More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0425 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0425  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
200 aa  394  1e-109  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.871435  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  68 
 
 
200 aa  278  3e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.01 
 
 
203 aa  275  5e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1758  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.33 
 
 
200 aa  266  2e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.0000000000583338  normal  0.326714 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0457  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.86 
 
 
204 aa  260  8e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.2 
 
 
200 aa  236  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.72 
 
 
200 aa  213  9.999999999999999e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.39 
 
 
199 aa  138  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.2 
 
 
199 aa  136  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.27 
 
 
200 aa  135  4e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.27 
 
 
200 aa  135  4e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.2 
 
 
199 aa  135  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.79 
 
 
207 aa  135  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.05 
 
 
197 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.24 
 
 
199 aa  132  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.14 
 
 
202 aa  132  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
204 aa  131  9e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  38.81 
 
 
203 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  38.81 
 
 
203 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.7 
 
 
201 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.7 
 
 
201 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.68 
 
 
205 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
199 aa  129  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.61 
 
 
197 aa  129  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
193 aa  129  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.8 
 
 
205 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.97 
 
 
198 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
202 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.29 
 
 
195 aa  128  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4464  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
196 aa  128  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.623837 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.21 
 
 
205 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1222  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
201 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550433  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  127  9.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  127  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.2 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.2 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.2 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.2 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.49 
 
 
190 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.29 
 
 
200 aa  125  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.43 
 
 
211 aa  126  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.89 
 
 
204 aa  125  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.2 
 
 
205 aa  126  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.12 
 
 
209 aa  125  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.38 
 
 
205 aa  125  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.97 
 
 
202 aa  125  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.38 
 
 
205 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1888  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.58 
 
 
206 aa  124  8.000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
203 aa  124  8.000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
209 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  36.92 
 
 
194 aa  124  1e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
205 aa  123  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  35.61 
 
 
206 aa  123  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.19 
 
 
202 aa  123  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
194 aa  123  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.19 
 
 
203 aa  123  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.62 
 
 
206 aa  123  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
205 aa  123  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.75 
 
 
208 aa  123  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.63 
 
 
201 aa  122  3e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2049  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
203 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774525  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
205 aa  122  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
205 aa  122  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.2 
 
 
199 aa  122  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  36 
 
 
220 aa  122  4e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
202 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.15 
 
 
201 aa  122  5e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3674  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.36 
 
 
205 aa  121  6e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000325951  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.75 
 
 
202 aa  121  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.33 
 
 
199 aa  121  7e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_384  Holliday junction DNA helicase  38.19 
 
 
194 aa  121  7e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.15 
 
 
201 aa  121  7e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
205 aa  121  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.58 
 
 
200 aa  121  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0442  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.19 
 
 
194 aa  120  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  38.61 
 
 
191 aa  120  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.82 
 
 
200 aa  120  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0894  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.86 
 
 
210 aa  120  1.9999999999999998e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00161936  normal  0.093504 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.47 
 
 
204 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  37 
 
 
198 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  34.63 
 
 
203 aa  119  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  35 
 
 
223 aa  119  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.01 
 
 
200 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.65 
 
 
203 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.89 
 
 
197 aa  119  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
203 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0527  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.52 
 
 
199 aa  117  9.999999999999999e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>