More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1370 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1370  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  100 
 
 
247 aa  462  1e-129  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.903698  normal  0.141681 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5145  DNA recombination protein RuvA  59.92 
 
 
239 aa  208  5e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0031109  decreased coverage  0.000116053 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  55.68 
 
 
202 aa  181  7e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1795  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.92 
 
 
202 aa  177  1e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.115786  normal  0.0993939 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1809  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.14 
 
 
200 aa  177  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1799  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.52 
 
 
200 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.215685  hitchhiker  0.000114407 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3827  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.27 
 
 
200 aa  172  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0335606  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2064  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.82 
 
 
206 aa  171  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  52.2 
 
 
196 aa  170  2e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2386  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  53.01 
 
 
200 aa  169  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2110  Holliday junction DNA helicase RuvA  62.69 
 
 
202 aa  167  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0297912  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3177  Holliday junction DNA helicase RuvA  56.76 
 
 
212 aa  167  2e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  54.59 
 
 
208 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  48.63 
 
 
199 aa  163  2.0000000000000002e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0838  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.98 
 
 
206 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0758722  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12890  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.55 
 
 
214 aa  158  9e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.419715  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6112  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  53.85 
 
 
206 aa  158  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.073965 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17520  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  50.27 
 
 
206 aa  157  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.176122 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1667  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.27 
 
 
207 aa  157  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.253855  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3054  Holliday junction DNA helicase RuvA  58.38 
 
 
209 aa  157  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.6375 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1691  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.9 
 
 
198 aa  155  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.59 
 
 
196 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.59 
 
 
196 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.59 
 
 
196 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3395  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.63 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00278946  hitchhiker  0.00000769998 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1369  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.81 
 
 
205 aa  146  3e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0441824 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15330  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  48.37 
 
 
209 aa  143  3e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.436101  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2032  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.86 
 
 
213 aa  142  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340991 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.03 
 
 
197 aa  140  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12613  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.86 
 
 
196 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000939698  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1993  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.04 
 
 
200 aa  139  6e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0230385 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2302  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.41 
 
 
214 aa  133  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0640436  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  45.11 
 
 
205 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  39.67 
 
 
204 aa  125  8.000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3825  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.86 
 
 
195 aa  124  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.790434  normal  0.237667 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2574  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.78 
 
 
195 aa  123  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.334415  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.7 
 
 
205 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.7 
 
 
205 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.7 
 
 
205 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.25 
 
 
205 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.44 
 
 
208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2134  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.73 
 
 
195 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.856024  hitchhiker  0.000118824 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1935  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.59 
 
 
202 aa  109  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0452  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  35.87 
 
 
208 aa  110  3e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0798924  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.59 
 
 
202 aa  109  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.16 
 
 
197 aa  108  7.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.62 
 
 
203 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
200 aa  108  9.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.42 
 
 
202 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.11 
 
 
199 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.94 
 
 
195 aa  107  3e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0684  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.02 
 
 
207 aa  106  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.801169  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.95 
 
 
195 aa  106  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
201 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
201 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3189  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.89 
 
 
200 aa  105  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00764376  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0709  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.95 
 
 
207 aa  105  7e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0528487  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  38.38 
 
 
197 aa  105  7e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.89 
 
 
197 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.71 
 
 
203 aa  104  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  37.91 
 
 
194 aa  105  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.71 
 
 
203 aa  104  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.97 
 
 
199 aa  103  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  41.3 
 
 
206 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.72 
 
 
209 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.71 
 
 
203 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.71 
 
 
203 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.71 
 
 
203 aa  103  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.71 
 
 
203 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.71 
 
 
203 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1212  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.75 
 
 
205 aa  102  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.17 
 
 
203 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.17 
 
 
203 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.17 
 
 
203 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.17 
 
 
203 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.43 
 
 
202 aa  102  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.51 
 
 
204 aa  102  8e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.61 
 
 
202 aa  102  8e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0894  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.38 
 
 
210 aa  101  9e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00161936  normal  0.093504 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01215  Holliday junction DNA helicase motor protein  33.33 
 
 
193 aa  101  9e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.04 
 
 
199 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1732  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.45 
 
 
200 aa  101  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.25398  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2323  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
201 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658563  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1363  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.63 
 
 
202 aa  101  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.245044  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.88 
 
 
205 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2049  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.17 
 
 
203 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774525  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1699  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.45 
 
 
200 aa  101  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.81438  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2638  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.89 
 
 
205 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.63 
 
 
204 aa  100  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  39.58 
 
 
212 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  38.17 
 
 
203 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.35 
 
 
201 aa  99.8  4e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  38.17 
 
 
203 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.71 
 
 
203 aa  99.4  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.98 
 
 
205 aa  99.4  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.98 
 
 
205 aa  99.4  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.89 
 
 
201 aa  99.4  5e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3832  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
194 aa  99.4  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.67 
 
 
194 aa  99  6e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>