.292409 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.67 
 
 
203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.9 
 
 
202 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.97 
 
 
201 aa  112  3e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.4 
 
 
200 aa  112  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.86 
 
 
206 aa  112  5e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01557  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
194 aa  111  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214116  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.38 
 
 
199 aa  111  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.17 
 
 
203 aa  111  9e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3189  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.35 
 
 
200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00764376  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.1 
 
 
199 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.6 
 
 
199 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2016  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.273142  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.57 
 
 
194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.59 
 
 
203 aa  109  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.93 
 
 
199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  36.59 
 
 
203 aa  108  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.45 
 
 
199 aa  108  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.68 
 
 
202 aa  108  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  36.59 
 
 
203 aa  108  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.59 
 
 
203 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.59 
 
 
203 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2323  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.66 
 
 
201 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658563  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>