77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6421 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6421  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 475 aa  959    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1301  putative PAS/PAC sensor protein  48.52 
 
 		 475 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1718  transcriptional regulator, Fis family  47.26 
 
 		 477 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3993  Fis family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 477 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0929591 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3748  transcriptional regulator PpsR  48.09 
 
 		 477 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176941 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3715  Fis family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 469 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  hitchhiker  0.000579689 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0626  Fis family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 472 aa  369  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2045  transcriptional regulator PspR, Fis family  42.07 
 
 		 480 aa  359  6e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.124174 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1851  Fis family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 481 aa  348  1e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000460761 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5364  transcriptional regulator, Fis family  40.94 
 
 		 479 aa  344  2e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.266103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5286  transcriptional regulator PspR, Fis family  40.8 
 
 		 480 aa  343  4e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0115697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4819  transcriptional regulator PpsR  40.5 
 
 		 486 aa  341  1e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232279 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6427  transcriptional regulator PpsR2  34.8 
 
 		 456 aa  269  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3986  Fis family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 453 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  0.222002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1308  putative PAS/PAC sensor protein  33.63 
 
 		 468 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.464609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3741  transcriptional regulator PpsR  34.73 
 
 		 440 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000829732 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1725  transcriptional regulator, Fis family  33.26 
 
 		 464 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.671099  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3531  transcriptional regulator PpsR  34.2 
 
 		 476 aa  227  5.0000000000000005e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421406 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0282  transcriptional regulator PpsR  29.77 
 
 		 464 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1925  Fis family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 464 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.178133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0164  putative PAS/PAC sensor protein  29.93 
 
 		 482 aa  192  9e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1013  Fis family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 471 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1639  Fis family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 210 aa  101  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3071  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.42 
 
 		 1222 aa  58.9  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0997499 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2464  putative PAS/PAC sensor protein  21.2 
 
 		 812 aa  53.1  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1555  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.37 
 
 		 1172 aa  49.7  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0698206 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.19 
 
 		 1092 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.61 
 
 		 472 aa  48.5  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0711  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 		 702 aa  47.8  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 470 aa  47.8  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0472  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.04 
 
 		 853 aa  47.4  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000400428 
 
 
-
 
NC_002950  PG0016  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  48.89 
 
 		 449 aa  47.4  0.0006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.420092 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.74 
 
 		 488 aa  47  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.525369 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1428  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 		 691 aa  47  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.123829  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.68 
 
 		 891 aa  47  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 460 aa  46.6  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3424  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 466 aa  46.2  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.25481 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  19.92 
 
 		 1032 aa  46.2  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  23.46 
 
 		 1136 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.8 
 
 		 1301 aa  46.2  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 		 457 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0506  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.94 
 
 		 453 aa  45.8  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365687 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0110  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 457 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.200769  normal  0.23433 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.6 
 
 		 585 aa  45.8  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.76 
 
 		 1080 aa  45.8  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2525  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.59 
 
 		 444 aa  45.4  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.368497  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3729  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 484 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0227867  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.91 
 
 		 470 aa  45.8  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.06 
 
 		 486 aa  45.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3563  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 		 1023 aa  45.8  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1981  PAS:GGDEF  27.82 
 
 		 730 aa  45.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0548345 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2987  two component transcriptional regulator, Fis family  36.67 
 
 		 260 aa  45.1  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.68747e-26 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.63 
 
 		 738 aa  45.1  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1836  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.73 
 
 		 601 aa  45.1  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1728  putative PAS/PAC sensor protein  29.79 
 
 		 1171 aa  44.7  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00367624  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1296  two component transcriptional regulator, Fis family  37.29 
 
 		 258 aa  44.3  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00352945  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  24.04 
 
 		 1258 aa  44.7  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.81 
 
 		 548 aa  44.7  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4907  putative response regulator in two-component reguatory system, sigma54 dependent transcriptional regulator  40.62 
 
 		 452 aa  44.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.412473 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45 
 
 		 484 aa  44.3  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.436046  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3870  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45 
 
 		 484 aa  44.3  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  30.77 
 
 		 829 aa  43.9  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0889  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 457 aa  43.9  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.562969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0918  transcriptional regulator, Fis family  21.72 
 
 		 198 aa  43.9  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000234957  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0975  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 683 aa  44.3  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0833  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 466 aa  43.9  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.96038  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  23.32 
 
 		 715 aa  44.3  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.58 
 
 		 609 aa  43.9  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0879  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.55 
 
 		 466 aa  43.9  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1456  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.15 
 
 		 623 aa  43.9  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.80149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1766  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  39.22 
 
 		 567 aa  43.5  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.85 
 
 		 1029 aa  43.5  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135444  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0018  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34 
 
 		 562 aa  43.5  0.008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000232366  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2330  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 		 466 aa  43.5  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0883  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.47 
 
 		 466 aa  43.5  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879866  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2109  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.27 
 
 		 515 aa  43.5  0.009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 476 aa  43.5  0.009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>