More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3189 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_3189  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
200 aa  393  1e-108  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00764376  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.65 
 
 
202 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.84 
 
 
201 aa  158  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.84 
 
 
201 aa  158  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.87 
 
 
205 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.75 
 
 
202 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.38 
 
 
205 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.38 
 
 
205 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
202 aa  152  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.09 
 
 
202 aa  150  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  43 
 
 
200 aa  150  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  48 
 
 
201 aa  150  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.33 
 
 
190 aa  150  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.38 
 
 
205 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.83 
 
 
209 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  41.75 
 
 
206 aa  150  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.83 
 
 
205 aa  148  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.98 
 
 
203 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.5 
 
 
193 aa  144  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
204 aa  143  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
208 aa  144  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
205 aa  143  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.5 
 
 
193 aa  144  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.02 
 
 
211 aa  142  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
205 aa  143  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.46 
 
 
203 aa  142  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.46 
 
 
203 aa  142  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.46 
 
 
203 aa  142  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.46 
 
 
203 aa  142  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.46 
 
 
203 aa  142  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.46 
 
 
203 aa  142  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.46 
 
 
203 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.29 
 
 
205 aa  141  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
205 aa  140  9e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
205 aa  140  9e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
205 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.36 
 
 
204 aa  140  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.09 
 
 
193 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  41 
 
 
220 aa  140  1.9999999999999998e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
205 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36700  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
204 aa  139  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
203 aa  139  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.83 
 
 
205 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0139  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.87 
 
 
199 aa  138  6e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.86 
 
 
194 aa  138  6e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
205 aa  138  7e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
223 aa  138  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
205 aa  138  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
205 aa  138  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
197 aa  137  7e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.46 
 
 
203 aa  137  7e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.2 
 
 
209 aa  138  7e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
205 aa  138  7e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  40 
 
 
203 aa  137  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  40 
 
 
203 aa  137  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
205 aa  137  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2049  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
203 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774525  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
205 aa  137  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.8 
 
 
199 aa  136  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
199 aa  136  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
199 aa  136  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.98 
 
 
207 aa  135  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.87 
 
 
199 aa  135  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
203 aa  135  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
203 aa  135  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
203 aa  135  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
203 aa  135  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
200 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.89 
 
 
199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.32 
 
 
197 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  41 
 
 
200 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1888  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
206 aa  132  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
200 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  41.35 
 
 
206 aa  132  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
202 aa  130  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1222  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
201 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550433  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  43.68 
 
 
191 aa  129  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2016  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.21 
 
 
201 aa  129  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.273142  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0424  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.75 
 
 
193 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.702078  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0313  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.5 
 
 
196 aa  129  4.0000000000000003e-29  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.178792  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2421  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.73 
 
 
204 aa  128  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480934  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2144  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.73 
 
 
204 aa  128  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0379489  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
199 aa  128  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2031  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.73 
 
 
204 aa  128  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000338953  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.7 
 
 
197 aa  128  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.69 
 
 
198 aa  128  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
200 aa  127  8.000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.95 
 
 
200 aa  127  9.000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1061  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
194 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3236  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.46 
 
 
192 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
206 aa  126  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.02 
 
 
204 aa  126  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1631  Holliday junction DNA helicase RuvA  41 
 
 
193 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.229867  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.56 
 
 
193 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
193 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.56 
 
 
192 aa  125  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.33 
 
 
193 aa  124  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0942  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
194 aa  123  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.76 
 
 
203 aa  123  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2255  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.51 
 
 
205 aa  122  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>