More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2337 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
197 aa  386  1e-106  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.09 
 
 
198 aa  216  2e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.71 
 
 
199 aa  210  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.5 
 
 
200 aa  207  8e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.77 
 
 
199 aa  207  9e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.73 
 
 
199 aa  195  4.0000000000000005e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.26 
 
 
199 aa  195  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.23 
 
 
199 aa  193  1e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.24 
 
 
193 aa  167  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.24 
 
 
193 aa  167  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.46 
 
 
197 aa  160  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.1 
 
 
200 aa  155  3e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.52 
 
 
203 aa  149  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.9 
 
 
208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
197 aa  145  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
205 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.27 
 
 
200 aa  145  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.5 
 
 
202 aa  144  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.7 
 
 
197 aa  144  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.21 
 
 
200 aa  144  7.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.7 
 
 
197 aa  144  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
201 aa  144  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  47.57 
 
 
204 aa  144  7.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0457  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
204 aa  144  9e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.8 
 
 
205 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.8 
 
 
205 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.71 
 
 
202 aa  143  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.51 
 
 
205 aa  143  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.8 
 
 
205 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.51 
 
 
205 aa  143  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01215  Holliday junction DNA helicase motor protein  42.35 
 
 
193 aa  142  2e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.62 
 
 
200 aa  143  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.28 
 
 
209 aa  142  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.51 
 
 
205 aa  142  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.26 
 
 
205 aa  142  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
202 aa  141  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.65 
 
 
205 aa  141  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.04 
 
 
205 aa  140  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.62 
 
 
205 aa  140  9e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.62 
 
 
205 aa  140  9e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.62 
 
 
205 aa  140  9e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.62 
 
 
205 aa  140  9e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
209 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3953  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.75 
 
 
191 aa  140  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0761943 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.81 
 
 
205 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.09 
 
 
199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.09 
 
 
199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.67 
 
 
197 aa  139  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.94 
 
 
192 aa  138  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.18 
 
 
202 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.39 
 
 
200 aa  138  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
201 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
201 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.86 
 
 
205 aa  137  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0993  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.1 
 
 
197 aa  137  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.257053  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3236  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.07 
 
 
192 aa  137  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.59 
 
 
200 aa  137  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.82 
 
 
198 aa  136  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.85 
 
 
211 aa  136  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0139  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
199 aa  136  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1758  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.69 
 
 
200 aa  136  2e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000583338  normal  0.326714 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.42 
 
 
190 aa  136  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.83 
 
 
205 aa  136  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
202 aa  136  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.49 
 
 
205 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
193 aa  135  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
203 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.74 
 
 
205 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.81 
 
 
194 aa  135  5e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0310  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.61 
 
 
194 aa  135  6.0000000000000005e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.966825  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
203 aa  134  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
206 aa  134  7.000000000000001e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
196 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
196 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.12 
 
 
199 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
196 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.38 
 
 
207 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.4 
 
 
193 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.83 
 
 
203 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2534  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.38 
 
 
207 aa  132  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.416621  normal  0.292409 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.41 
 
 
220 aa  132  3.9999999999999996e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.49 
 
 
195 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  36.87 
 
 
199 aa  131  5e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
193 aa  131  6e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  39.02 
 
 
203 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  39.02 
 
 
203 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  43.24 
 
 
206 aa  130  9e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1888  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.84 
 
 
206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.41 
 
 
187 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12320  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.94 
 
 
194 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.32 
 
 
204 aa  130  1.0000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1222  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.71 
 
 
201 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550433  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
200 aa  129  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  40 
 
 
206 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.13 
 
 
201 aa  129  2.0000000000000002e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3189  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.79 
 
 
200 aa  129  2.0000000000000002e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00764376  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
200 aa  129  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.86 
 
 
204 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.25 
 
 
201 aa  129  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>