More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3395 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_3395  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
207 aa  396  1e-109  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00278946  hitchhiker  0.00000769998 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  59.13 
 
 
199 aa  215  4e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1691  Holliday junction DNA helicase RuvA  57 
 
 
198 aa  207  9e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.07 
 
 
197 aa  196  2.0000000000000003e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1809  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.94 
 
 
200 aa  194  1e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.34 
 
 
196 aa  191  5e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.34 
 
 
196 aa  191  5e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  55.34 
 
 
196 aa  191  5e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12613  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.11 
 
 
196 aa  182  3e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000939698  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17520  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  52.15 
 
 
206 aa  181  5.0000000000000004e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.176122 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2386  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  53.59 
 
 
200 aa  180  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1799  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.9 
 
 
200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.215685  hitchhiker  0.000114407 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1795  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.66 
 
 
202 aa  177  8e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.115786  normal  0.0993939 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2574  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.46 
 
 
195 aa  175  5e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.334415  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3827  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.02 
 
 
200 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0335606  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3825  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.97 
 
 
195 aa  172  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.790434  normal  0.237667 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3054  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.48 
 
 
209 aa  172  3.9999999999999995e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.6375 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15330  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  51.2 
 
 
209 aa  168  5e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.436101  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3177  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.27 
 
 
212 aa  165  2.9999999999999998e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1935  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.24 
 
 
199 aa  166  2.9999999999999998e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1667  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.2 
 
 
207 aa  165  5e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.253855  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2064  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.97 
 
 
206 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  52.2 
 
 
202 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  45.85 
 
 
196 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2110  Holliday junction DNA helicase RuvA  52.35 
 
 
202 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0297912  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1369  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.15 
 
 
205 aa  160  2e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0441824 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6112  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  50.25 
 
 
206 aa  159  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.073965 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  50 
 
 
205 aa  158  5e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1370  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  48.91 
 
 
247 aa  154  8e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.903698  normal  0.141681 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.28 
 
 
208 aa  152  4e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2302  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.15 
 
 
214 aa  152  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0640436  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2032  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.2 
 
 
213 aa  152  5e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340991 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0838  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.54 
 
 
206 aa  150  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0758722  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.44 
 
 
197 aa  143  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.67 
 
 
197 aa  141  8e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12890  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.49 
 
 
214 aa  140  9.999999999999999e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.419715  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1993  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.5 
 
 
200 aa  137  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0230385 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5145  DNA recombination protein RuvA  51.1 
 
 
239 aa  137  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0031109  decreased coverage  0.000116053 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0837  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.79 
 
 
209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3772  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.37 
 
 
197 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000550538 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2134  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.27 
 
 
195 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.856024  hitchhiker  0.000118824 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.94 
 
 
204 aa  126  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.13 
 
 
201 aa  125  5e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.65 
 
 
201 aa  124  7e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
197 aa  124  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0452  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  35.89 
 
 
208 aa  124  1e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0798924  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.46 
 
 
187 aa  121  7e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1797  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.11 
 
 
214 aa  119  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.67 
 
 
202 aa  117  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.11 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  40 
 
 
194 aa  117  9.999999999999999e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.21 
 
 
202 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.71 
 
 
204 aa  116  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.57 
 
 
205 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.2 
 
 
199 aa  115  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.57 
 
 
205 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.56 
 
 
204 aa  115  6.9999999999999995e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.57 
 
 
205 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.71 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.94 
 
 
200 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.65 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3626  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.11 
 
 
198 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0674583  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.54 
 
 
201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.57 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_384  Holliday junction DNA helicase  42.62 
 
 
194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.54 
 
 
201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  48.06 
 
 
197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.67 
 
 
205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.67 
 
 
205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4681  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.29 
 
 
207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.99 
 
 
205 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.57 
 
 
199 aa  111  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.54 
 
 
208 aa  111  6e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0419  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.86 
 
 
194 aa  111  8.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0442  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
194 aa  111  9e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
206 aa  111  9e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3189  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.22 
 
 
200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00764376  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.34 
 
 
205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.08 
 
 
205 aa  109  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.1 
 
 
203 aa  109  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.49 
 
 
217 aa  109  3e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.09 
 
 
195 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.09 
 
 
223 aa  108  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.127346  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.54 
 
 
199 aa  108  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.85 
 
 
202 aa  108  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
205 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.08 
 
 
205 aa  108  7.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.81 
 
 
204 aa  108  8.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.06 
 
 
199 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
199 aa  107  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.93 
 
 
205 aa  107  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0310  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
194 aa  107  1e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.966825  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  34.41 
 
 
203 aa  107  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.55 
 
 
200 aa  107  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.43 
 
 
198 aa  107  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.87 
 
 
223 aa  107  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.7 
 
 
203 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
202 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.85 
 
 
202 aa  106  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
202 aa  106  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>