More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_07040 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  100 
 
 
197 aa  395  1e-109  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0973  Holliday junction DNA helicase RuvA  61.11 
 
 
197 aa  213  1.9999999999999998e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00218028 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  51.53 
 
 
194 aa  187  7e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
203 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0894  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.58 
 
 
210 aa  137  8.999999999999999e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00161936  normal  0.093504 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0452  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  42.19 
 
 
208 aa  137  8.999999999999999e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0798924  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
202 aa  136  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1432  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  44 
 
 
199 aa  136  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000016322  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.71 
 
 
199 aa  136  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.11 
 
 
198 aa  136  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.3 
 
 
197 aa  133  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0419  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.97 
 
 
194 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  51.16 
 
 
199 aa  132  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  43 
 
 
202 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.39 
 
 
201 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.39 
 
 
201 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0837  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.9 
 
 
209 aa  131  5e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.39 
 
 
200 aa  131  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
202 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.69 
 
 
187 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.11 
 
 
202 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.7 
 
 
204 aa  129  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2134  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
195 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.856024  hitchhiker  0.000118824 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_384  Holliday junction DNA helicase  44.38 
 
 
194 aa  128  5.0000000000000004e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.21 
 
 
199 aa  128  5.0000000000000004e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.21 
 
 
199 aa  128  6e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.39 
 
 
199 aa  128  6e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0442  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.51 
 
 
194 aa  128  7.000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.54 
 
 
205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.81 
 
 
211 aa  126  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.54 
 
 
205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0838  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.67 
 
 
206 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0758722  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  41.24 
 
 
196 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1268  Holliday junction DNA helicase RuvA  50 
 
 
204 aa  125  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.20539  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.22 
 
 
200 aa  126  3e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.64 
 
 
197 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.54 
 
 
205 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.08 
 
 
205 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.19 
 
 
202 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.66 
 
 
193 aa  125  5e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1323  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40 
 
 
196 aa  124  7e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0418911  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
200 aa  124  8.000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.62 
 
 
197 aa  123  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0086  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.34 
 
 
192 aa  124  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2110  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.39 
 
 
202 aa  124  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0297912  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3827  Holliday junction DNA helicase RuvA  38 
 
 
200 aa  122  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0335606  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.37 
 
 
202 aa  122  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2323  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.77 
 
 
201 aa  122  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658563  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36700  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.89 
 
 
204 aa  122  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.13 
 
 
197 aa  122  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.73 
 
 
200 aa  122  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2064  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.61 
 
 
206 aa  122  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.01 
 
 
203 aa  122  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
199 aa  121  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
201 aa  121  7e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1061  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.44 
 
 
194 aa  121  7e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.37 
 
 
190 aa  121  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.81 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2016  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.37 
 
 
201 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.273142  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
200 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.61 
 
 
196 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.61 
 
 
196 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  33 
 
 
201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.61 
 
 
196 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.14 
 
 
192 aa  119  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3126  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.51 
 
 
197 aa  119  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.735644  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4681  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.78 
 
 
207 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
203 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
203 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0942  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.44 
 
 
194 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
197 aa  118  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1691  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.88 
 
 
198 aa  118  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
203 aa  118  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1363  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.83 
 
 
202 aa  118  6e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.245044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
203 aa  118  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  36.45 
 
 
203 aa  117  7e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.72 
 
 
193 aa  117  7e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2032  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
213 aa  118  7e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340991 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  36.45 
 
 
203 aa  117  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0527  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.81 
 
 
199 aa  117  9.999999999999999e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  37.76 
 
 
191 aa  117  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.99 
 
 
204 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.74 
 
 
197 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.5 
 
 
223 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1424  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.19 
 
 
210 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000192016  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.06 
 
 
199 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.61 
 
 
198 aa  116  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.67 
 
 
199 aa  116  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1631  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.51 
 
 
193 aa  115  3e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.229867  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2031  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
204 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000338953  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2421  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
204 aa  116  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480934  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2144  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
204 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0379489  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40 
 
 
204 aa  116  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1797  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.7 
 
 
214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113537 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
193 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  39.41 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>