More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4502 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
198 aa  397  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4464  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.3 
 
 
196 aa  201  4e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.623837 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  45 
 
 
199 aa  180  1e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.19 
 
 
195 aa  170  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3832  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.95 
 
 
194 aa  168  6e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0310  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.97 
 
 
194 aa  160  1e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.966825  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.88 
 
 
193 aa  155  3e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  41.62 
 
 
194 aa  152  4e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.84 
 
 
199 aa  151  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.84 
 
 
199 aa  150  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01215  Holliday junction DNA helicase motor protein  41.92 
 
 
193 aa  147  9e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.5 
 
 
197 aa  146  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0811  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.79 
 
 
202 aa  143  2e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0457  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.33 
 
 
204 aa  142  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.33 
 
 
199 aa  142  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
199 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
203 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.93 
 
 
200 aa  138  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.91 
 
 
200 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.82 
 
 
197 aa  136  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
199 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.69 
 
 
203 aa  135  3.0000000000000003e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  36.1 
 
 
206 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.92 
 
 
202 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.29 
 
 
200 aa  134  9.999999999999999e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  36.14 
 
 
203 aa  133  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.81 
 
 
199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.78 
 
 
201 aa  133  1.9999999999999998e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
205 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.98 
 
 
223 aa  132  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
205 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.49 
 
 
202 aa  132  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.47 
 
 
209 aa  132  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
205 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  36 
 
 
202 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
205 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.51 
 
 
203 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.51 
 
 
203 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.38 
 
 
199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.38 
 
 
199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
202 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.93 
 
 
203 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  37 
 
 
201 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.51 
 
 
208 aa  130  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  37 
 
 
201 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.97 
 
 
200 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
203 aa  129  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
203 aa  129  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.88 
 
 
200 aa  129  3e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
203 aa  129  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
203 aa  129  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
203 aa  129  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.5 
 
 
199 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
205 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.88 
 
 
200 aa  128  6e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.96 
 
 
202 aa  127  8.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.47 
 
 
204 aa  127  9.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
198 aa  127  9.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  39.02 
 
 
203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  39.02 
 
 
203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.95 
 
 
202 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  36.82 
 
 
206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.1 
 
 
204 aa  126  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
220 aa  125  3e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3626  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.14 
 
 
198 aa  124  9e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0674583  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  38.07 
 
 
191 aa  124  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
205 aa  123  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.06 
 
 
197 aa  123  1e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
205 aa  124  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.31 
 
 
204 aa  123  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0419  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.7 
 
 
194 aa  123  2e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  123  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.52 
 
 
207 aa  123  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
203 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
203 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
203 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
205 aa  122  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
203 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.65 
 
 
203 aa  122  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4665  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.12 
 
 
190 aa  121  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1691  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.95 
 
 
198 aa  121  6e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  40.3 
 
 
194 aa  121  6e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2323  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.06 
 
 
201 aa  121  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658563  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3492  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.07 
 
 
198 aa  121  6e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2049  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.13 
 
 
203 aa  121  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774525  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1758  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.92 
 
 
200 aa  120  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000583338  normal  0.326714 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.68 
 
 
200 aa  120  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.54 
 
 
203 aa  120  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.22 
 
 
200 aa  120  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.68 
 
 
201 aa  120  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
211 aa  119  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.44 
 
 
205 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.07 
 
 
192 aa  119  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>