More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2386 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_2386  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  100 
 
 
200 aa  387  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2110  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.69 
 
 
202 aa  217  1e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0297912  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6112  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  60.78 
 
 
206 aa  211  4.9999999999999996e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.073965 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1795  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.68 
 
 
202 aa  207  6e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.115786  normal  0.0993939 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  59.31 
 
 
202 aa  205  3e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  55.72 
 
 
196 aa  204  1e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1809  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.19 
 
 
200 aa  202  3e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3054  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.62 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.6375 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17520  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  54.73 
 
 
206 aa  195  4.0000000000000005e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.176122 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0838  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.83 
 
 
206 aa  193  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0758722  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.25 
 
 
208 aa  189  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3827  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.74 
 
 
200 aa  189  2.9999999999999997e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0335606  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2064  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.83 
 
 
206 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1799  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.7 
 
 
200 aa  187  7e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.215685  hitchhiker  0.000114407 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  53.17 
 
 
199 aa  187  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3177  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.87 
 
 
212 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1691  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.26 
 
 
198 aa  176  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1993  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.79 
 
 
200 aa  173  1.9999999999999998e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0230385 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  51 
 
 
197 aa  173  1.9999999999999998e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1370  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  53.01 
 
 
247 aa  169  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.903698  normal  0.141681 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12890  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.31 
 
 
214 aa  166  2e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.419715  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.99 
 
 
196 aa  166  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.99 
 
 
196 aa  166  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.99 
 
 
196 aa  166  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1667  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.5 
 
 
207 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.253855  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3395  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.45 
 
 
207 aa  161  6e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00278946  hitchhiker  0.00000769998 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1369  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.25 
 
 
205 aa  160  9e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0441824 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15330  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  47.09 
 
 
209 aa  160  1e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.436101  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2302  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.04 
 
 
214 aa  156  2e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0640436  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2032  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.55 
 
 
213 aa  154  9e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340991 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12613  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.26 
 
 
196 aa  153  1e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000939698  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2574  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.53 
 
 
195 aa  151  8e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.334415  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  46.31 
 
 
205 aa  150  1e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3825  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.53 
 
 
195 aa  149  4e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.790434  normal  0.237667 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5145  DNA recombination protein RuvA  51.1 
 
 
239 aa  145  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0031109  decreased coverage  0.000116053 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1935  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.5 
 
 
199 aa  143  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0452  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  38.65 
 
 
208 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0798924  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
199 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0837  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.14 
 
 
209 aa  123  2e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.78 
 
 
202 aa  121  8e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.32 
 
 
200 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0684  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
207 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.801169  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.84 
 
 
203 aa  120  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2323  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.83 
 
 
201 aa  119  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658563  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.59 
 
 
197 aa  119  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1758  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.8 
 
 
200 aa  117  9.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000583338  normal  0.326714 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1797  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.49 
 
 
214 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113537 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.96 
 
 
195 aa  116  3e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0709  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.15 
 
 
207 aa  115  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0528487  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.69 
 
 
197 aa  115  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
208 aa  116  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.83 
 
 
203 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  38 
 
 
202 aa  114  8.999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.87 
 
 
201 aa  114  8.999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.25 
 
 
204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  35.75 
 
 
204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
200 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.87 
 
 
201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.49 
 
 
195 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  37 
 
 
200 aa  112  5e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0457  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.44 
 
 
204 aa  111  6e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  35.27 
 
 
206 aa  111  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.49 
 
 
207 aa  111  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
202 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3626  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.84 
 
 
198 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0674583  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
202 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
220 aa  110  1.0000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  38.19 
 
 
197 aa  109  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.61 
 
 
198 aa  109  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.42 
 
 
201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3832  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.96 
 
 
194 aa  109  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
200 aa  109  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2134  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
195 aa  109  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.856024  hitchhiker  0.000118824 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.64 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.64 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.64 
 
 
205 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  37.13 
 
 
194 aa  108  6e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.8 
 
 
199 aa  107  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.17 
 
 
199 aa  107  9.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.51 
 
 
205 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
209 aa  107  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
202 aa  107  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.12 
 
 
199 aa  107  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.18 
 
 
197 aa  107  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1222  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.81 
 
 
201 aa  106  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550433  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.11 
 
 
204 aa  106  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.92 
 
 
205 aa  106  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  32.99 
 
 
194 aa  106  2e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.17 
 
 
201 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.19 
 
 
197 aa  106  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.17 
 
 
201 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3204  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.2 
 
 
202 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.85 
 
 
205 aa  106  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.68 
 
 
205 aa  106  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4464  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.2 
 
 
196 aa  106  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.623837 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2477  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.84 
 
 
194 aa  105  3e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.389677  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3772  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.59 
 
 
197 aa  106  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000550538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.65 
 
 
190 aa  105  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>