More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0964 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
208 aa  407  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
208 aa  407  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  96.15 
 
 
208 aa  379  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  90.38 
 
 
205 aa  350  8.999999999999999e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  83.17 
 
 
205 aa  332  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  88.46 
 
 
205 aa  332  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  69.23 
 
 
206 aa  286  2e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  70.67 
 
 
205 aa  279  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  67.31 
 
 
205 aa  272  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  68.75 
 
 
205 aa  271  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  65.87 
 
 
205 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.35 
 
 
205 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.83 
 
 
205 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.1 
 
 
205 aa  236  2e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.54 
 
 
205 aa  230  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.13 
 
 
205 aa  226  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.65 
 
 
205 aa  222  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.69 
 
 
209 aa  217  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  60 
 
 
205 aa  207  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.13 
 
 
204 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.62 
 
 
205 aa  204  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.65 
 
 
204 aa  204  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.13 
 
 
205 aa  203  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.13 
 
 
205 aa  203  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  60.77 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  53.27 
 
 
212 aa  197  6e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.11 
 
 
204 aa  179  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.51 
 
 
217 aa  179  2e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.6 
 
 
204 aa  159  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.03 
 
 
213 aa  158  5e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.28 
 
 
223 aa  156  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0785  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.33 
 
 
204 aa  155  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.247616  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  45 
 
 
224 aa  153  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.13 
 
 
224 aa  152  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.57 
 
 
199 aa  150  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.08 
 
 
199 aa  149  4e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0555  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.15 
 
 
224 aa  145  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2207  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.15 
 
 
224 aa  145  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.36943  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.97 
 
 
223 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.48 
 
 
229 aa  142  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.55 
 
 
200 aa  141  6e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.61 
 
 
201 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.21 
 
 
197 aa  133  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.65 
 
 
205 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.26 
 
 
205 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.18 
 
 
205 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.18 
 
 
205 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.11 
 
 
199 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.19 
 
 
198 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.11 
 
 
199 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.19 
 
 
202 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.35 
 
 
199 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.2 
 
 
199 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.51 
 
 
200 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.97 
 
 
199 aa  125  6e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
202 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.78 
 
 
199 aa  124  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.18 
 
 
201 aa  124  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.67 
 
 
201 aa  124  1e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.41 
 
 
202 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  42.54 
 
 
204 aa  123  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40.84 
 
 
206 aa  121  8e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.48 
 
 
202 aa  121  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.9 
 
 
206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
193 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
193 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0320  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.01 
 
 
190 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.219542  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.74 
 
 
201 aa  118  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.74 
 
 
201 aa  118  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.65 
 
 
202 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
200 aa  116  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1113  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.19 
 
 
190 aa  115  3.9999999999999997e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.33 
 
 
197 aa  115  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.68 
 
 
200 aa  115  6e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  39.13 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2064  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
220 aa  113  2.0000000000000002e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.21 
 
 
203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.56 
 
 
197 aa  112  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.56 
 
 
197 aa  112  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.8 
 
 
205 aa  112  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.78 
 
 
192 aa  112  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0683  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.93 
 
 
190 aa  112  5e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.56 
 
 
201 aa  112  5e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.67 
 
 
197 aa  111  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0993  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.27 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.257053  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.94 
 
 
205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3126  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.57 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.735644  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0139  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.07 
 
 
199 aa  109  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
205 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1432  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  37.78 
 
 
199 aa  109  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000016322  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
205 aa  109  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.58 
 
 
203 aa  108  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  29.61 
 
 
199 aa  108  6e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  42.69 
 
 
202 aa  107  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01557  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
194 aa  107  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214116  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.56 
 
 
187 aa  107  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40 
 
 
199 aa  107  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2144  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.14 
 
 
204 aa  106  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0379489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>