More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0310 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_0310  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
194 aa  390  1e-108  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.966825  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.43 
 
 
193 aa  249  2e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01215  Holliday junction DNA helicase motor protein  62.37 
 
 
193 aa  241  3e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3832  Holliday junction DNA helicase RuvA  50 
 
 
194 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  47.26 
 
 
199 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.23 
 
 
195 aa  176  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.97 
 
 
198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4464  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.43 
 
 
196 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.623837 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  44.56 
 
 
194 aa  158  5e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.22 
 
 
203 aa  148  6e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.21 
 
 
199 aa  144  8.000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.61 
 
 
197 aa  143  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.09 
 
 
202 aa  142  3e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.07 
 
 
193 aa  142  4e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.07 
 
 
193 aa  142  4e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_002950  PG0811  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.16 
 
 
202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.71 
 
 
198 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.8 
 
 
200 aa  137  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.25 
 
 
201 aa  136  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
205 aa  136  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.25 
 
 
201 aa  136  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.37 
 
 
200 aa  133  9.999999999999999e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
199 aa  133  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2016  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.11 
 
 
201 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.273142  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.38 
 
 
220 aa  132  1.9999999999999998e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.13 
 
 
205 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.76 
 
 
197 aa  132  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.02 
 
 
205 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
205 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.29 
 
 
197 aa  132  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
205 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
205 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
205 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
199 aa  131  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.2 
 
 
199 aa  131  5e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.29 
 
 
197 aa  130  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.75 
 
 
205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.84 
 
 
205 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.95 
 
 
200 aa  129  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.06 
 
 
205 aa  129  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.5 
 
 
208 aa  129  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.03 
 
 
200 aa  129  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
205 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1151  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.62 
 
 
184 aa  128  4.0000000000000003e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.233355  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
205 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
205 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
205 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.29 
 
 
197 aa  128  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.64 
 
 
205 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.5 
 
 
201 aa  128  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.68 
 
 
211 aa  127  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0113  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.03 
 
 
184 aa  128  7.000000000000001e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.8 
 
 
192 aa  127  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.19 
 
 
199 aa  127  9.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.06 
 
 
203 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.95 
 
 
202 aa  127  9.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.27 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0457  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.55 
 
 
204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.81 
 
 
197 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.75 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  39.42 
 
 
204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.15 
 
 
205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.15 
 
 
205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.15 
 
 
199 aa  126  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.63 
 
 
202 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.93 
 
 
209 aa  126  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
193 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0501  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.8 
 
 
193 aa  125  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0807  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.46 
 
 
184 aa  124  7e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.013271  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.66 
 
 
202 aa  124  9e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1129  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
193 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2354  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
193 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0267  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
193 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3406  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
193 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0377  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.8 
 
 
193 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  34.47 
 
 
206 aa  123  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3400  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
193 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2533  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
193 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0392  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.8 
 
 
193 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.938201 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.37 
 
 
203 aa  123  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3365  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
193 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  35 
 
 
200 aa  124  1e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  35.61 
 
 
203 aa  124  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  37.37 
 
 
194 aa  123  2e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0139  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.65 
 
 
199 aa  122  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.15 
 
 
229 aa  123  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.5 
 
 
200 aa  123  2e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1222  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.1 
 
 
201 aa  122  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550433  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.83 
 
 
204 aa  122  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.49 
 
 
193 aa  122  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.97 
 
 
193 aa  121  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
199 aa  122  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.78 
 
 
187 aa  120  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0573  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.44 
 
 
184 aa  120  9.999999999999999e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.838758  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.97 
 
 
194 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.84 
 
 
200 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.32 
 
 
200 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.21 
 
 
209 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  37.95 
 
 
191 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  33.82 
 
 
206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>