More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_0785 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_0785  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
204 aa  390  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.247616  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.86 
 
 
206 aa  162  3e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.79 
 
 
205 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.48 
 
 
208 aa  160  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.83 
 
 
205 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.85 
 
 
205 aa  158  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0964  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.47 
 
 
208 aa  157  7e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0154601 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0928  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.47 
 
 
208 aa  157  7e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.157529  normal  0.130269 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.28 
 
 
205 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.34 
 
 
205 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  50 
 
 
205 aa  154  8e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.57 
 
 
205 aa  154  8e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.41 
 
 
205 aa  153  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3605  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.76 
 
 
205 aa  152  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4805  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.89 
 
 
205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.521325  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.83 
 
 
205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.38 
 
 
205 aa  152  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0003  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.38 
 
 
209 aa  151  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.34 
 
 
205 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3515  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.32 
 
 
204 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.541914 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3220  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.32 
 
 
204 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.573398 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.26 
 
 
199 aa  144  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.17 
 
 
205 aa  143  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.65 
 
 
213 aa  140  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.57 
 
 
205 aa  139  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.82 
 
 
205 aa  137  7.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.82 
 
 
205 aa  137  7.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  43.69 
 
 
212 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0335  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.78 
 
 
199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.642504  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.58 
 
 
204 aa  129  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.199605  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2905  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.48 
 
 
204 aa  125  5e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.366229  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.51 
 
 
217 aa  119  3e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3178  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.79 
 
 
206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
203 aa  112  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  39.9 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
202 aa  108  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.89 
 
 
202 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.98 
 
 
200 aa  107  8.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.22 
 
 
205 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.68 
 
 
201 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.68 
 
 
201 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.21 
 
 
201 aa  105  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.75 
 
 
205 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.75 
 
 
205 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.75 
 
 
205 aa  104  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1104  Holliday junction DNA helicase RuvA  44 
 
 
224 aa  104  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.451698  normal  0.544618 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.68 
 
 
204 aa  104  9e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0965  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.73 
 
 
223 aa  103  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2372  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.67 
 
 
229 aa  104  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.91 
 
 
205 aa  103  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.38 
 
 
223 aa  103  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
199 aa  103  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
202 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.41 
 
 
205 aa  103  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.91 
 
 
205 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.91 
 
 
205 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.11 
 
 
202 aa  102  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.91 
 
 
205 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.91 
 
 
205 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2534  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  34.09 
 
 
207 aa  102  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.416621  normal  0.292409 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1888  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.97 
 
 
206 aa  102  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.31 
 
 
197 aa  102  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.62 
 
 
204 aa  102  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.44 
 
 
206 aa  102  4e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
203 aa  102  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
203 aa  102  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.8 
 
 
223 aa  102  6e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0320  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.37 
 
 
190 aa  101  6e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.219542  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
203 aa  101  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
203 aa  101  7e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
203 aa  101  7e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
203 aa  101  7e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.49 
 
 
205 aa  101  7e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.91 
 
 
205 aa  101  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
203 aa  101  7e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.12 
 
 
205 aa  101  7e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
203 aa  101  7e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.92 
 
 
211 aa  101  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
224 aa  101  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.62 
 
 
201 aa  101  8e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  35.71 
 
 
203 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  35.71 
 
 
203 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
220 aa  100  1e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.96 
 
 
205 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.98 
 
 
200 aa  100  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.43 
 
 
205 aa  99.8  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.43 
 
 
205 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.43 
 
 
205 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.43 
 
 
205 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  32.71 
 
 
203 aa  99.8  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.69 
 
 
200 aa  99.4  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.07 
 
 
203 aa  99  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.76 
 
 
194 aa  98.6  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  33.33 
 
 
206 aa  98.6  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.5 
 
 
200 aa  98.6  6e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.29 
 
 
203 aa  98.2  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2031  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.92 
 
 
204 aa  98.2  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000338953  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.29 
 
 
203 aa  98.2  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.29 
 
 
203 aa  98.2  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>