42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3531 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3531  transcriptional regulator PpsR  100 
 
 		 476 aa  974    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0164  putative PAS/PAC sensor protein  65.54 
 
 		 482 aa  644    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0282  transcriptional regulator PpsR  49.13 
 
 		 464 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1925  Fis family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 464 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.178133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1013  Fis family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 471 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6421  Fis family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 475 aa  227  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0626  Fis family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 472 aa  225  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1301  putative PAS/PAC sensor protein  32 
 
 		 475 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3748  transcriptional regulator PpsR  32.29 
 
 		 477 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176941 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3993  Fis family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 477 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0929591 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5286  transcriptional regulator PspR, Fis family  30.42 
 
 		 480 aa  212  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0115697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4819  transcriptional regulator PpsR  30.63 
 
 		 486 aa  211  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232279 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5364  transcriptional regulator, Fis family  31.44 
 
 		 479 aa  210  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.266103 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1851  Fis family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 481 aa  204  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000460761 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1718  transcriptional regulator, Fis family  31.26 
 
 		 477 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3715  Fis family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 469 aa  189  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  hitchhiker  0.000579689 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6427  transcriptional regulator PpsR2  31.19 
 
 		 456 aa  182  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2045  transcriptional regulator PspR, Fis family  30.5 
 
 		 480 aa  181  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.124174 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3986  Fis family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 453 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  0.222002 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3741  transcriptional regulator PpsR  30.29 
 
 		 440 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000829732 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1308  putative PAS/PAC sensor protein  27.71 
 
 		 468 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.464609 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1725  transcriptional regulator, Fis family  27.95 
 
 		 464 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.671099  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1639  Fis family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 210 aa  86.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  26.06 
 
 		 1258 aa  60.5  0.00000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3449  DNA-binding protein Fis  40 
 
 		 105 aa  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1139  putative PAS/PAC sensor protein  23.76 
 
 		 378 aa  49.7  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0820  multi-sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1001 aa  49.7  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2110  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 		 789 aa  48.9  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.377648  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2987  two component transcriptional regulator, Fis family  38.37 
 
 		 260 aa  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.68747e-26 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  22.69 
 
 		 1258 aa  47  0.0008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1296  two component transcriptional regulator, Fis family  44.26 
 
 		 258 aa  47  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00352945  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 460 aa  46.6  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.32 
 
 		 472 aa  45.4  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.59 
 
 		 591 aa  45.1  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2986  Fis family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 92 aa  44.3  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.48198  normal  0.671842 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.4 
 
 		 592 aa  44.3  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  22.94 
 
 		 811 aa  43.9  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3664  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.1 
 
 		 759 aa  43.9  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1426  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.24 
 
 		 1079 aa  43.5  0.008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.688315  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1877  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.32 
 
 		 694 aa  43.5  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1918  ATP-binding region, ATPase-like protein  41.67 
 
 		 935 aa  43.5  0.009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  34.72 
 
 		 600 aa  43.5  0.009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>