More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0321 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
203 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  68.97 
 
 
200 aa  276  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1758  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.83 
 
 
200 aa  265  4e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000583338  normal  0.326714 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0457  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.53 
 
 
204 aa  259  1e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0425  Holliday junction DNA helicase RuvA  67 
 
 
200 aa  246  2e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.871435  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.59 
 
 
200 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.59 
 
 
200 aa  228  5e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.35 
 
 
201 aa  144  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.35 
 
 
201 aa  144  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  43 
 
 
202 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.78 
 
 
205 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.5 
 
 
202 aa  142  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.78 
 
 
205 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.78 
 
 
205 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.89 
 
 
205 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.84 
 
 
207 aa  138  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  41.29 
 
 
206 aa  138  7e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.22 
 
 
200 aa  137  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
202 aa  137  8.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.5 
 
 
193 aa  137  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
204 aa  137  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
199 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
197 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.09 
 
 
199 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.06 
 
 
200 aa  135  4e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.69 
 
 
198 aa  135  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.71 
 
 
202 aa  135  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.88 
 
 
195 aa  135  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.12 
 
 
209 aa  135  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
199 aa  134  9e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.59 
 
 
197 aa  134  9e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.55 
 
 
200 aa  133  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
202 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
199 aa  132  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  40.8 
 
 
199 aa  132  3e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  42 
 
 
206 aa  132  5e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.41 
 
 
194 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
201 aa  131  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.49 
 
 
209 aa  131  9e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
199 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.42 
 
 
204 aa  129  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.61 
 
 
204 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.97 
 
 
205 aa  129  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.44 
 
 
200 aa  129  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1888  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.78 
 
 
206 aa  129  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.7 
 
 
203 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  37.38 
 
 
206 aa  128  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3674  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.75 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000325951  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  35.61 
 
 
203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  36 
 
 
201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.75 
 
 
208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.92 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4464  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
196 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.623837 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.25 
 
 
202 aa  126  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
205 aa  125  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.58 
 
 
205 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.35 
 
 
204 aa  125  4.0000000000000003e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
205 aa  125  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
203 aa  125  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.04 
 
 
199 aa  125  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
205 aa  125  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01215  Holliday junction DNA helicase motor protein  37.56 
 
 
193 aa  125  6e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.79 
 
 
205 aa  125  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.24 
 
 
197 aa  124  7e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  38 
 
 
190 aa  124  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.74 
 
 
211 aa  124  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3832  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.37 
 
 
194 aa  124  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  37.37 
 
 
194 aa  124  1e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
203 aa  124  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.15 
 
 
223 aa  123  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.32 
 
 
205 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.13 
 
 
220 aa  124  1e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.68 
 
 
200 aa  123  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1363  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.34 
 
 
202 aa  123  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.245044  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.58 
 
 
193 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  36 
 
 
198 aa  123  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  34 
 
 
193 aa  122  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  34 
 
 
193 aa  122  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.01 
 
 
197 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.44 
 
 
205 aa  122  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  33.33 
 
 
203 aa  122  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  33.33 
 
 
203 aa  122  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.88 
 
 
193 aa  122  5e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.09 
 
 
193 aa  122  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
201 aa  122  5e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3626  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.5 
 
 
198 aa  121  6e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0674583  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.58 
 
 
193 aa  121  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0139  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.06 
 
 
199 aa  121  8e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  36.76 
 
 
191 aa  120  9e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0942  Holliday junction DNA helicase RuvA  42 
 
 
194 aa  120  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1061  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.64 
 
 
194 aa  120  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1222  Holliday junction DNA helicase RuvA  38 
 
 
201 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550433  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
193 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
200 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>