More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3605 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
205 aa  409  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  85.85 
 
 
205 aa  345  2e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  84.39 
 
 
204 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  83.9 
 
 
204 aa  314  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  76.1 
 
 
205 aa  280  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  75.61 
 
 
205 aa  279  2e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  75.61 
 
 
205 aa  279  2e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  74.27 
 
 
206 aa  273  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.46 
 
 
206 aa  251  4.0000000000000004e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.44 
 
 
205 aa  246  2e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  64.88 
 
 
205 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.41 
 
 
205 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.9 
 
 
205 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.46 
 
 
205 aa  240  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.41 
 
 
205 aa  236  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.49 
 
 
205 aa  231  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.58 
 
 
205 aa  230  9e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.51 
 
 
205 aa  226  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.65 
 
 
208 aa  226  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.97 
 
 
205 aa  221  8e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.65 
 
 
208 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.65 
 
 
208 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.05 
 
 
205 aa  214  9e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.29 
 
 
209 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.88 
 
 
205 aa  188  5.999999999999999e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.62 
 
 
217 aa  184  9e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  45.62 
 
 
212 aa  179  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.77 
 
 
213 aa  176  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.03 
 
 
204 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  47 
 
 
224 aa  166  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.21 
 
 
223 aa  157  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2207  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.2 
 
 
224 aa  156  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.36943  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0555  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.2 
 
 
224 aa  156  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.47 
 
 
223 aa  156  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.55 
 
 
199 aa  155  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.29 
 
 
204 aa  154  7e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.61 
 
 
229 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.83 
 
 
199 aa  151  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.95 
 
 
224 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0785  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.63 
 
 
204 aa  145  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.247616  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.43 
 
 
200 aa  135  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.09 
 
 
202 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
202 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.19 
 
 
193 aa  128  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.58 
 
 
205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.09 
 
 
205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.46 
 
 
202 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.09 
 
 
205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.81 
 
 
201 aa  126  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.81 
 
 
201 aa  126  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.89 
 
 
202 aa  124  9e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
197 aa  124  9e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
205 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
197 aa  123  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40.38 
 
 
204 aa  122  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  37.8 
 
 
205 aa  121  7e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.73 
 
 
199 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.29 
 
 
204 aa  118  7e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.19 
 
 
205 aa  118  7e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
194 aa  118  7e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_002978  WD1113  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.38 
 
 
190 aa  117  9.999999999999999e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.73 
 
 
200 aa  117  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
193 aa  116  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
205 aa  115  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
205 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
205 aa  116  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
193 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
200 aa  115  5e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
193 aa  115  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.16 
 
 
197 aa  115  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.24 
 
 
205 aa  115  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.48 
 
 
201 aa  115  6e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
193 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1432  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  36.63 
 
 
199 aa  114  7.999999999999999e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000016322  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0377  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.98 
 
 
193 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0501  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.49 
 
 
193 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  36.49 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3626  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
198 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0674583  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0392  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.98 
 
 
193 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.938201 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.2 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.39 
 
 
197 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.86 
 
 
197 aa  112  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.35 
 
 
199 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2354  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
193 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2533  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
193 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40.38 
 
 
202 aa  112  5e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0267  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
193 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3406  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
193 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3400  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
193 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
200 aa  112  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.07 
 
 
202 aa  112  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1129  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
193 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3365  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
193 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.62 
 
 
198 aa  112  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
200 aa  111  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
197 aa  111  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.7 
 
 
201 aa  111  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.44 
 
 
200 aa  111  9e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.13 
 
 
205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>