More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6947 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
195 aa  393  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3832  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.79 
 
 
194 aa  207  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  51.01 
 
 
199 aa  199  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.31 
 
 
193 aa  189  2e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  47.72 
 
 
194 aa  180  1e-44  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4464  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.98 
 
 
196 aa  177  5.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.623837 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0310  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.23 
 
 
194 aa  171  7.999999999999999e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.966825  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.19 
 
 
198 aa  170  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01215  Holliday junction DNA helicase motor protein  46.15 
 
 
193 aa  169  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.57 
 
 
199 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.11 
 
 
200 aa  138  4.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.82 
 
 
200 aa  138  6e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.68 
 
 
199 aa  136  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.88 
 
 
203 aa  135  5e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.7 
 
 
199 aa  133  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.59 
 
 
197 aa  132  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.49 
 
 
197 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
199 aa  131  6.999999999999999e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.42 
 
 
202 aa  129  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.07 
 
 
198 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.25 
 
 
200 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
199 aa  125  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.2 
 
 
193 aa  125  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.2 
 
 
193 aa  125  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.69 
 
 
199 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.19 
 
 
203 aa  125  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.48 
 
 
201 aa  124  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.48 
 
 
201 aa  124  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_002950  PG0811  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.81 
 
 
202 aa  124  8.000000000000001e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
220 aa  124  8.000000000000001e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.31 
 
 
205 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
202 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.91 
 
 
197 aa  124  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.8 
 
 
205 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.09 
 
 
194 aa  123  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.5 
 
 
204 aa  123  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
202 aa  122  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.27 
 
 
208 aa  122  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.84 
 
 
202 aa  122  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.28 
 
 
201 aa  121  5e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.01 
 
 
202 aa  121  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.57 
 
 
200 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.04 
 
 
200 aa  120  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0709  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.84 
 
 
207 aa  119  3e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0528487  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.87 
 
 
197 aa  118  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.04 
 
 
200 aa  118  4.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.71 
 
 
193 aa  118  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  40.74 
 
 
191 aa  118  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.43 
 
 
192 aa  117  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1758  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.36 
 
 
200 aa  117  9.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000583338  normal  0.326714 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.57 
 
 
190 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0684  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.34 
 
 
207 aa  116  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.801169  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1699  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.89 
 
 
200 aa  116  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.81438  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
199 aa  115  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
199 aa  115  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1732  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.89 
 
 
200 aa  116  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.25398  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3236  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.11 
 
 
192 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.83 
 
 
200 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0425  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.29 
 
 
200 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.871435  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.51 
 
 
202 aa  115  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1424  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.27 
 
 
210 aa  114  6e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000192016  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.86 
 
 
209 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1432  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  36.92 
 
 
199 aa  114  7.999999999999999e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000016322  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0457  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.78 
 
 
204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.91 
 
 
201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.12 
 
 
203 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.56 
 
 
229 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2386  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  32.49 
 
 
200 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0419  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.29 
 
 
194 aa  111  5e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1691  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.87 
 
 
198 aa  111  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.08 
 
 
199 aa  112  5e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  34.8 
 
 
206 aa  111  5e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.07 
 
 
200 aa  111  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3177  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.01 
 
 
212 aa  111  7.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.46 
 
 
197 aa  111  8.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0452  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  36 
 
 
208 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0798924  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1363  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.5 
 
 
202 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.245044  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  35.43 
 
 
196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.68 
 
 
189 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250827  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1268  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.71 
 
 
204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.20539  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.97 
 
 
207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2114  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.9 
 
 
208 aa  108  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.948496  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1222  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.32 
 
 
201 aa  109  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550433  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  34.65 
 
 
202 aa  109  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  35.71 
 
 
194 aa  108  3e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36700  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
204 aa  109  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1206  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.16 
 
 
200 aa  108  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000238701  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.68 
 
 
199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3674  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.66 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000325951  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2032  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.52 
 
 
213 aa  108  5e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340991 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.93 
 
 
200 aa  108  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.14 
 
 
193 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
205 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.17 
 
 
206 aa  107  9.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.85 
 
 
205 aa  107  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.57 
 
 
193 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.85 
 
 
205 aa  107  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>